Bio.KEGG.KGML.KGML_parser 模組

用於解析 KGML 路徑圖的類別和函式。

KGML 路徑圖會被解析成此模組中 KGML_Pathway.py 定義的物件結構。

類別

• KGMLParser - 解析 KGML 檔案

函式

• read - 內部使用 KGMLParser，並回傳單一路徑物件

Bio.KEGG.KGML.KGML_parser.read(handle)

從給定的檔案控制代碼解析單一 KEGG 路徑。

回傳單一路徑物件。每個檔案應該只有一個路徑，但也可能會有不符合規範的例外情況。

Bio.KEGG.KGML.KGML_parser.parse(handle)

回傳路徑元素的迭代器。

引數

• handle - 要解析的 KGML 檔案的檔案控制代碼，或是一個 KGML 字串

這是一個用於回傳多個路徑物件的產生器。

class Bio.KEGG.KGML.KGML_parser.KGMLParser(elem)

基底類別：object

將 KGML XML 路徑條目解析成路徑物件。

範例：讀取並解析大型代謝檔案

>>> from Bio.KEGG.KGML.KGML_parser import read
>>> pathway = read(open('KEGG/ko01100.xml', 'r'))
>>> print(len(pathway.entries))
3628
>>> print(len(pathway.reactions))
1672
>>> print(len(pathway.maps))
149

>>> pathway = read(open('KEGG/ko00010.xml', 'r'))
>>> print(pathway) 
Pathway: Glycolysis / Gluconeogenesis
KEGG ID: path:ko00010
Image file: http://www.kegg.jp/kegg/pathway/ko/ko00010.png
Organism: ko
Entries: 99
Entry types:
    ortholog: 61
    compound: 31
    map: 7

__init__(elem)

初始化類別。

parse()

解析輸入元素。