Bio.motifs.meme 模組

用於支援 MEME motif 格式的模組。

Bio.motifs.meme.read(handle)

將 MEME 程式的文字輸出解析為 meme.Record 物件。

範例

>>> from Bio.motifs import meme
>>> with open("motifs/meme.INO_up800.classic.oops.xml") as f:
...     record = meme.read(f)
>>> for motif in record:
...     for sequence in motif.alignment.sequences:
...         print(sequence.motif_name, sequence.sequence_name, sequence.sequence_id, sequence.strand, sequence.pvalue)
GSKGCATGTGAAA INO1 sequence_5 + 1.21e-08
GSKGCATGTGAAA FAS1 sequence_2 - 1.87e-08
GSKGCATGTGAAA ACC1 sequence_4 - 6.62e-08
GSKGCATGTGAAA CHO2 sequence_1 - 1.05e-07
GSKGCATGTGAAA CHO1 sequence_0 - 1.69e-07
GSKGCATGTGAAA FAS2 sequence_3 - 5.62e-07
GSKGCATGTGAAA OPI3 sequence_6 + 1.08e-06
TTGACWCYTGCYCWG CHO2 sequence_1 + 7.2e-10
TTGACWCYTGCYCWG OPI3 sequence_6 - 2.56e-08
TTGACWCYTGCYCWG ACC1 sequence_4 - 1.59e-07
TTGACWCYTGCYCWG CHO1 sequence_0 + 2.05e-07
TTGACWCYTGCYCWG FAS1 sequence_2 + 3.85e-07
TTGACWCYTGCYCWG FAS2 sequence_3 - 5.11e-07
TTGACWCYTGCYCWG INO1 sequence_5 + 8.01e-07

class Bio.motifs.meme.Motif(alphabet=None, alignment=None)

基於： Motif

用於解析 MEME (和 MAST) 輸出的 Motif 子類別。

此子類別定義了 MEME motifs 特有的函式和資料。這包括 motif 名稱、motif 的 evalue 以及其出現次數。

__init__(alphabet=None, alignment=None)

初始化類別。

class Bio.motifs.meme.Instance(*args, **kwds)

基於： Seq

描述 MEME motif 實例及其資料的類別。

__init__(*args, **kwds)

初始化類別。

__abstractmethods__ = frozenset({})

class Bio.motifs.meme.Record

基於： list

用於保存 MEME 執行結果的類別。

meme.Record 是一個物件，用於保存執行 MEME 的結果。它沒有實作自己的方法。

meme.Record 類別繼承自 list，因此您可以通過索引存取記錄中的個別 motifs。或者，您可以通過名稱找到 motif

>>> from Bio import motifs
>>> with open("motifs/meme.INO_up800.classic.oops.xml") as f:
...     record = motifs.parse(f, 'MEME')
>>> motif = record[0]
>>> print(motif.name)
GSKGCATGTGAAA
>>> motif = record['GSKGCATGTGAAA']
>>> print(motif.name)
GSKGCATGTGAAA

__init__()

初始化類別。

__getitem__(key)

傳回索引為 key 的 motif。