Bio.Phylo.NeXMLIO 模組

NeXML 檔案格式的 I/O 函式包裝器。

參見： http://www.nexml.org

Bio.Phylo.NeXMLIO.qUri(s)

給定一個有前綴的 URI，回傳完整的 URI。

Bio.Phylo.NeXMLIO.cdao_to_obo(s)

選擇性地將 CDAO 前綴的 URI 轉換為 OBO 前綴的 URI。

Bio.Phylo.NeXMLIO.matches(s)

檢查 CDAO 和 OBO 命名空間中是否有匹配項。

exception Bio.Phylo.NeXMLIO.NeXMLError

基底類別：Exception

當 NeXML 物件建構無法繼續時引發的例外。

Bio.Phylo.NeXMLIO.parse(handle, **kwargs)

迭代 NeXML 檔案控制代碼中的樹狀結構。

回傳值:

Bio.Phylo.NeXML.Tree 物件的產生器。

Bio.Phylo.NeXMLIO.write(trees, handle, plain=False, **kwargs)

以 NeXML 格式將樹狀結構寫入給定的檔案控制代碼。

回傳值:

寫入的樹狀結構數量。

class Bio.Phylo.NeXMLIO.Parser(handle)

基底類別：object

解析給定檔案控制代碼的 NeXML 樹狀結構。

基於 Bio.Nexus.Trees 中的解析器。

__init__(handle)

初始化 NeXML 檔案解析器的參數。

classmethod from_string(treetext)

將檔案控制代碼轉換為 StringIO 物件。

add_annotation(node_dict, meta_node)

為 NeXML 解析器新增註解。

parse(values_are_confidence=False, rooted=False)

解析初始化此物件時所用的文字串流。

class Bio.Phylo.NeXMLIO.Writer(trees)

基底類別：object

基於 Bio.Nexus.Trees 中的寫入器 (str, to_string)。

__init__(trees)

初始化 NeXML 寫入器的參數。

new_label(obj_type)

為 NeXML 寫入器建立新標籤。

write(handle, cdao_to_obo=True, **kwargs)

將此實例的樹狀結構寫入檔案控制代碼。