Bio.Phylo.CDAOIO 模組

RDF/CDAO 檔案格式的 I/O 函數包裝器。

這是一種符合比較數據分析本體 (CDAO) 的 RDF 格式。請參閱：http://evolutionaryontology.org/cdao

此模組需要 librdf Python 綁定 (http://www.librdf.org)

CDAOIO.Parser 除了可以解析文字檔案之外，也可以直接從實現 Redland 儲存介面的三元組儲存區解析；同樣地，CDAOIO.Writer 可以將三元組儲存在三元組儲存區中，而不是將它們序列化到檔案中。

Bio.Phylo.CDAOIO.qUri(x)

解析 librdf 的 URI。

Bio.Phylo.CDAOIO.format_label(x)

格式化 librdf 的標籤。

Bio.Phylo.CDAOIO.parse(handle, **kwargs)

迭代 CDAO 檔案控制代碼中的樹狀結構。

返回:

Bio.Phylo.CDAO.Tree 物件的產生器。

Bio.Phylo.CDAOIO.write(trees, handle, plain=False, **kwargs)

以 CDAO 格式將樹狀結構寫入給定的檔案控制代碼。

返回:

寫入的樹狀結構數量。

class Bio.Phylo.CDAOIO.Parser(handle=None)

基類：object

解析給定檔案控制代碼的 CDAO 樹狀結構。

__init__(handle=None)

初始化 CDAO 樹狀結構解析器。

classmethod from_string(treetext)

從給定的字串實例化類別。

parse(**kwargs)

解析以這個物件初始化的文字串流。

parse_handle_to_graph(rooted=False, parse_format='turtle', context=None, **kwargs)

將 self.handle 解析為 RDF 模型 self.model。

parse_graph(graph=None, context=None)

迭代 RDF 模型，產生 CDAO.Tree 實例。

new_clade(node)

傳回給定命名節點的 CDAO.Clade 物件。

get_node_info(graph, context=None)

建立包含樹狀結構中所有節點資訊的字典。

parse_children(node)

遍歷樹狀結構以建立巢狀分支結構。

傳回 CDAO.Clade，並針對每個子節點遞迴呼叫自身，遍歷整個樹狀結構並建立 CDAO.Clade 物件的巢狀結構。

class Bio.Phylo.CDAOIO.Writer(trees)

基類：object

基於 Bio.Nexus.Trees 中的寫入器 (str, to_string)。

prefixes = {'cdao': 'http://purl.obolibrary.org/obo/cdao.owl#', 'obo': 'http://purl.obolibrary.org/obo/', 'owl': 'http://www.w3.org/2002/07/owl#', 'rdf': 'http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#', 'rdfs': 'http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#'}

__init__(trees)

初始化用於寫入 CDAO 樹狀結構的參數。

write(handle, tree_uri='', record_complete_ancestry=False, rooted=False, **kwargs)

將此實例的樹狀結構寫入檔案控制代碼。

add_stmt_to_handle(handle, stmt)

將 URI 字首新增至控制代碼。

process_clade(clade, parent=None, root=False)

遞迴產生描述分支樹狀結構的三元組。