Bio.SeqUtils.IsoelectricPoint 模組
使用 Bjellqvist 的方法計算多肽的等電點。
pK 值和方法取自
* Bjellqvist, B.,Hughes, G.J., Pasquali, Ch., Paquet, N., Ravier, F.,
Sanchez, J.-Ch., Frutiger, S. & Hochstrasser, D.F.
The focusing positions of polypeptides in immobilized pH gradients can be
predicted from their amino acid sequences. Electrophoresis 1993, 14,
1023-1031.
* Bjellqvist, B., Basse, B., Olsen, E. and Celis, J.E.
Reference points for comparisons of two-dimensional maps of proteins from
different human cell types defined in a pH scale where isoelectric points
correlate with polypeptide compositions. Electrophoresis 1994, 15, 529-539.
我根據 David L. Tabb 的筆記設計了該演算法，該筆記可在以下網址取得：http://fields.scripps.edu/DTASelect/20010710-pI-Algorithm.pdf
- class Bio.SeqUtils.IsoelectricPoint.IsoelectricPoint(protein_sequence, aa_content=None)
基底：
object用於計算蛋白質在給定 pH 值下的 IEP 或電荷的類別。
- 參數:
- :protein_sequence: 包含蛋白質的 ``Bio.Seq`` 或字串物件
序列。
- :aa_content: 一個字典，其中胺基酸字母為鍵，其
出現次數為整數，例如
{"A": 3, "C": 0, ...}。預設值：None。如果None，則將從給定的序列計算該字典。
範例
此類別的方法可以從類別本身或從
ProtParam.ProteinAnalysis物件存取（名稱略有不同）>>> from Bio.SeqUtils.IsoelectricPoint import IsoelectricPoint as IP >>> protein = IP("INGAR") >>> print(f"IEP of peptide {protein.sequence} is {protein.pi():.2f}") IEP of peptide INGAR is 9.75 >>> print(f"Its charge at pH 7 is {protein.charge_at_pH(7.0):.2f}") Its charge at pH 7 is 0.76
>>> from Bio.SeqUtils.ProtParam import ProteinAnalysis as PA >>> protein = PA("PETER") >>> print(f"IEP of {protein.sequence}: {protein.isoelectric_point():.2f}") IEP of PETER: 4.53 >>> print(f"Charge at pH 4.53: {protein.charge_at_pH(4.53):.2f}") Charge at pH 4.53: 0.00
方法
:charge_at_pH(pH): 計算蛋白質在給定 pH 值下的電荷
:pi(): 計算等電點
- __init__(protein_sequence, aa_content=None)
初始化類別。
- charge_at_pH(pH)
計算蛋白質在給定 pH 值下的電荷。
- pi(pH=7.775, min_=4.05, max_=12)
計算並以浮點數形式傳回等電點。
這是一個使用二分法遞迴的函數。關於二分法的 Wiki：https://en.wikipedia.org/wiki/Bisection_method
- 引數
pH：計算蛋白質目前電荷的 pH 值。此 pH 值位於間隔的中心（min_ 和 max_ 的平均值）。
min_：間隔的最小值。初始值預設為 4.05，低於理論最小值，即蛋白質僅由天冬胺酸組成時。
max_：間隔的最大值。初始值預設為 12，高於理論最大值，即蛋白質僅由精胺酸組成時。