Bio.Sequencing.Ace 模組

用於解析 PHRAP 輸出的 ACE 檔案。

由 Frank Kauff (fkauff@duke.edu) 和 Cymon J. Cox (cymon@duke.edu) 編寫

用法

讀取 ACE 檔案有兩種方式

  1. 函數 ‘read’ 一次讀取整個檔案；

  2. 函數 ‘parse’ 逐個讀取檔案的 contig。

第一種選項，一次解析整個 ACE 檔案

from Bio.Sequencing import Ace
acefilerecord = Ace.read(open('my_ace_file.ace'))
這會給你

  • acefilerecord.ncontigs (ACE 檔案中的 contig 數量)

  • acefilerecord.nreads (ACE 檔案中的 reads 數量)

  • acefilerecord.contigs[] (每個 contig 的 Contig 類別的一個實例)

Contig 類別保存了 CO 標籤、CT 和 WA 標籤的資訊，以及用於此 contig 的所有 reads 的 Read 類別的實例列表，例如

contig3 = acefilerecord.contigs[2]
read4 = contig3.reads[3]
RD_of_read4 = read4.rd
DS_of_read4 = read4.ds

檔案結尾的 CT、WA、RT 標籤可以出現在任何位置，並會自動排序到正確的位置。

詳情請參閱 _RecordConsumer。

第二種選項是以通常的方式逐個迭代 ACE 檔案的 contig

from Bio.Sequencing import Ace
contigs = Ace.parse(open('my_ace_file.ace'))
for contig in contigs:
    print(contig.name)
    ...

請注意，為了記憶體效率，當使用迭代器方法時，一次只會在記憶體中保留一個 contig。然而，ACE 檔案可能會有一個包含 WA、CT、RT 或 WR 標籤的頁尾，其中包含 contigs 的額外元數據。由於解析器直到最後一筆記錄才會看到這些資料，因此無法將其加入到適當的記錄中。相反地，這些標籤會與最後的 contig 記錄一起傳回。因此，ACE 檔案並不完全符合迭代的概念。如果需要 WA、CT、RT、WR 標籤，則 ‘read’ 函數可能比 ‘parse’ 函數更適合。

class Bio.Sequencing.Ace.rd

基底類別： object

RD (reads)，儲存一個 read 及其名稱、序列等。

每個 read 對應的位置和鏈儲存在 AF 行中。

__init__()

初始化類別。

class Bio.Sequencing.Ace.qa(line=None)

基底類別： object

QA (read 品質)，包括哪些部分（如果有的話）被用作 consensus。

__init__(line=None)

初始化類別。

class Bio.Sequencing.Ace.ds(line=None)

基底類別： object

DS 行，包含 read 的 chromatogram 檔案名稱。

__init__(line=None)

初始化類別。

class Bio.Sequencing.Ace.af(line=None)

基底類別： object

AF 行，定義 read 在 contig 內的位置。

請注意，屬性 coru 是補體 (C) 或未補體 (U) 的縮寫，因為鏈資訊在 ACE 檔案中使用 C 或 U 字元儲存。

__init__(line=None)

初始化類別。

class Bio.Sequencing.Ace.bs(line=None)

基底類別： object

BS（鹼基片段），哪個 read 被選擇為每個位置的 consensus。

__init__(line=None)

初始化類別。

class Bio.Sequencing.Ace.rt(line=None)

基底類別： object

RT（暫時讀取標籤），由 crossmatch 和 phrap 產生。

__init__(line=None)

初始化類別。

class Bio.Sequencing.Ace.ct(line=None)

基底類別： object

CT（consensus 標籤）。

__init__(line=None)

初始化類別。

class Bio.Sequencing.Ace.wa(line=None)

基底類別： object

WA（整體組裝標籤），保存組裝程式名稱、版本等。

__init__(line=None)

初始化類別。

class Bio.Sequencing.Ace.wr(line=None)

基底類別： object

WR 行。

__init__(line=None)

初始化類別。

class Bio.Sequencing.Ace.Reads(line=None)

基底類別： object

保存關於支援 ACE contig 的 read 的資訊。

__init__(line=None)

初始化類別。

class Bio.Sequencing.Ace.Contig(line=None)

基底類別： object

保存來自 ACE 記錄的 contig 資訊。

__init__(line=None)

初始化類別。

Bio.Sequencing.Ace.parse(source)

逐個 contig 迭代 ACE 檔案。

參數 source 為類檔案物件或檔案路徑。

此函式回傳一個迭代器，可讓您逐筆迭代 ACE 檔案記錄

records = parse(source)
for record in records:
    # do something with the record

其中每筆記錄都是一個 Contig 物件。

class Bio.Sequencing.Ace.ACEFileRecord

基底類別： object

保存 ACE 檔案的資料。

__init__()

初始化類別。

sort()

如果可以，將 wr、rt 和 ct 標籤排序到適當的 contig / read 實例中。

Bio.Sequencing.Ace.read(handle)

將完整的 ACE 檔案解析成 contig 列表。