Bio.Emboss.PrimerSearch 模組

與 EMBOSS 的 primersearch 程式互動的程式碼。

class Bio.Emboss.PrimerSearch.InputRecord

基底: object

代表 primersearch 程式的輸入檔案。

這使得添加引子資訊並將其寫入簡單的引子檔案格式變得容易。

__init__()

初始化類別。

__str__()

將 primersearch 輸入記錄總結為字串。

add_primer_set(primer_name, first_primer_seq, second_primer_seq)

將引子資訊添加到記錄中。

class Bio.Emboss.PrimerSearch.OutputRecord

基底: object

代表 primersearch 工作的資訊。

amplifiers 是一個字典,其中的鍵是引子名稱,值是 PrimerSearchAmplifier 物件的列表。

__init__()

初始化類別。

class Bio.Emboss.PrimerSearch.Amplifier

基底: object

代表來自引子的單一擴增。

__init__()

初始化類別。

Bio.Emboss.PrimerSearch.read(handle)

將 primersearch 的輸出讀取到 PrimerSearchOutputRecord 中。