Bio.Phylo.PhyloXMLIO 模組

PhyloXML 讀取器/解析器、寫入器和相關函數。

從解析後的 PhyloXML 檔案實例化樹狀元素，並從 Bio.Phylo.PhyloXML 物件建構 XML 檔案。

關於大小寫

• phyloXML 表示檔案格式規範

• PhyloXML 表示 Biopython 模組 Bio.Phylo.PhyloXML 及其類別

• Phyloxml 表示 PhyloXMLIO.read（但不是 Bio.Phylo.read！）使用的頂層類別，其中包含 Phylogenies（衍生自 BaseTree.Tree 的物件）的列表

exception Bio.Phylo.PhyloXMLIO.PhyloXMLError

基礎類別：Exception

當 PhyloXML 物件建構無法繼續時引發的例外。

XML 語法錯誤將由底層的 ElementTree 模組發現並引發；此例外適用於違反 phyloXML 規範的有效 XML。

Bio.Phylo.PhyloXMLIO.read(file)

解析 phyloXML 檔案或串流，並建構 Biopython 物件的樹狀結構。

根節點的子節點是系統發育樹，可能還有其他任意 (非 phyloXML) 物件。

回傳:

單個 Bio.Phylo.PhyloXML.Phyloxml 物件。

Bio.Phylo.PhyloXMLIO.parse(file)

迭代 phyloXML 檔案中的系統發育樹。

這會忽略儲存在頂層的任何額外資料，但可能比 read 函數更節省記憶體。

回傳:

Bio.Phylo.PhyloXML.Phylogeny 物件的產生器。

Bio.Phylo.PhyloXMLIO.write(obj, file, encoding=DEFAULT_ENCODING, indent=True)

寫入 phyloXML 檔案。

參數:

obj

Phyloxml、Phylogeny 或 BaseTree.Tree 的實例，或是後兩者的可迭代物件。該物件在序列化之前會轉換為 Phyloxml 物件。

檔案

開啟的控制代碼或檔案名稱。

class Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Parser(file)

基礎類別：object

用於從 XML 串流解析所有 phyloXML 節點的方法。

為了盡量減少記憶體使用，ElementTree 解析事件的樹狀結構會在完成每個系統發育樹、分支和頂層「其他」元素後清除。在完成目前分支的解析之前，會將分支層級以下的元素保留在記憶體中 – 這不應該是問題，因為分支是唯一的遞迴元素，而此層級下的非分支節點的大小是有限的。

__init__(file)

初始化類別。

read()

解析 phyloXML 檔案並建立單個 Phyloxml 物件。

parse()

逐步解析 phyloXML 檔案並傳回每個系統發育樹。

other(elem, namespace, localtag)

建立其他物件，一個非 phyloXML 元素。

accession(elem)

建立登錄物件。

annotation(elem)

建立註釋物件。

binary_characters(elem)

建立二元字元物件。

clade_relation(elem)

建立分支關係物件。

color(elem)

建立分支顏色物件。

confidence(elem)

建立信賴度物件。

date(elem)

建立日期物件。

distribution(elem)

建立地理分佈物件。

domain(elem)

建立蛋白質結構域物件。

domain_architecture(elem)

建立結構域架構物件。

events(elem)

建立事件物件。

id(elem)

建立識別符物件。

mol_seq(elem)

建立分子序列物件。

point(elem)

建立點物件，代表點的座標。

polygon(elem)

建立多邊形物件，為點的列表。

property(elem)

從外部資源建立屬性。

reference(elem)

建立文獻參考物件。

sequence_relation(elem)

建立序列關係物件，代表兩個序列之間的關係。

uri(elem)

建立 uri 物件，預期為一個網址。

class Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Writer(phyloxml)

基礎類別：object

將 PhyloXML 物件序列化為 XML 的方法。

__init__(phyloxml)

從 PhyloXML 物件建立 ElementTree。

write(file, encoding=DEFAULT_ENCODING, indent=True)

將 PhyloXML 寫入檔案。

phyloxml(obj)

將 phyloxml 轉換為 Etree 元素。

other(obj)

將 other 轉換為 Etree 元素。

phylogeny(obj)

依序序列化一個系統發生樹及其子節點。

clade(obj)

依序序列化一個演化支及其子節點。

accession(obj)

依序序列化一個 accession 及其子節點。

annotation(obj)

依序序列化一個 annotation 及其子節點。

binary_characters(obj)

序列化一個 binary_characters 節點及其子節點。

clade_relation(obj)

依序序列化一個 clade_relation 及其子節點。

color(obj)

依序序列化一個 color 及其子節點。

confidence(obj)

依序序列化一個 confidence 及其子節點。

date(obj)

依序序列化一個 date 及其子節點。

distribution(obj)

依序序列化一個 distribution 及其子節點。

domain(obj)

序列化一個 domain 節點。

domain_architecture(obj)

依序序列化一個 domain_architecture 及其子節點。

events(obj)

依序序列化一個 events 及其子節點。

id(obj)

依序序列化一個 id 及其子節點。

mol_seq(obj)

依序序列化一個 mol_seq 及其子節點。

node_id(obj)

依序序列化一個 node_id 及其子節點。

point(obj)

依序序列化一個 point 及其子節點。

polygon(obj)

依序序列化一個 polygon 及其子節點。

property(obj)

依序序列化一個 property 及其子節點。

reference(obj)

依序序列化一個 reference 及其子節點。

sequence(obj)

依序序列化一個 sequence 及其子節點。

sequence_relation(obj)

依序序列化一個 sequence_relation 及其子節點。

taxonomy(obj)

依序序列化一個 taxonomy 及其子節點。

uri(obj)

依序序列化一個 uri 及其子節點。

alt(obj)

序列化一個簡單的 alt 節點。

branch_length(obj)

序列化一個簡單的 branch_length 節點。

lat(obj)

序列化一個簡單的 lat 節點。

long(obj)

序列化一個簡單的 long 節點。

maximum(obj)

序列化一個簡單的 maximum 節點。

minimum(obj)

序列化一個簡單的 minimum 節點。

value(obj)

序列化一個簡單的 value 節點。

width(obj)

序列化一個簡單的 width 節點。

blue(obj)

序列化一個簡單的 blue 節點。

duplications(obj)

序列化一個簡單的 duplications 節點。

green(obj)

序列化一個簡單的 green 節點。

losses(obj)

序列化一個簡單的 losses 節點。

red(obj)

序列化一個簡單的 red 節點。

speciations(obj)

序列化一個簡單的 speciations 節點。

bc(obj)

序列化一個簡單的 bc 節點。

code(obj)

序列化一個簡單的 code 節點。

common_name(obj)

序列化一個簡單的 common_name 節點。

desc(obj)

序列化一個簡單的 desc 節點。

description(obj)

序列化一個簡單的 description 節點。

location(obj)

序列化一個簡單的 location 節點。

name(obj)

序列化一個簡單的 name 節點。

rank(obj)

序列化一個簡單的 rank 節點。

scientific_name(obj)

序列化一個簡單的 scientific_name 節點。

symbol(obj)

序列化一個簡單的 symbol 節點。

synonym(obj)

序列化一個簡單的 synonym 節點。

type(obj)

序列化一個簡單的 type 節點。