Bio.motifs.minimal 模組

用於支援 MEME 最小化 motif 格式的模組。

Bio.motifs.minimal.read(handle)

將 MEME 程式的文字輸出解析為 meme.Record 物件。

範例

>>> from Bio.motifs import minimal
>>> with open("motifs/meme.out") as f:
...     record = minimal.read(f)
...
>>> for motif in record:
...     print(motif.name, motif.evalue)
...
1 1.1e-22

您可以通過索引存取記錄中的個別 motifs，或通過名稱找到 motif

>>> from Bio import motifs
>>> with open("motifs/minimal_test.meme") as f:
...     record = motifs.parse(f, 'minimal')
...
>>> motif = record[0]
>>> print(motif.name)
KRP
>>> motif = record['IFXA']
>>> print(motif.name)
IFXA

此函數不會檢索實例，因為最小化 meme 格式中沒有實例。

class Bio.motifs.minimal.Record

基礎： list

用於保存最小化 MEME 運算結果的類別。

__init__()

初始化記錄類別的值。

__getitem__(key)

返回索引鍵的 motif。