Bio.SeqIO.IgIO 模組

Bio.SeqIO 支援 “ig” (IntelliGenetics 或 MASE) 檔案格式。

此模組用於讀取和寫入 IntelliGenetics 格式檔案為 SeqRecord 物件。此檔案格式似乎與 MASE 多序列比對格式相同。

您應該透過 Bio.SeqIO 函數來使用此模組。

class Bio.SeqIO.IgIO.IgIterator(source)

基底類別：SequenceIterator

IntelliGenetics 檔案的解析器。

__init__(source)

迭代 IntelliGenetics 紀錄（作為 SeqRecord 物件）。

source - 以文字模式開啟的類檔案物件，或檔案路徑

可選的自由格式檔案標頭行（以兩個分號開頭）會被忽略。

每個記錄開頭的自由格式註解行（以分號開頭）會被記錄為單一字串，並將嵌入的新行字元置於 SeqRecord 的 annotations 字典中，使用鍵 ‘comment’。

範例

>>> with open("IntelliGenetics/TAT_mase_nuc.txt") as handle:
...     for record in IgIterator(handle):
...         print("%s length %i" % (record.id, len(record)))
...
A_U455 length 303
B_HXB2R length 306
C_UG268A length 267
D_ELI length 309
F_BZ163A length 309
O_ANT70 length 342
O_MVP5180 length 348
CPZGAB length 309
CPZANT length 309
A_ROD length 390
B_EHOA length 420
D_MM251 length 390
STM_STM length 387
VER_AGM3 length 354
GRI_AGM677 length 264
SAB_SAB1C length 219
SYK_SYK length 330

parse(handle)

開始解析檔案，並傳回 SeqRecord 產生器。

iterate(handle)

迭代 IntelliGenetics 檔案中的記錄。

__abstractmethods__ = frozenset({})

__parameters__ = ()