Bio.Phylo.Consensus 模組
用於尋找共識樹的類別和方法。
此模組包含一個 _BitString 類別，以協助共識樹搜尋，以及一些常見的共識演算法，例如嚴格、多數規則和亞當共識。
- Bio.Phylo.Consensus.strict_consensus(trees)
從多個樹狀圖搜尋嚴格共識樹。
- 參數:
- trees可迭代物件
用於產生共識樹的可迭代樹狀圖。
- Bio.Phylo.Consensus.majority_consensus(trees, cutoff=0)
從多個樹狀圖搜尋多數規則共識樹。
這是一個擴展的多數規則方法，這表示您可以設定 0 ~ 1 之間的任何截止值，而不是 0.5。截止值的預設值為 0，以便在任何情況下建立寬鬆的二元共識樹（只要提供的樹狀圖之一是二元樹）。結果共識樹中每個共識分支的長度是該分支所有計數的平均長度。
- 參數:
- trees可迭代物件
用於產生共識樹的可迭代樹狀圖。
- Bio.Phylo.Consensus.adam_consensus(trees)
從多個樹狀圖搜尋亞當共識樹。
- 參數:
- trees列表
用於產生共識樹的樹狀圖列表。
- Bio.Phylo.Consensus.get_support(target_tree, trees, len_trees=None)
計算給定引導複製樹的目標樹狀圖分支支持度。
- 參數:
- target_tree樹狀圖
要計算分支支持度的樹狀圖。
- trees可迭代物件
用於計算分支支持度的可迭代樹狀圖。
- len_trees整數
樹狀圖中複製的可選計數。當 len(trees) 不是有效的操作時，必須提供 len_trees。
- Bio.Phylo.Consensus.bootstrap(msa, times)
從多重序列比對 (已過時) 產生引導複製。
- 參數:
- msaMultipleSeqAlignment
要產生複製的多重序列比對。
- times整數
引導次數。
- Bio.Phylo.Consensus.bootstrap_trees(alignment, times, tree_constructor)
從多重序列比對產生引導複製樹狀圖。
- 參數:
- alignmentAlignment 或 MultipleSeqAlignment 物件
要產生複製的多重序列比對。
- times整數
引導次數。
- tree_constructorTreeConstructor
要用於建立樹狀圖的樹狀圖建構函式。
- Bio.Phylo.Consensus.bootstrap_consensus(alignment, times, tree_constructor, consensus)
多重序列比對的一系列引導樹的共識樹。
- 參數:
- alignmentAlignment 或 MultipleSeqAlignment 物件
用於產生複製的多重序列比對。
- times整數
引導次數。
- tree_constructorTreeConstructor
要用於建立樹狀圖的樹狀圖建構函式。
- consensus函式
此模組中的共識方法：
strict_consensus、majority_consensus、adam_consensus。