Bio.SeqIO.UniprotIO 模組

Bio.SeqIO 支援 “uniprot-xml” 檔案格式。

另請參閱：http://www.uniprot.org

UniProt XML 格式基本上取代了最初由 SwissProt 引入的舊式純文字檔案格式（Bio.SeqIO 中的 “swiss” 格式）。

Bio.SeqIO.UniprotIO.UniprotIterator(source, alphabet=None, return_raw_comments=False)

以 SeqRecord 物件的形式迭代 UniProt XML。

一次從任何 UniProt XML 檔案解析一個 XML 條目，並為每次迭代傳回一個 SeqRecord。

此產生器可用於 Bio.SeqIO。

引數 source 是一個類檔案物件或檔案路徑。

可選引數 alphabet 不應再使用。

return_raw_comments = True –> 註解欄位會以完整的 XML 形式傳回，以允許進一步處理 skip_parsing_errors = True –> 如果發現解析錯誤，則跳到下一個條目

class Bio.SeqIO.UniprotIO.Parser(elem, alphabet=None, return_raw_comments=False)

基礎：object

將 UniProt XML 條目解析為 SeqRecord。

不再使用可選引數 alphabet。

return_raw_comments=True 以 XML 格式取回完整的註解欄位

__init__(elem, alphabet=None, return_raw_comments=False)

初始化類別。

parse()

解析輸入。