Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway 模組
用於表示 KGML 路徑圖的類別。
KGML 定義依據 KGML v0.7.2 版本（http://www.kegg.jp/kegg/xml/docs/）
- 類別
Pathway - 指定路徑圖的圖形資訊
Relation - 指定兩個蛋白質或 KOs 之間，或蛋白質與化合物之間的關係。在某些情況下，關係具有隱含的方向性。
Reaction - 基質和產物之間特定的化學反應。
Entry - 路徑圖中的節點
Graphics - 描述其視覺呈現的 Entry 子元素
- class Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Pathway
基底：
object表示來自 KEGG 的 KGML 路徑。
指定路徑圖的圖形資訊，如 KGML v0.7.2 版本中所述（http://www.kegg.jp/kegg/xml/docs/）
- 屬性
name - 路徑圖的 KEGGID
org - ko/ec/[org 前綴]
number - 地圖編號（整數）
title - 地圖標題
image - 路徑圖像地圖的 URL
link - 有關路徑資訊的 URL
entries - 路徑中條目的字典，以節點 ID 作為鍵
reactions - 路徑中的反應集合
name 屬性具有受限制的格式，因此我們將其設為屬性並強制執行格式化。
Pathway 物件是新增/移除 Entry、Reaction 或 Relation 元素的唯一允許路徑。
條目保留在字典中，並以路徑圖的節點 ID 作為鍵 - 這允許通過 Reaction/Relation 等元素輕鬆訪問。條目必須在被任何其他元素引用之前添加。
反應保留在字典中，並以路徑的節點 ID 作為鍵。反應中引用的元素必須在反應本身之前添加。
- __init__()
初始化類別。
- get_KGML()
以美化的 KGML 格式返回路徑作為字串。
- add_entry(entry)
將 Entry 元素新增到路徑。
- remove_entry(entry)
從路徑中移除 Entry 元素。
- add_reaction(reaction)
將 Reaction 元素新增到路徑。
- remove_reaction(reaction)
從路徑中移除 Reaction 元素。
- add_relation(relation)
將 Relation 元素新增到路徑。
- remove_relation(relation)
從路徑中移除 Relation 元素。
- __str__()
返回可讀的摘要描述字串。
- property name
路徑圖的 KEGGID。
- property number
KEGG 地圖編號。
- property compounds
取得化合物類型條目的清單。
- property maps
取得地圖類型條目的清單。
- property orthologs
取得直系同源物類型條目的清單。
- property genes
取得基因類型條目的清單。
- property reactions
取得路徑中的反應清單。
- property reaction_entries
與路徑中每個反應對應的條目清單。
- property relations
取得路徑中的關係清單。
- property element
以有效的 KGML 元素返回路徑。
- property bounds
路徑中所有 Graphics 元素的座標界限。
返回路徑中所有 Graphics 元素的 [(xmin, ymin), (xmax, ymax)] 座標
- class Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Entry
基底：
object表示來自 KGML 的 Entry。
每個 Entry 元素都是路徑圖中的一個節點，如 KGML v0.7.2 版本中所述（http://www.kegg.jp/kegg/xml/docs/）
- 屬性
id - 條目在路徑圖中的 ID（整數）
names - 條目的 KEGG ID 清單
type - 條目的類型
link - 有關條目資訊的 URL
reaction - 對應反應的 KEGG ID 清單（整數）
graphics - 描述 Entry 視覺呈現的 Graphics 物件清單
components - 此 Entry 的元件節點 ID 清單（「群組」）
alt - 條目的備用名稱清單
注意：alt 屬性表示 KGML 檔案中基質和產物元素的子元素
- __init__()
初始化類別。
- __str__()
返回可讀的描述性字串。
- add_component(element)
將元素新增到條目。
如果 Entry 已經是路徑的一部分，請確保組件已存在。
- remove_component(value)
從群組中移除具有傳遞 ID 的條目。
- add_graphics(entry)
新增 Graphics 項目。
- remove_graphics(entry)
從群組中移除具有傳入 ID 的 Graphics 項目。
- property name
Entry 的 KEGG 識別符清單。
- property reaction
此 Entry 的反應 KEGG ID 清單。
- property id
Entry 的路徑圖節點 ID。
- property element
以有效的 KGML 元素形式返回 Entry。
- property bounds
Entry 中所有 Graphics 元素的座標範圍。
返回 Entry Graphics 元素的 [(xmin, ymin), (xmax, ymax)] 座標。
- property is_reactant
如果此 Entry 參與其父路徑中的任何反應，則返回 true。
- class Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Component(parent)
基底：
object一個用於表示複雜節點的 Entry 子元素。
Entry 元素的子元素，當 Entry 為複雜節點時使用，如 KGML v0.7.2 版本所述 (http://www.kegg.jp/kegg/xml/docs/)
Component 作為一個集合（類型為 'group'，通常有自己的 Graphics 子元素），只有一個 ID。
- __init__(parent)
初始化類別。
- property id
Entry 的路徑圖節點 ID。
- property element
以有效的 KGML 元素形式返回 Component。
- class Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Graphics(parent)
基底：
object一個用於表示視覺呈現的 Entry 子元素。
Entry 的子元素，指定其視覺呈現，如 KGML v0.7.2 版本所述 (http://www.kegg.jp/kegg/xml/docs/)
- 屬性
name 圖形物件的標籤
x 物件的 X 軸位置（整數）
y 物件的 Y 軸位置（整數）
coords 折線座標，(整數, 整數) 元組的列表
type 物件形狀
width 物件寬度（整數）
height 物件高度（整數）
fgcolor 物件前景顏色（十六進位 RGB）
bgcolor 物件背景顏色（十六進位 RGB）
某些屬性僅適用於特定的圖形類型。例如，線條類型（通常）沒有寬度。我們允許非 DTD 屬性和屬性設定，例如
dash 整數列表，描述虛線的開/關模式
- __init__(parent)
初始化類別。
- property x
圖形元素的 X 座標。
- property y
圖形元素的 Y 座標。
- property width
圖形元素的寬度。
- property height
圖形元素的高度。
- property coords
圖形元素的折線座標。
- property fgcolor
前景顏色。
- property bgcolor
背景顏色。
- property element
以有效的 KGML 元素形式返回 Graphics。
- property bounds
Graphics 元素的座標範圍。
以 [(xmin, ymin), (xmax, ymax)] 元組的形式返回 Graphics 物件的範圍。座標給出圓形、矩形、圓角矩形元素的中心，因此我們必須調整相關的寬度/高度。
- property centre
以 (x, y) 元組的形式返回 Graphics 物件的中心。
- class Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Reaction
基底：
object具有基質和產物的特定化學反應。
這描述一個或多個基質和一個或多個產物之間的特定化學反應。
- 屬性
id 條目的路徑圖節點 ID
names 來自 REACTION 資料庫的 KEGG 識別符清單
type 字串：可逆或不可逆
substrate 基質的 Entry 物件
product 產物的 Entry 物件
- __init__()
初始化類別。
- __str__()
返回資訊豐富且人類可讀的字串。
- add_substrate(substrate_id)
將一個由其節點 ID 識別的基質新增到反應中。
- add_product(product_id)
將一個由其節點 ID 識別的產物新增到反應中。
- property id
反應的節點 ID。
- property name
反應的 KEGG 識別符清單。
- property substrates
返回基質 Entry 元素列表。
- property products
返回產物 Entry 元素列表。
- property entry
返回對應於此反應的 Entry。
- property reactant_ids
返回基質和產物反應物 ID 的列表。
- property element
返回描述反應的 KGML 元素。
- class Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Relation
基底：
object兩個產物、KO 或蛋白質和化合物之間的關係。
此描述了兩個產品、KOs，或蛋白質與化合物之間的關係，如 KGML v0.7.2 版本所述 (http://www.kegg.jp/kegg/xml/docs/)
- 屬性
entry1 - 定義關係的第一個 Entry 物件節點 ID (整數)
entry2 - 定義關係的第二個 Entry 物件節點 ID (整數)
type - 關係類型
subtypes - 關係的子類型列表，為 (名稱, 值) 元組的列表
- __init__()
初始化類別。
- __str__()
返回一個易於人類閱讀的字串。
- property entry1
關係的 Entry1。
- property entry2
關係的 Entry2。
- property element
返回描述關係的 KGML 元素。