Bio.Phylo.PAML.yn00 模組

用於支援 yn00 的類別。

Yang 和 Nielsen 於 2000 年提出，用於估計蛋白質編碼 DNA 序列成對比較中的同義和非同義取代率。

例外 Bio.Phylo.PAML.yn00.Yn00Error

基底類別：OSError

yn00 失敗。請使用 verbose=True 執行以檢視 yn00 的錯誤訊息。

類別 Bio.Phylo.PAML.yn00.Yn00(alignment=None, working_dir=None, out_file=None)

基底類別：Paml

yn00 的介面，為 PAML 套件的一部分。

__init__(alignment=None, working_dir=None, out_file=None)

初始化 Yn00 實例。

使用者可選擇性地傳入指定輸入序列比對、工作目錄和最終輸出檔案位置的字串。

write_ctl_file()

從選項動態建構 yn00 控制檔案。

控制檔案會寫入至 yn00 類別的 ctl_file 屬性所指定的位置。

read_ctl_file(ctl_file)

解析控制檔案並將選項載入 yn00 實例。

run(ctl_file=None, verbose=False, command='yn00', parse=True)

使用目前設定執行 yn00。

如果 parse 為 True，則讀取並傳回結果，否則傳回 None。

Bio.Phylo.PAML.yn00.read(results_file)

解析 yn00 結果檔案。