Bio.Graphics.KGML_vis 模組

用於視覺化 KGML 路徑圖的類別和函式。

KGML 的定義依照 KGML v0.7.1 版本 (http://www.kegg.jp/kegg/xml/docs/)

類別

Bio.Graphics.KGML_vis.darken(color, factor=0.7)

返回變暗的顏色，作為 ReportLab RGB 顏色。

取得傳入的顏色，並返回 Reportlab 顏色，該顏色會根據參數中指示的係數變暗。

Bio.Graphics.KGML_vis.color_to_reportlab(color)

以 Reportlab 顏色格式返回傳入的顏色。

我們允許將顏色指定為十六進位值、元組或 Reportlab Color 物件，以及帶或不帶 alpha 通道。此函式充當將這些格式轉換為 Reportlab Color 物件的羅塞塔石碑，並帶有 alpha 值。

任何其他顏色規格都會直接返回

Bio.Graphics.KGML_vis.get_temp_imagefilename(url)

返回包含已下載影像的臨時檔案的檔案名稱。

建立一個新的臨時檔案以儲存傳入 URL 的影像檔案，並返回檔案名稱。

class Bio.Graphics.KGML_vis.KGMLCanvas(pathway, import_imagemap=False, label_compounds=True, label_orthologs=True, label_reaction_entries=True, label_maps=True, show_maps=False, fontname='Helvetica', fontsize=6, draw_relations=True, show_orthologs=True, show_compounds=True, show_genes=True, show_reaction_entries=True, margins=(0.02, 0.02))

基底：object

KGML 路徑圖的 Reportlab Canvas 基礎表示法。

__init__(pathway, import_imagemap=False, label_compounds=True, label_orthologs=True, label_reaction_entries=True, label_maps=True, show_maps=False, fontname='Helvetica', fontsize=6, draw_relations=True, show_orthologs=True, show_compounds=True, show_genes=True, show_reaction_entries=True, margins=(0.02, 0.02))

初始化類別。

draw(filename)

將地圖元素新增到繪圖中。