Bio.PDB.StructureBuilder 模組

建立 Structure 物件的消費者類別。

這被 PDBParser 和 MMCIFparser 類別使用。

class Bio.PDB.StructureBuilder.StructureBuilder

基底： object

處理建構 Structure 物件。

StructureBuilder 類別被 PDBParser 類別使用，以將檔案轉換為 Structure 物件。

__init__()

初始化此實例。

set_header(header)

設定標頭。

set_line_counter(line_counter: int)

追蹤正在解析的 PDB 檔案中的行。

參數

• line_counter - int

init_structure(structure_id: str)

使用給定的 id 初始化新的 Structure 物件。

參數

• structure_id - 字串

init_model(model_id: int, serial_num: int | None = None)

使用給定的 id 建立新的 Model 物件。

參數

• id - int

• serial_num - int

init_chain(chain_id: str)

使用給定的 id 建立新的 Chain 物件。

參數

• chain_id - 字串

init_seg(segid: str)

標示 segid 中的變更。

參數

• segid - 字串

init_residue(resname: str, field: str, resseq: int, icode: str)

建立新的 Residue 物件。

參數

• resname - 字串，例如 "ASN"

• field - 雜原子標記，“W” 代表水分子，“H” 代表雜原子殘基，否則為空白。

• resseq - int，序列識別符

• icode - 字串，插入碼

init_atom(name: str, coord: ndarray, b_factor: float, occupancy: float, altloc: str, fullname: str, serial_number=None, element: str | None = None, pqr_charge: float | None = None, radius: float | None = None, is_pqr: bool = False)

建立新的 Atom 物件。

參數

• name - 字串，原子名稱，例如 CA，空格應被移除

• coord - NumPy 陣列（Float0，長度為 3），原子坐標

• b_factor - float，B 因子

• occupancy - float

• altloc - 字串，替代位置指定符

• fullname - 字串，包含空格的原子名稱，例如 " CA "

• element - 字串，大寫，例如汞的 "HG"

• pqr_charge - float，原子電荷 (PQR 格式)

• radius - float，原子半徑 (PQR 格式)

• is_pqr - 布林值，用於指定是否正在解析 .pqr 檔案的標記

set_anisou(anisou_array)

設定目前 Atom 的各向異性 B 因子。

set_siguij(siguij_array)

設定目前 Atom 的各向異性 B 因子的標準差。

set_sigatm(sigatm_array)

設定目前 Atom 的原子位置的標準差。

get_structure()

返回結構。

set_symmetry(spacegroup, cell)

設定對稱性。