Bio.Sequencing.Phd 模組

用於解析 PHRED 輸出的 PHD 檔案，並由 PHRAP 和 CONSED 使用。

此模組可以直接使用，它將返回包含檔案中所有原始資料的 Record 物件。

或者，使用 Bio.SeqIO 的 “phd” 格式將在內部呼叫此模組。這將為每個 contig 序列提供 SeqRecord 物件。

class Bio.Sequencing.Phd.Record

基底類別：object

儲存來自 PHD 檔案的資訊。

__init__()

初始化類別。

Bio.Sequencing.Phd.read(source)

從檔案讀取一個 PHD 記錄並將其作為 Record 物件返回。

參數 source 是一個以文字模式開啟的類檔案物件，或是一個檔案路徑。

此函數從 source 逐行讀取 PHD 檔案資料，並返回一個 Record 物件。如果在檔案中找到多個記錄，則會引發 ValueError。

Bio.Sequencing.Phd.parse(source)

迭代處理檔案，產生多個 PHD 記錄。

參數 source 是一個以文字模式開啟的類檔案物件，或是一個檔案路徑。

資料從 source 逐行讀取。

典型用法

records = parse(handle)
for record in records:
    # do something with the record object