Bio.SearchIO.BlastIO.blast_xml 模組

用於 BLAST+ XML 輸出格式的 Bio.SearchIO 解析器。

class Bio.SearchIO.BlastIO.blast_xml.BlastXmlParser(handle, use_raw_query_ids=False, use_raw_hit_ids=False)

基底類別：object

用於 BLAST XML 格式的解析器。

__init__(handle, use_raw_query_ids=False, use_raw_hit_ids=False)

初始化類別。

__iter__()

迭代 BlastXmlParser 物件會產生查詢結果。

class Bio.SearchIO.BlastIO.blast_xml.BlastXmlIndexer(filename, **kwargs)

基底類別：SearchIndexer

用於 BLAST XML 輸出的索引器類別。

qstart_mark = b'<Iteration>'

qend_mark = b'</Iteration>'

block_size = 16384

__init__(filename, **kwargs)

初始化類別。

__iter__()

迭代 BlastXmlIndexer 會產生 qstart_id、start_offset、區塊的長度。

get_raw(offset)

以位元組字串的形式，從檔案中傳回原始紀錄。

__abstractmethods__ = frozenset({})

class Bio.SearchIO.BlastIO.blast_xml.BlastXmlWriter(handle, use_raw_query_ids=True, use_raw_hit_ids=True)

基底類別：object

基於串流的 BLAST+ XML 寫入器。

__init__(handle, use_raw_query_ids=True, use_raw_hit_ids=True)

初始化類別。

write_file(qresults)

將 XML 內容寫入輸出控制代碼。