Bio.Graphics.GenomeDiagram 套件

模組內容

整合至 Biopython 的 GenomeDiagram 模組。

class Bio.Graphics.GenomeDiagram.Diagram(name=None, format='circular', pagesize='A3', orientation='landscape', x=0.05, y=0.05, xl=None, xr=None, yt=None, yb=None, start=None, end=None, tracklines=False, fragments=10, fragment_size=None, track_size=0.75, circular=True, circle_core=0.0)

基底類別: object

圖表容器。

參數

• name - 字串，圖表的識別符。

• tracks - 組成圖表的 Track 物件列表。

• format - 字串，圖表的格式，根據所需的圖表種類為「circular」或「linear」。

• pagesize - 字串，輸出頁面大小，描述影像的 ISO 大小，或像素的 tuple。

• orientation - 字串，描述最終繪圖所需的方向（「landscape」或「portrait」）。

• x - 浮點數 (0->1)，頁面與頁面 X 邊界佔用的比例。

• y - 浮點數 (0->1)，頁面與頁面 Y 邊界佔用的比例。

• xl - 浮點數 (0->1)，頁面與頁面左側 X 邊界佔用的比例 (覆蓋 x)。

• xr - 浮點數 (0->1)，頁面與頁面右側 X 邊界佔用的比例 (覆蓋 x)。

• yt - 浮點數 (0->1)，頁面與頁面上方 Y 邊界佔用的比例 (覆蓋 y)。

• yb - 浮點數 (0->1)，頁面與頁面下方 Y 邊界佔用的比例 (覆蓋 y)。

• circle_core - 浮點數，圓形圖中心保留為空的可用半徑比例 (0 到 1)。

• start - 整數，圖表開始的鹼基/氨基酸位置。

• end - 整數，圖表結束的鹼基/氨基酸位置。

• tracklines - 布林值，若要繪製軌道輔助線則為 True。

• fragments - 整數，對於線性圖，序列劃分為相等分割的數量。

• fragment_size - 浮點數 (0->1)，每個片段可用空間中用於繪圖的比例。

• track_size - 浮點數 (0->1)，每個軌道可用空間中用於繪製符號的比例。

• circular - 布林值，若要繪製的基因組/序列實際上是環狀則為 True。

__init__(name=None, format='circular', pagesize='A3', orientation='landscape', x=0.05, y=0.05, xl=None, xr=None, yt=None, yb=None, start=None, end=None, tracklines=False, fragments=10, fragment_size=None, track_size=0.75, circular=True, circle_core=0.0)

初始化。

gdd = Diagram(name=None)

set_all_tracks(attr, value)

將集合中所有軌道的傳入屬性設定為傳入的值。

參數

• attr - Track 類別的屬性。

• value - 設定該屬性的值。

set_all_tracks(self, attr, value)

draw(format=None, pagesize=None, orientation=None, x=None, y=None, xl=None, xr=None, yt=None, yb=None, start=None, end=None, tracklines=None, fragments=None, fragment_size=None, track_size=None, circular=None, circle_core=None, cross_track_links=None)

繪製圖表，並使用傳入的參數覆蓋現有的屬性。

gdd.draw(format='circular')

write(filename='test1.ps', output='PS', dpi=72)

將繪製的圖表以指定的格式寫入指定的文件。

參數

• filename - 一個字串，指示輸出檔案的名稱，或要寫入的檔案控制代碼。

• output - 一個字串，指示輸出格式，可以是 PS、PDF、SVG，或者如果安裝了 ReportLab renderPM 模組，則可以是點陣圖格式 JPG、BMP、GIF、PNG、TIFF 或 TIFF。格式可以用大寫或小寫字母表示。

• dpi - 一個整數。點陣圖格式的解析度（每英寸點數）。

返回

無返回值。

write(self, filename='test1.ps', output='PS', dpi=72)

write_to_string(output='PS', dpi=72)

返回一個包含指定格式圖表的位元組字串。

參數

• output - 一個字串，指示輸出格式，可以是 PS、PDF、SVG、JPG、BMP、GIF、PNG、TIFF 或 TIFF（如 write 方法中所指定）。

• dpi - 點陣圖格式的解析度（每英寸點數）。

返回

以指定的格式返回完成的繪圖作為位元組字串。

add_track(track, track_level)

將 Track 物件新增到圖表中。

它也接受指示將其放置在圖表上的特定層級的指令。

參數

• track - 要繪製的 Track 物件。

• track_level - 一個整數。軌道將被繪製的層級（在任意基準線之上）。

add_track(self, track, track_level)

new_track(track_level, **args)

在指定的層級將新的 Track 新增到圖表中。

返回軌道以供使用者進一步操作。

參數

• track_level - 一個整數。軌道將被繪製的層級（在任意基準線之上）。

new_track(self, track_level)

del_track(track_level)

移除要在圖表上特定層級繪製的軌道。

參數

• track_level - 一個整數。要刪除的圖表上的軌道層級。

del_track(self, track_level)

get_tracks()

返回圖表中包含的軌道列表。

move_track(from_level, to_level)

將軌道從圖表上的某個層級移動到另一個層級。

參數

• from_level - 一個整數。要移動的軌道所在的層級。

• to_level - 一個整數。要將軌道移動到的層級。

renumber_tracks(low=1, step=1)

將所有軌道連續重新編號。

可選擇從傳入的最低數字開始。

參數

• low - 一個整數。要開始的軌道編號。

• step - 一個整數。軌道之間間隔的軌道間隔。

get_levels()

返回圖表中軌道佔用的已排序層級列表。

get_drawn_levels()

返回軌道佔用的已排序層級列表。

這些軌道不是明確隱藏的。

range()

返回軌道特徵的最低和最高鹼基編號。

返回的類型是一個元組。

__getitem__(key)

返回在傳遞的鍵的層級所包含的軌道。

__str__()

返回描述圖表的格式化字串。

class Bio.Graphics.GenomeDiagram.Track(name=None, height=1, hide=0, greytrack=0, greytrack_labels=5, greytrack_fontsize=8, greytrack_font='Helvetica', greytrack_font_rotation=0, greytrack_font_color=_grey, scale=1, scale_format=None, scale_color=colors.black, scale_font='Helvetica', scale_fontsize=6, scale_fontangle=45, scale_largeticks=0.5, scale_ticks=1, scale_smallticks=0.3, scale_largetick_interval=1e6, scale_smalltick_interval=1e4, scale_largetick_labels=1, scale_smalltick_labels=0, axis_labels=1, start=None, end=None, greytrack_font_colour=None, scale_colour=None)

基底類別: object

軌跡 (Track)。

屬性

• height：整數，描述此軌跡在圖表中的相對高度。

• name：字串，描述此軌跡的名稱。

• hide：布林值，若為 0 則不繪製此軌跡。

• start, end：整數（或 None），指定僅繪製部分軌跡的起點/終點。

• greytrack：布林值，若為 1 則繪製此軌跡的灰色背景。

• greytrack_labels：整數，描述在軌跡上以固定間隔放置多少個軌跡識別標籤。

• greytrack_font：字串，描述用於灰色軌跡標籤的字體。

• greytrack_fontsize：整數，描述在灰色軌跡上顯示標籤的字體大小。

• greytrack_font_rotation：整數，描述旋轉灰色軌跡標籤的角度（僅限線性）。

• greytrack_font_color：colors.Color，描述繪製灰色軌跡標籤的顏色。

• scale：布林值，若為 1 則在此軌跡上繪製刻度。

• scale_format：字串，預設為 None，刻度值會以數字顯示。將此設定為 'SInt' 會啟用類似 SI 單位的倍數，例如 Mbp、Kbp 等。

• scale_color：colors.Color，繪製刻度元素的顏色。

• scale_font：字串，描述用於刻度標籤的字體。

• scale_fontsize：整數，描述刻度標籤字體的大小。

• scale_fontangle：整數，描述繪製刻度標籤的角度（僅限線性）。

• scale_ticks：布林值，若為 1 則在刻度上繪製刻度線。

• scale_largeticks：浮點數 (0->1)，描述相對於軌跡高度的大刻度線高度。

• scale_smallticks：浮點數 (0->1)，描述相對於軌跡高度的小刻度線高度。

• scale_largetick_interval：整數，描述大刻度線之間的鹼基數量。

• scale_smalltick_interval：整數，描述小刻度線之間的鹼基數量。

• scale_largetick_labels：布林值，描述是否在大刻度線上方寫入位置標籤。

• scale_smalltick_labels：布林值，描述是否在小刻度線上方寫入位置標籤。

• axis_labels：布林值，描述是否將值標籤放置在 Y 軸上。

__init__(name=None, height=1, hide=0, greytrack=0, greytrack_labels=5, greytrack_fontsize=8, greytrack_font='Helvetica', greytrack_font_rotation=0, greytrack_font_color=_grey, scale=1, scale_format=None, scale_color=colors.black, scale_font='Helvetica', scale_fontsize=6, scale_fontangle=45, scale_largeticks=0.5, scale_ticks=1, scale_smallticks=0.3, scale_largetick_interval=1e6, scale_smalltick_interval=1e4, scale_largetick_labels=1, scale_smalltick_labels=0, axis_labels=1, start=None, end=None, greytrack_font_colour=None, scale_colour=None)

初始化。

參數

• height：整數，描述此軌跡在圖表中的相對高度。

• name：字串，描述此軌跡的名稱。

• hide：布林值，若為 0 則不繪製此軌跡。

• greytrack：布林值，若為 1 則繪製此軌跡的灰色背景。

• greytrack_labels：整數，描述在軌跡上以固定間隔放置多少個軌跡識別標籤。

• greytrack_font：字串，描述用於灰色軌跡標籤的字體。

• greytrack_fontsize：整數，描述在灰色軌跡上顯示標籤的字體大小。

• greytrack_font_rotation：整數，描述旋轉灰色軌跡標籤的角度（僅限線性）。

• greytrack_font_color：colors.Color，描述繪製灰色軌跡標籤的顏色（會被向後相容的英式拼寫參數 colour 覆寫）。

• scale：布林值，若為 1 則在此軌跡上繪製刻度。

• scale_color：colors.Color，繪製刻度元素的顏色（會被向後相容的英式拼寫參數 colour 覆寫）。

• scale_font：字串，描述用於刻度標籤的字體。

• scale_fontsize：整數，描述刻度標籤字體的大小。

• scale_fontangle：整數，描述繪製刻度標籤的角度（僅限線性）。

• scale_ticks：布林值，若為 1 則在刻度上繪製刻度線。

• scale_largeticks：浮點數 (0->1)，描述相對於軌跡高度的大刻度線高度。

• scale_smallticks：浮點數 (0->1)，描述相對於軌跡高度的小刻度線高度。

• scale_largetick_interval：整數，描述大刻度線之間的鹼基數量。

• scale_smalltick_interval：整數，描述小刻度線之間的鹼基數量。

• scale_largetick_labels：布林值，描述是否在大刻度線上方寫入位置標籤。

• scale_smalltick_labels：布林值，描述是否在小刻度線上方寫入位置標籤。

• name：字串，用於幫助識別軌跡。

• height：繪製軌跡的相對高度。

• axis_labels：布林值，描述是否將值標籤放置在 Y 軸上。

add_set(set)

將預先存在的 FeatureSet 或 GraphSet 物件新增至軌跡。

new_set(type='feature', **args)

建立新的 FeatureSet 或 GraphSet 物件。

建立新的 FeatureSet 或 GraphSet 物件，將其新增至軌跡，並返回供使用者操作。

del_set(set_id)

從軌跡中移除具有傳入 id 的集合。

get_sets()

傳回此軌跡中包含的集合。

get_ids()

傳回此軌跡中包含的所有集合的 id。

range()

傳回最低和最高鹼基（或標記）數字的元組。

to_string(verbose=0)

傳回包含軌道資訊的格式化字串。

參數

• verbose - 布林值，指示是否需要軌道的簡短或完整說明

__getitem__(key)

傳回具有傳遞 id 的集合。

__str__()

傳回包含軌道資訊的格式化字串。

class Bio.Graphics.GenomeDiagram.FeatureSet(set_id=None, name=None, parent=None)

基底類別: object

FeatureSet 物件。

__init__(set_id=None, name=None, parent=None)

建立物件。

參數

• set_id：集合的唯一 id

• name：識別功能集合的字串

add_feature(feature, **kwargs)

新增一個新的功能。

參數

• feature：Bio.SeqFeature 物件

• kwargs：功能的關鍵字引數。功能的具名屬性

將 Bio.SeqFeature 物件新增至圖表 (將在內部儲存在 Feature 包裝器中)。

del_feature(feature_id)

刪除一個功能。

參數

• feature_id：要刪除的功能的唯一 id

從集合中移除功能，以其 id 表示。

set_all_features(attr, value)

設定所有功能的屬性。

參數

• attr：Feature 類別的屬性

• value：要將該屬性設定為的值

將集合中所有功能的已傳遞屬性設定為已傳遞的值。

get_features(attribute=None, value=None, comparator=None)

擷取功能。

參數

• attribute：字串，Feature 物件的屬性

• value：屬性所需的值

• comparator：字串，如何將 Feature 屬性與已傳遞的值進行比較

如果未給定屬性或值，則傳回功能集合中所有功能的清單。 如果同時給定屬性和值，則根據比較子，將傳回功能集中所有符合（或不符合）已傳遞值的功能的清單。允許的比較子有：'startswith'、'not'、'like'。

使用者應該負責決定要將哪些功能屬性與哪些已傳遞的值和比較子設定一起使用。

get_ids()

傳回功能集合的所有 id 的清單。

range()

傳回最低和最高鹼基（或標記）數字的元組。

to_string(verbose=0)

傳回包含集合資訊的格式化字串。

參數

• verbose：布林值，指示是否需要集合的簡短（預設）或完整說明

__len__()

傳回集合中功能的數量。

__getitem__(key)

傳回一個功能，以 id 為鍵。

__str__()

傳回包含功能集合資訊的格式化字串。

class Bio.Graphics.GenomeDiagram.Feature(parent=None, feature_id=None, feature=None, color=colors.lightgreen, label=0, border=None, colour=None)

基底類別: object

用於為 GenomeDiagram 包裝 Bio.SeqFeature 物件的類別。

屬性

• parent FeatureSet，物件的容器

• id 唯一 id

• color color.Color，繪製功能的顏色

• hide 布林值，表示是否要繪製該功能

• sigil 字串，表示用於功能的符號類型。目前僅支援「BOX」或「ARROW」。

• arrowhead_length 浮點數，表示要繪製的箭頭頭長度，相對於邊界方塊高度。箭頭桿佔據邊界方塊長度的其餘部分。

• arrowshaft_height 浮點數，表示要繪製的代表性箭頭桿長度，相對於邊界方塊高度。箭頭頭佔據邊界方塊的完整高度。

• name_qualifiers 字串清單，描述可能在包裝的 Bio.SeqFeature 物件中包含功能名稱的限定詞

• label 布林值，如果應顯示標籤，則為 1

• label_font 字串，描述要用於功能標籤的字型

• label_size 整數，描述功能標籤字型大小

• label_color color.Color，描述功能標籤顏色

• label_angle 浮點數，描述要旋轉功能標籤的角度，以度為單位（預設值 = 45，僅限線性）

• label_position 字串，「start」、「end」或「middle」，表示放置功能標籤的位置。對於預設值，請保留為 None，預設值對於線性圖是「start」，對於圓形圖，則是在功能繪製的底部。

• label_strand 整數 -1 或 +1，以明確地將標籤放置在正向或反向鏈上。預設值 (None) 會遵循功能的鏈。使用 -1 將標籤放置在軌道下方（線性）或內部（圓形），使用 +1 將它們放置在軌道上方（線性）或外部（圓形）。

• locations (起始, 結束) 整數元組清單，描述功能和任何子功能的起始和結束位置

• type 字串，表示功能類型

• name 字串，表示功能名稱

• strand 整數，描述找到功能的鏈

__init__(parent=None, feature_id=None, feature=None, color=colors.lightgreen, label=0, border=None, colour=None)

初始化。

參數

• parent 包含功能的 FeatureSet

• feature_id 功能的唯一 id

• feature 要包裝的 Bio.SeqFeature 物件

• color color.Color，繪製功能的顏色（被向後相容的英國拼寫引數 colour 覆蓋）。如果在功能限定詞中找到「color」，則會覆寫這兩個引數

• border color.Color，繪製功能邊框的顏色，使用 None 作為與填滿顏色相同的顏色，使用 False 表示無邊框。

• label 布林值，如果應顯示標籤，則為 1

set_feature(feature)

定義要封裝的 Bio.SeqFeature 物件。

get_feature()

傳回未封裝的 Bio.SeqFeature 物件。

set_colour(colour)

使用英國拼寫的 set_color(self, color) 的向後相容變體。

set_color(color)

設定繪製特徵時使用的顏色。

參數

• color 繪製特徵的顏色 - 可以是 colors.Color 物件、浮點數的 RGB 元組，或對應於 colors.txt 中顏色的整數

__getattr__(name)

依名稱取得屬性。

如果 Feature 類別沒有被呼叫的屬性，請在 self._feature 中檢查它。

class Bio.Graphics.GenomeDiagram.GraphSet(name=None)

基底類別: object

圖表集。

屬性

• id 該集合的唯一識別碼

• name 描述該集合的字串

__init__(name=None)

初始化。

參數

• name 字串，可合理地識別圖表集

new_graph(data, name=None, style='bar', color=colors.lightgreen, altcolor=colors.darkseagreen, linewidth=1, center=None, colour=None, altcolour=None, centre=None)

將 GraphData 物件新增至圖表。

參數

• data (位置、值) 整數元組的列表

• name 字串，圖表的描述

• style 字串（‘bar’、‘heat’、‘line’），描述如何繪製圖表

• color colors.Color，描述繪製所有或「高」（某些樣式）數據的顏色（會被英國拼寫的向後相容參數 colour 覆寫）。

• altcolor colors.Color，描述繪製「低」（某些樣式）數據的顏色（會被英國拼寫的向後相容參數 colour 覆寫）。

• linewidth 浮點數，描述圖表的線寬

• center 浮點數，設定 x 軸與 y 軸相交的值（會被英國拼寫的向後相容參數 centre 覆寫）

將 GraphData 物件新增至圖表（將在內部儲存）。

del_graph(graph_id)

從集合中移除圖表，透過其 id 指示。

get_graphs()

傳回圖表集中所有圖表的列表，依 id 排序。

排序是為了確保可靠的堆疊。

get_ids()

傳回圖表集中所有 id 的列表。

range()

傳回最低和最高鹼基（或標記）數字的元組。

data_quartiles()

傳回 (最小值、下四分位數、中位數、上四分位數、最大值) 作為元組。

to_string(verbose=0)

傳回包含集合資訊的格式化字串。

參數

• verbose - 指示是否需要集合的簡短或完整描述的旗標

__len__()

傳回集合中圖表的數量。

__getitem__(key)

傳回透過 id 鍵控的圖表。

__str__()

傳回包含功能集合資訊的格式化字串。

class Bio.Graphics.GenomeDiagram.GraphData(id=None, data=None, name=None, style='bar', color=colors.lightgreen, altcolor=colors.darkseagreen, center=None, colour=None, altcolour=None)

基底類別: object

圖表資料。

屬性

• id 該資料的唯一識別碼

• data 描述資料的字典，以位置鍵控

• name 描述資料的字串

• style 字串（‘bar’、‘heat’、‘line’），描述如何繪製資料

• poscolor colors.Color，用於繪製高（某些樣式）或所有值

• negcolor colors.Color，用於繪製低值（某些樣式）

• linewidth 整數，以「line」樣式繪製線條的粗細

__init__(id=None, data=None, name=None, style='bar', color=colors.lightgreen, altcolor=colors.darkseagreen, center=None, colour=None, altcolour=None)

初始化。

參數

• id 圖表的唯一 ID

• data (位置、值) 元組的列表

• name 描述圖表的字串

• style 字串，描述呈現樣式（‘bar’、‘line’、‘heat’）

• color colors.Color，描述繪製所有值或「高」（某些樣式）值的顏色（會被英國拼寫的向後相容參數 colour 覆寫）。

• altcolor colors.Color，描述繪製「低」值的顏色（僅限某些樣式）（會被英國拼寫的向後相容參數 colour 覆寫）。

• center x 軸與 y 軸相交的值。

set_data(data)

將資料以 (位置, 值) 元組的列表形式新增。

get_data()

以排序過的 (位置, 值) 元組列表形式傳回資料。

add_point(point)

將單個點以 (位置, 值) 元組的形式新增到資料集中。

quartiles()

以元組形式傳回 (最小值, 下四分位數, 中位數, 上四分位數, 最大值)。

range()

以 (開始, 結束) 元組形式傳回資料的範圍。

傳回資料的範圍，即其在基因體上的起始和結束點，以 (開始, 結束) 元組的形式表示。

mean()

傳回資料點的平均值 (浮點數)。

stdev()

傳回資料的樣本標準差 (浮點數)。

__len__()

傳回資料集中的點數。

__getitem__(index)

傳回給定位置的資料值。

給定一個整數表示序列上的位置，傳回一個浮點數 - 傳遞位置的資料值。

如果是一個切片，則以 (位置, 值) 元組列表形式傳回該區域的圖表資料。不支援帶步長的切片。

__str__()

傳回描述圖表資料的字串。

class Bio.Graphics.GenomeDiagram.CrossLink(featureA, featureB, color=colors.lightgreen, border=None, flip=False)

基底類別: object

保存用於繪製特徵之間交叉連結的資訊。

__init__(featureA, featureB, color=colors.lightgreen, border=None, flip=False)

建立新的交叉連結。

參數 featureA 和 featureB 應為 GenomeDiagram 特徵物件，或 3 元組 (軌跡物件、開始、結束)，並且目前必須位於不同的軌跡上。

color 和 border 參數應為 ReportLab 顏色物件，或對於 border 使用布林值 False 表示無邊框，否則預設為與主要顏色相同。

flip 參數會繪製反轉的交叉連結，適用於顯示一個序列已反轉的對應關係。傳統上也會使用不同的顏色 (例如，簡單連結使用紅色，任何翻轉的連結使用藍色)。

property startA

特徵 A 的開始位置。

property endA

特徵 A 的結束位置。

property startB

特徵 B 的開始位置。

property endB

特徵 B 的結束位置。

class Bio.Graphics.GenomeDiagram.ColorTranslator(filename=None)

基底類別: object

提供將顏色表示轉換為 ReportLab 顏色物件的方法的類別。

範例

>>> from Bio.Graphics import GenomeDiagram
>>> gdct=GenomeDiagram._Colors.ColorTranslator()
>>> print(gdct.float1_color((0.5, 0.5, 0.5)))
Color(.5,.5,.5,1)
>>> print(gdct.int255_color((1, 75, 240)))
Color(.003922,.294118,.941176,1)
>>> print(gdct.artemis_color(7))
Color(1,1,0,1)
>>> print(gdct.scheme_color(2))
Color(1,0,0,1)
>>> gdct.get_artemis_colorscheme()
{0: (Color(1,1,1,1), 'pathogenicity, adaptation, chaperones'), 1: (Color(.39,.39,.39,1), 'energy metabolism'), 2: (Color(1,0,0,1), 'information transfer'), 3: (Color(0,1,0,1), 'surface'), 4: (Color(0,0,1,1), 'stable RNA'), 5: (Color(0,1,1,1), 'degradation of large molecules'), 6: (Color(1,0,1,1), 'degradation of small molecules'), 7: (Color(1,1,0,1), 'central/intermediary/miscellaneous metabolism'), 8: (Color(.6,.98,.6,1), 'unknown'), 9: (Color(.53,.81,.98,1), 'regulators'), 10: (Color(1,.65,0,1), 'conserved hypotheticals'), 11: (Color(.78,.59,.39,1), 'pseudogenes and partial genes'), 12: (Color(1,.78,.78,1), 'phage/IS elements'), 13: (Color(.7,.7,.7,1), 'some miscellaneous information'), 14: (Color(0,0,0,1), ''), 15: (Color(1,.25,.25,1), 'secondary metabolism'), 16: (Color(1,.5,.5,1), ''), 17: (Color(1,.75,.75,1), '')}

>>> print(gdct.translate((0.5, 0.5, 0.5)))
Color(.5,.5,.5,1)
>>> print(gdct.translate((1, 75, 240)))
Color(.003922,.294118,.941176,1)
>>> print(gdct.translate(7))
Color(1,1,0,1)
>>> print(gdct.translate(2))
Color(1,0,0,1)

__init__(filename=None)

初始化。

參數 filename 是包含色彩配置資訊的檔案位置。

translate(color=None, colour=None)

將顏色轉換為 ReportLab Color 物件。

參數

• color - 顏色定義為整數、三個整數 0->255 的元組或三個浮點數 0 -> 1 的元組，或提供 ReportLab 定義的命名顏色之一的字串，或 ReportLab 顏色物件 (按原樣傳回)。

• colour - 使用英國拼寫的向後相容別名 (將覆蓋任何 color 參數)。

傳回 colors.Color 物件，根據輸入值以半智慧的方式決定。

read_colorscheme(filename)

從檔案載入色彩配置。

從包含顏色資訊的檔案讀取資訊，並將其儲存在內部。

參數 filename 是檔案的位置，該檔案以 Tab 分隔的純文字格式定義顏色，如下所示

INT \t RED \t GREEN \t BLUE \t Comment

其中 RED、GREEN 和 BLUE 是 0 -> 255 範圍內的強度，例如

2 \t 255 \t 0 \t 0 \t Red: Information transfer

get_artemis_colorscheme()

以字典形式傳回 Artemis 色彩配置。

artemis_color(value)

將 Artemis 顏色 (整數) 轉換為 ReportLab Color 物件。

參數

• value: 一個表示 Artemis 色彩配置中功能類別的整數 (請參閱 www.sanger.ac.uk 了解說明)，或來自 GenBank 特徵註釋的字串，用於表示顏色，該字串可能是點分隔的 (在這種情況下，使用第一個值)。

採用一個表示 Artemis 色彩配置中功能類別的整數，並傳回適當的 colors.Color 物件

get_colorscheme()

以字典形式傳回使用者定義的色彩配置。

scheme_color(value)

將使用者定義的顏色整數對應到 ReportLab Color 物件。

• value: 一個表示使用者定義色彩配置中單個顏色的整數

採用一個表示使用者定義顏色的整數，並傳回適當的 colors.Color 物件。

int255_color(values)

將整數 (紅色、綠色、藍色) 元組對應到 ReportLab Color 物件。

• values: (紅色、綠色、藍色) 強度元組，以 0->255 範圍內的整數表示

採用 (紅色、綠色、藍色) 強度值元組 (範圍 0 -> 255)，並傳回適當的 colors.Color 物件。

float1_color(values)

將浮點數 (紅色、綠色、藍色) 元組對應到 ReportLab Color 物件。

• values: (紅色、綠色、藍色) 強度元組，以 0->1 範圍內的浮點數表示

採用 (紅色、綠色、藍色) 強度值元組 (範圍 0 -> 1)，並傳回適當的 colors.Color 物件。