Bio.Phylo.PhyloXML 模組

對應於 phyloXML 元素的類別。

另請參閱

官方規格: http://phyloxml.org/
期刊文章: Han and Zmasek (2009), https://doi.org/10.1186/1471-2105-10-356

exception Bio.Phylo.PhyloXML.PhyloXMLWarning

基底：BiopythonWarning

針對不符合 phyloXML 規範的警告。

class Bio.Phylo.PhyloXML.PhyloElement

基底：TreeElement

所有 PhyloXML 物件的基底類別。

class Bio.Phylo.PhyloXML.Phyloxml(attributes, phylogenies=None, other=None)

基底：PhyloElement

PhyloXML 文件的根節點。

包含任意數量的 Phylogeny 元素，後面可能接著來自其他命名空間的元素。

參數:

attributesdict: (XML 命名空間定義)
phylogenieslist: 親緣關係樹
otherlist: 任意非 phyloXML 元素（如果有的話）

__init__(attributes, phylogenies=None, other=None): 初始化 PhyloXML 物件的參數。

__getitem__(index): 依索引或名稱取得親緣關係樹。

__iter__(): 在此物件中迭代親緣關係樹。

__len__(): 傳回此物件中親緣關係樹的數量。

__str__(): 傳回物件中親緣關係樹的名稱。

class Bio.Phylo.PhyloXML.Other(tag, namespace=None, attributes=None, value=None, children=None)

基底：PhyloElement

樹中非 phyloXML 元素的容器。

通常，Other 物件會具有 ‘value’ 或非空的 ‘children’ 列表，但不會兩者都有。不過，此處不會強制執行。

參數:

tagstring: XML 節點的本機標籤
namespacestring: 節點的 XML 命名空間 – 不應為預設的 phyloXML 命名空間。
attributes字串的字典: XML 節點上的屬性
valuestring: 直接包含在此 XML 節點內的文字
childrenlist: 子節點（如果有的話），（也為 Other 實例）

__init__(tag, namespace=None, attributes=None, value=None, children=None): 初始化非 phyloXML 元素的值。

__iter__(): 迭代此物件的子項（如果有的話）。

class Bio.Phylo.PhyloXML.Phylogeny(root=None, rooted=True, rerootable=None, branch_length_unit=None, type=None, name=None, id=None, description=None, date=None, confidences=None, clade_relations=None, sequence_relations=None, properties=None, other=None)

基底：PhyloElement、Tree

親緣關係樹。

參數:

rootClade: 此樹的根節點/分支
rootedbool: 如果此樹有根則為 True
可重新定根布林值: 如果此樹可重新定根則為 True
分支長度單位字串: 演化支上 branch_length 值的單位
名稱字串: 此樹的識別符，不要求必須唯一
IDID: 此樹的唯一識別符
描述字串: 純文字描述
日期日期: 此樹根節點的日期
信賴度列表: 此樹的信賴度物件
演化支關係列表: 演化支關係物件
序列關係列表: 序列關係物件
屬性列表: 屬性物件
otherlist: 非 phyloXML 元素（類型為 Other）

__init__(root=None, rooted=True, rerootable=None, branch_length_unit=None, type=None, name=None, id=None, description=None, date=None, confidences=None, clade_relations=None, sequence_relations=None, properties=None, other=None): 初始化系統發生樹物件的值。

classmethod from_tree(tree, **kwargs)

使用 Tree（來自 Newick/Nexus 或 BaseTree）建立新的 Phylogeny。

關鍵字引數是常用的 Phylogeny 建構子參數。

classmethod from_clade(clade, **kwargs)

使用 Newick 或 BaseTree Clade 物件建立新的 Phylogeny。

關鍵字引數是常用的 PhyloXML.Clade 建構子參數。

as_phyloxml()

傳回此樹，一個與 PhyloXML 相容的 Phylogeny 物件。

覆寫 BaseTree 方法。

to_phyloxml_container(**kwargs): 建立一個只包含此系統發生樹的新 Phyloxml 物件。

to_alignment(): 從此樹中已對齊的序列建構 MultipleSeqAlignment。

property alignment: 從此樹中已對齊的序列建構一個 Alignment 物件。

property confidence

如果只有 1 個值，則等同於 self.confidences[0]（私有）。

另請參閱：Clade.confidence、Clade.taxonomy

class Bio.Phylo.PhyloXML.Clade(branch_length=None, id_source=None, name=None, width=None, color=None, node_id=None, events=None, binary_characters=None, date=None, confidences=None, taxonomies=None, sequences=None, distributions=None, references=None, properties=None, clades=None, other=None)

基底：PhyloElement, Clade

描述目前系統發生樹的一個分支。

遞迴使用，描述系統發生樹的拓樸結構。

color 和 width 元素應由用戶端程式碼解釋為適用於整個演化支（包括所有後代），除非在子演化支中覆寫。此模組不會自動將這些屬性分配給子演化支以實現這種串聯 – 您也不應該這樣做。

參數:

分支長度: 此演化支的父分支長度
ID 來源: 將其他元素連結到演化支（在 XML 層級上）
名稱字串: 此演化支的簡短標籤
信賴度信賴度物件列表: 用於表示對演化支/父分支的支持。
寬度浮點數: 此演化支的分支寬度（包括來自父系的分支）
顏色分支顏色: 用於此演化支圖形顯示的顏色
節點 ID: 此演化支根節點的唯一識別符
分類學列表: 分類學物件
序列列表: 序列物件
事件事件: 描述此演化支根節點/父分支的基因重複等事件
二元字元二元字元: 二元字元
分布分布物件列表: 此演化支的分布
日期日期: 此演化支根節點的日期
參考文獻列表: 參考文獻物件
屬性列表: 屬性物件
演化支演化支物件列表: 子演化支
其他其他物件列表: 非 phyloXML 物件

__init__(branch_length=None, id_source=None, name=None, width=None, color=None, node_id=None, events=None, binary_characters=None, date=None, confidences=None, taxonomies=None, sequences=None, distributions=None, references=None, properties=None, clades=None, other=None): 初始化 Clade 物件的值。

classmethod from_clade(clade, **kwargs)

從 Newick 或 BaseTree Clade 物件建立新的 PhyloXML Clade。

關鍵字引數是通常的 PhyloXML Clade 建構子參數。

to_phylogeny(**kwargs): 建立一個僅包含此分支的新系統發生樹。

property confidence: 傳回信賴度值 (PRIVATE)。

property taxonomy: 取得分支的分類列表 (PRIVATE)。

class Bio.Phylo.PhyloXML.BranchColor(*args, **kwargs)

繼承自：PhyloElement, BranchColor

管理樹狀分支的顏色。

__init__(*args, **kwargs): 初始化 BranchColor 物件的參數。

class Bio.Phylo.PhyloXML.Accession(value, source)

基底：PhyloElement

捕捉序列識別符中的本地部分。

範例：在 UniProtKB:P17304 中，Accession 實例屬性 value 是 ‘P17304’，而 source 屬性是 ‘UniProtKB’。

__init__(value, source): 初始化 Accession 物件的值。

__str__(): 顯示類別名稱和識別屬性。

class Bio.Phylo.PhyloXML.Annotation(ref=None, source=None, evidence=None, type=None, desc=None, confidence=None, uri=None, properties=None)

基底：PhyloElement

分子序列的註解。

建議使用可選的 'ref' 屬性進行註解。

參數:

ref字串: 參考字串，例如 'GO:0008270'、'KEGG:四氯乙烯降解'、'EC:1.1.1.1'
source字串: 此註解的純文字來源
evidence字串: 以自由文字描述證據（例如 '實驗性'）
desc字串: 自由文字描述
confidence信賴度: 說明支援的類型和值（信賴度類型）
屬性列表: 來自外部資源的類型化和參考註解
uriUri: 連結

re_ref = re.compile('[a-zA-Z0-9_]+:[a-zA-Z0-9_\\.\\-\\s]+')

__init__(ref=None, source=None, evidence=None, type=None, desc=None, confidence=None, uri=None, properties=None): 初始化 Annotation 物件的值。

class Bio.Phylo.PhyloXML.BinaryCharacters(type=None, gained_count=None, lost_count=None, present_count=None, absent_count=None, gained=None, lost=None, present=None, absent=None)

基底：PhyloElement

演化支根部的二元特徵。

在演化支根部存在、獲得和失去的二元特徵的名稱和/或計數。

__init__(type=None, gained_count=None, lost_count=None, present_count=None, absent_count=None, gained=None, lost=None, present=None, absent=None): 初始化 BinaryCharacters 物件的值。

class Bio.Phylo.PhyloXML.CladeRelation(type, id_ref_0, id_ref_1, distance=None, confidence=None)

基底：PhyloElement

表達兩個演化支之間的類型關係。

例如，這可以用於描述一個演化支的多個父代。

__init__(type, id_ref_0, id_ref_1, distance=None, confidence=None): 初始化 CladeRelation 物件的值。

class Bio.Phylo.PhyloXML.Confidence(value, type='unknown')

基底類別：float, PhyloElement

一個通用的信心元素。

例如，這可以用於表達一個演化支的自舉支持值（在這種情況下，type 屬性為 'bootstrap'）。

參數:

valuefloat: 信心值
typestring: 信心類型的標籤，例如 'bootstrap'

static __new__(cls, value, type='unknown'): 建立並返回一個具有指定值和類型的 Confidence 物件。

property value: 返回 Confidence 物件的浮點數值。

class Bio.Phylo.PhyloXML.Date(value=None, unit=None, desc=None, minimum=None, maximum=None)

基底：PhyloElement

與演化支/節點相關聯的日期。

其值可以使用 'value' 元素以數值表示，和/或使用 'desc' 元素以自由文本表示（例如，'志留紀'）。如果使用數值，建議使用 'unit' 屬性。

參數:

unitstring: 數值的類型（例如，'mya' 表示 '百萬年前'）
valuefloat: valuefloat
desc字串: 日期的值
descstring: 日期的純文本描述
minimumfloat: 日期值的下限

maximumfloat: 日期值的上限

__init__(value=None, unit=None, desc=None, minimum=None, maximum=None): 初始化 Date 物件的值。

__str__()

基底：PhyloElement

顯示類別名稱和人類可讀的日期。

class Bio.Phylo.PhyloXML.Distribution(desc=None, points=None, polygons=None)

參數:

desc字串: 演化支（物種、序列）項目的地理分佈。
適用於系統地理學應用。: descstring
位置的自由文本描述: pointsPoint 物件的列表

坐標（類似於 Google KML 格式中的 'Point' 元素）: polygonsPolygon 物件的列表

定義地理區域的坐標集

基底：PhyloElement

__init__(desc=None, points=None, polygons=None)

參數:

初始化 Distribution 物件的值。: class Bio.Phylo.PhyloXML.DomainArchitecture(length=None, domains=None)
蛋白質的結構域結構。: lengthint

__init__(length=None, domains=None): 初始化 DomainArchitecture 物件的值。

class Bio.Phylo.PhyloXML.Events(type=None, duplications=None, speciations=None, losses=None, confidence=None)

基底：PhyloElement

在演化樹分支的根節點發生的事件（例如，一個基因複製）。

所有屬性預設都設定為 None，但此物件也可以視為字典。在這種情況下，None 值被視為遺失的鍵，而刪除鍵會將該屬性的值重設回 None。

ok_type = {'fusion', 'mixed', 'other', 'speciation_or_duplication', 'transfer', 'unassigned'}

__init__(type=None, duplications=None, speciations=None, losses=None, confidence=None): 初始化 Events 物件的值。

items(): 回傳 Event 的項目。

keys(): 回傳 Event 的鍵。

values(): 從 Events 字典中的鍵值對回傳值。

__len__(): 回傳 Events 的數量。

__getitem__(key): 取得具有給定鍵的 Event 值。

__setitem__(key, val): 將項目新增至 Event 字典。

__delitem__(key): 刪除具有給定鍵的 Event。

__iter__(): 迭代 Events 字典中存在的鍵。

__contains__(key): 如果 Event 字典包含鍵，則回傳 True。

class Bio.Phylo.PhyloXML.Id(value, provider=None)

基底：PhyloElement

一個通用的識別符元素。

允許指示識別符的提供者（或授權單位），例如 NCBI，以及值本身。

__init__(value, provider=None): 初始化識別符物件的值。

__str__(): 以字串形式回傳識別符。

class Bio.Phylo.PhyloXML.MolSeq(value, is_aligned=None)

基底：PhyloElement

儲存分子序列。

參數:

valuestring: 序列本身
is_aligned布林值: 如果此序列與其他序列對齊則為 True（通常表示所有對齊的序列長度相同，且可能存在間隙）

re_value = re.compile('[a-zA-Z\\.\\-\\?\\*_]+')

__init__(value, is_aligned=None): 初始化 MolSeq 物件的參數。

__str__(): 回傳分子序列物件的值。

class Bio.Phylo.PhyloXML.Point(geodetic_datum, lat, long, alt=None, alt_unit=None)

基底：PhyloElement

具有可選海拔高度的點的地理坐標。

由元素 ‘Distribution’ 使用。

參數:

geodetic_datum字串，必填: 大地基準（也稱為「地圖基準」）。例如，Google 的 KML 使用「WGS84」。
lat數值: 緯度
long數值: 經度
alt數值: 海拔高度
alt_unit字串: 海拔高度的單位（例如，「米」）

__init__(geodetic_datum, lat, long, alt=None, alt_unit=None): 初始化 Point 物件的值。

class Bio.Phylo.PhyloXML.Polygon(points=None)

基底：PhyloElement

由 ‘Points’ 清單定義的多邊形（由元素 ‘Distribution’ 使用）。

參數:: points – 代表頂點的 3 個或更多點的清單。

__init__(points=None): 初始化 Polygon 物件的值。

__str__(): 以字串形式回傳點的清單。

class Bio.Phylo.PhyloXML.Property(value, ref, applies_to, datatype, unit=None, id_ref=None)

基底：PhyloElement

來自外部資源的類型化和引用屬性。

可以附加到 Phylogeny、Clade 和 Annotation 物件。

參數:

valuestring: 屬性的值
ref字串: 對外部資源的參考，例如「NOAA:depth」
applies_to字串: 表示屬性所套用的項目（例如，對於演化樹節點的父節點，使用 'node'；對於演化樹分支的父分支，使用 'parent_branch'；或者直接使用 'clade'）。
資料類型字串: 屬性的類型；限於 xsd 資料類型（例如，'xsd:string'、'xsd:boolean'、'xsd:integer'、'xsd:decimal'、'xsd:float'、'xsd:double'、'xsd:date'、'xsd:anyURI'）。
單位字串（選填）: 屬性的單位，例如 “METRIC:m”
id_refId（選填）: 允許將屬性特別附加到一個元素（在 xml 層級上）

re_ref = re.compile('[a-zA-Z0-9_]+:[a-zA-Z0-9_\\.\\-\\s]+')

ok_applies_to = {'annotation', 'clade', 'node', 'other', 'parent_branch', 'phylogeny'}

ok_datatype = {'xsd:anyURI', 'xsd:base64Binary', 'xsd:boolean', 'xsd:byte', 'xsd:date', 'xsd:dateTime', 'xsd:decimal', 'xsd:double', 'xsd:duration', 'xsd:float', 'xsd:gDay', 'xsd:gMonth', 'xsd:gMonthDay', 'xsd:gYear', 'xsd:gYearMonth', 'xsd:hexBinary', 'xsd:int', 'xsd:integer', 'xsd:long', 'xsd:negativeInteger', 'xsd:nonNegativeInteger', 'xsd:nonPositiveInteger', 'xsd:normalizedString', 'xsd:positiveInteger', 'xsd:short', 'xsd:string', 'xsd:time', 'xsd:token', 'xsd:unsignedByte', 'xsd:unsignedInt', 'xsd:unsignedLong', 'xsd:unsignedShort'}

__init__(value, ref, applies_to, datatype, unit=None, id_ref=None): 初始化 Property 物件的值。

class Bio.Phylo.PhyloXML.ProteinDomain(value, start, end, confidence=None, id=None)

基底：PhyloElement

表示域架構中的個別域。

位置使用以 0 為基礎的索引，如同大多數 Python 物件（包括 SeqFeature）一樣，而不是通常生物學上從 1 開始的慣例。這表示 start 和 end 屬性可以直接用作 Seq 物件上的切片索引。

參數:

start非負整數: 域在序列上的起始位置，使用以 0 為基礎的索引
end非負整數: 域在序列上的結束位置
confidence浮點數: 可用於儲存例如 E 值
id字串: 唯一識別符/名稱

__init__(value, start, end, confidence=None, id=None): 初始化 ProteinDomain 物件的值。

classmethod from_seqfeature(feat): 從 SeqFeature 建立 ProteinDomain 物件。

to_seqfeature(): 從 ProteinDomain 物件建立 SeqFeature。

class Bio.Phylo.PhyloXML.Reference(doi=None, desc=None)

基底：PhyloElement

演化樹節點的文獻參考。

注意：在可能的情況下，請使用 doi 屬性，而不是自由文字的 desc 元素。

re_doi = re.compile('[a-zA-Z0-9_\\.]+/[a-zA-Z0-9_\\.]+')

__init__(doi=None, desc=None): 初始化 Reference 類別物件的元素。

class Bio.Phylo.PhyloXML.Sequence(type=None, id_ref=None, id_source=None, symbol=None, accession=None, name=None, location=None, mol_seq=None, uri=None, domain_architecture=None, annotations=None, other=None)

基底：PhyloElement

與節點相關聯的分子序列（蛋白質、DNA、RNA）。

id_ref 的一個預期用途是將序列連結到分類（透過分類的 id_source），以防每個節點有多個序列和分類的情況。

參數:

type{‘dna’, ‘rna’, ‘protein’}: 此序列代表的分子類型
id_ref字串: 對其他資源的參考
id_source字串: 參考的來源
symbol字串: 序列的簡短符號，例如 'ACTM'（最多 10 個字元）
accessionAccession: 此序列的登錄碼。
名稱字串: 序列的完整名稱，例如 'muscle Actin'
location: 序列在基因體/染色體上的位置。
mol_seqMolSeq: 分子序列本身
uriUri: 連結
annotationsAnnotation 物件的清單: 此序列上的註解
domain_architectureDomainArchitecture: 此序列上的蛋白質域
其他其他物件列表: 非 phyloXML 元素

types = {'dna', 'protein', 'rna'}

re_symbol = re.compile('\\S{1,10}')

__init__(type=None, id_ref=None, id_source=None, symbol=None, accession=None, name=None, location=None, mol_seq=None, uri=None, domain_architecture=None, annotations=None, other=None): 初始化 Sequence 物件的值。

classmethod from_seqrecord(record, is_aligned=None): 從 SeqRecord 物件建立新的 PhyloXML Sequence。

to_seqrecord()

從此 Sequence 實例建立一個 SeqRecord 物件。

seqrecord.annotations 字典的封裝方式如下

{ # Sequence attributes with no SeqRecord equivalent:
  'id_ref': self.id_ref,
  'id_source': self.id_source,
  'location': self.location,
  'uri': { 'value': self.uri.value,
                  'desc': self.uri.desc,
                  'type': self.uri.type },
  # Sequence.annotations attribute (list of Annotations)
  'annotations': [{'ref': ann.ref,
                   'source': ann.source,
                   'evidence': ann.evidence,
                   'type': ann.type,
                   'confidence': [ann.confidence.value,
                                  ann.confidence.type],
                   'properties': [{'value': prop.value,
                                    'ref': prop.ref,
                                    'applies_to': prop.applies_to,
                                    'datatype': prop.datatype,
                                    'unit': prop.unit,
                                    'id_ref': prop.id_ref}
                                   for prop in ann.properties],
                  } for ann in self.annotations],
}

class Bio.Phylo.PhyloXML.SequenceRelation(type, id_ref_0, id_ref_1, distance=None, confidence=None)

基底：PhyloElement

表示兩個序列之間的類型關係。

例如，這可以用來描述直系同源 (orthology) (在此情況下，屬性 ‘type’ 為 ‘orthology’)。

參數:

id_ref_0Id: 第一個序列參考識別符
id_ref_1Id: 第二個序列參考識別符
distancefloat: 兩個序列之間的距離
type受限字串: 描述關係的類型
confidence信賴度: 此關係的信賴度值

ok_type = {'one_to_one_orthology', 'orthology', 'other', 'paralogy', 'super_orthology', 'ultra_paralogy', 'unknown', 'xenology'}

__init__(type, id_ref_0, id_ref_1, distance=None, confidence=None): 初始化類別。

class Bio.Phylo.PhyloXML.Taxonomy(id_source=None, id=None, code=None, scientific_name=None, authority=None, rank=None, uri=None, common_names=None, synonyms=None, other=None)

基底：PhyloElement

描述一個演化支的分類資訊。

參數:

id_sourceId: 將其他元素連結到分類 (在 XML 層級)
IDID: 一個分類單元的唯一識別符，例如，加州海兔的 Id(‘6500’, provider=’ncbi_taxonomy’)
code受限字串: 儲存 UniProt/Swiss-Prot 風格的生物體代碼，例如，加州海兔 ‘Aplysia californica’ 的 ‘APLCA’
scientific_name字串: 此生物體的標準學名，例如，加州海兔的 ‘Aplysia californica’
authority字串: 保留與 ‘scientific_name’ 相關的權威，例如 ‘J. G. Cooper, 1863’
common_names字串列表: 此生物體的俗名
synonyms字串列表: 此分類單元的同義詞？
rank受限字串: 分類等級
uriUri: 連結
其他其他物件列表: 非 phyloXML 元素

re_code = re.compile('[a-zA-Z0-9_]{2,10}')

ok_rank = {'branch', 'class', 'cohort', 'cultivar', 'division', 'domain', 'family', 'form', 'genus', 'infraclass', 'infracohort', 'infradivision', 'infrakingdom', 'infralegion', 'infraphylum', 'infratribe', 'kingdom', 'legion', 'microphylum', 'order', 'other', 'phylum', 'species', 'subclass', 'subcohort', 'subdivision', 'subfamily', 'subform', 'subgenus', 'subkingdom', 'sublegion', 'suborder', 'subphylum', 'subspecies', 'subtribe', 'subvariety', 'superclass', 'supercohort', 'superdivision', 'superfamily', 'superlegion', 'superorder', 'superphylum', 'superspecies', 'supertribe', 'tribe', 'unknown', 'variety'}

__init__(id_source=None, id=None, code=None, scientific_name=None, authority=None, rank=None, uri=None, common_names=None, synonyms=None, other=None): 初始化類別。

__str__(): 顯示類別名稱和識別屬性。

class Bio.Phylo.PhyloXML.Uri(value, desc=None, type=None)

基底：PhyloElement

統一資源識別符。

一般來說，這預期為一個 URL (例如，連結到網站上的圖片，在此情況下，type 屬性可能是 ‘image’，而 desc 可能是 ‘加州海兔的圖片’)。

__init__(value, desc=None, type=None): 初始化類別。

__str__(): 傳回 Uri 的字串表示。