Bio.SearchIO.BlastIO.blast_tab 模組

Bio.SearchIO 解析器，用於 BLAST+ tab 輸出格式，可選帶或不帶註解。

class Bio.SearchIO.BlastIO.blast_tab.BlastTabIndexer(filename, comments=False, fields=_DEFAULT_FIELDS)

基底類別: SearchIndexer

用於 BLAST+ tab 輸出的索引器類別。

__init__(filename, comments=False, fields=_DEFAULT_FIELDS)

初始化類別。

__iter__()

迭代檔案控制代碼；產生鍵、起始偏移量和長度。

get_raw(offset)

從給定的偏移量返回 QueryResult 物件的原始位元組字串。

__abstractmethods__ = frozenset({})

class Bio.SearchIO.BlastIO.blast_tab.BlastTabParser(handle, comments=False, fields=_DEFAULT_FIELDS)

基底類別: object

用於 BLAST 表格格式的解析器。

__init__(handle, comments=False, fields=_DEFAULT_FIELDS)

初始化類別。

__iter__()

迭代 BlastTabParser，產生查詢結果。

class Bio.SearchIO.BlastIO.blast_tab.BlastTabWriter(handle, comments=False, fields=_DEFAULT_FIELDS)

基底類別: object

用於 blast-tab 輸出格式的寫入器。

__init__(handle, comments=False, fields=_DEFAULT_FIELDS)

初始化類別。

write_file(qresults)

寫入到控制代碼，並返回寫入的 QueryResult 物件數量。