Bio.SearchIO.ExonerateIO.exonerate_vulgar 模組

用於 Exonerate vulgar 輸出格式的 Bio.SearchIO 解析器。

class Bio.SearchIO.ExonerateIO.exonerate_vulgar.ExonerateVulgarParser(handle)

基底類別: _BaseExonerateParser

用於 Exonerate vulgar 字串的解析器。

parse_alignment_block(header)

解析 vulgar 格式的 alignment block，返回查詢結果、命中和 hsps。

__abstractmethods__ = frozenset({})

class Bio.SearchIO.ExonerateIO.exonerate_vulgar.ExonerateVulgarIndexer(filename, **kwargs)

基底類別: _BaseExonerateIndexer

用於 exonerate vulgar 行的索引器類別。

get_qresult_id(pos)

返回最接近的 vulgar 行的查詢 ID。

get_raw(offset)

從給定的 offset 返回 QueryResult 物件的原始位元組字串。

__abstractmethods__ = frozenset({})

__annotations__ = {'_parser': typing.Type[Bio.SearchIO.ExonerateIO._base._BaseExonerateParser], '_query_mark': 'Optional[bytes]'}