Bio.Phylo.NewickIO 模組

Newick 檔案格式的 I/O 函式封裝器。

請參閱：http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/newick_doc.html

exception Bio.Phylo.NewickIO.NewickError

基底：Exception

當 Newick 物件建構無法繼續時引發的例外。

Bio.Phylo.NewickIO.parse(handle, **kwargs)

迭代 Newick 檔案控制代碼中的樹狀結構。

傳回值:

Bio.Phylo.Newick.Tree 物件的產生器。

Bio.Phylo.NewickIO.write(trees, handle, plain=False, **kwargs)

以 Newick 格式將樹狀結構寫入給定的檔案控制代碼。

傳回值:

寫入的樹狀結構數量。

class Bio.Phylo.NewickIO.Parser(handle)

基底：object

解析給定檔案控制代碼的 Newick 樹狀結構。

基於 Bio.Nexus.Trees 中的解析器。

__init__(handle)

初始化 Newick 樹狀結構的檔案控制代碼。

classmethod from_string(treetext)

從給定的字串例示 Newick 樹狀結構類別。

parse(values_are_confidence=False, comments_are_confidence=False, rooted=False)

解析此物件初始化的文字串流。

new_clade(parent=None)

傳回新的 Newick.Clade，可選擇性地暫時參考父項。

process_clade(clade)

移除節點的父項並傳回它。已解析的演化枝的最終處理。

class Bio.Phylo.NewickIO.Writer(trees)

基底：object

基於 Bio.Nexus.Trees 中的寫入器（str、to_string）。

__init__(trees)

初始化樹狀結構寫入器物件的參數。

write(handle, **kwargs)

將此實例的樹狀結構寫入檔案控制代碼。

to_strings(confidence_as_branch_length=False, branch_length_only=False, plain=False, plain_newick=True, ladderize=None, max_confidence=1.0, format_confidence='%1.2f', format_branch_length='%1.5f')

傳回 PAUP 相容樹狀結構行的可迭代物件。