Bio.SeqIO.XdnaIO 模組

Bio.SeqIO 支援 “xdna” 檔案格式。

Xdna 二進制格式由 Christian Marck 的 DNA Strider 程式產生，也用於 Serial Cloner。

class Bio.SeqIO.XdnaIO.XdnaIterator(source)

基底：SequenceIterator

Xdna 檔案的解析器。

__init__(source)

解析 Xdna 檔案並傳回 SeqRecord 物件。

參數 source 是一個二進制模式的類檔案物件或檔案路徑。

請注意，這只是名義上的「迭代器」，因為 Xdna 檔案始終只包含一個序列。

parse(handle)

開始解析檔案，並傳回 SeqRecord 產生器。

iterate(handle, header)

解析檔案並產生 SeqRecord 物件。

__abstractmethods__ = frozenset({})

__parameters__ = ()

class Bio.SeqIO.XdnaIO.XdnaWriter(target)

基底：SequenceWriter

以 Xdna 格式寫入檔案。

__init__(target)

初始化 Xdna 寫入器物件。

參數

• target - 以二進制模式開啟的輸出流，或檔案路徑。

write_file(records)

將指定的紀錄寫入 Xdna 檔案。

請注意，此函數預期一個紀錄列表（或可迭代物件），如 SequenceWriter 介面所示，但此列表應僅包含一個紀錄，因為 Xdna 格式是單一紀錄格式。