Bio.Phylo.PAML.codeml 模組

用於支援 CODEML 的類別。

使用密碼子取代模型進行最大似然分析。

exception Bio.Phylo.PAML.codeml.CodemlError

基底類別： OSError

CODEML 失敗。請使用 verbose=True 執行以檢視 CODEML 的錯誤訊息。

class Bio.Phylo.PAML.codeml.Codeml(alignment=None, tree=None, working_dir=None, out_file=None)

基底類別： Paml

CODEML 的介面，屬於 PAML 套件的一部分。

__init__(alignment=None, tree=None, working_dir=None, out_file=None)

初始化 codeml 實例。

使用者可以選擇性地傳入字串，指定輸入比對檔和樹狀圖檔的位置、工作目錄和最終輸出檔。CODEML 控制中的其他選項預設為典型設定，以便在核苷酸比對上執行位點類別模型 0、1 和 2。

write_ctl_file()

從選項動態建構 CODEML 控制檔。

控制檔會寫入 codeml 類別的 ctl_file 屬性所指定的位置。

read_ctl_file(ctl_file)

剖析控制檔並將選項載入 Codeml 實例。

print_options()

列印所有選項及其目前的設定。

run(ctl_file=None, verbose=False, command='codeml', parse=True)

使用目前組態執行 codeml。

如果 parse 為 True，則讀取並傳回結果，否則傳回 None。

儘管 CODEML 需要相對路徑，但引數可以絕對或相對路徑傳遞。

Bio.Phylo.PAML.codeml.read(results_file)

剖析 CODEML 結果檔。