Bio.Emboss.Applications 模組
用於與各種 EMBOSS 程式互動和執行的程式碼（已過時）。
這些類別遵循用於執行程式的 AbstractCommandline 介面。
我們已決定在未來移除此模組，並建議您改為直接建構命令並透過 subprocess 模組調用它。
- class Bio.Emboss.Applications.Primer3Commandline(cmd='eprimer3', **kwargs)
基底類別：
_EmbossCommandLine用於 EMBOSS 的 Primer3 介面的命令列物件。
支援的確切參數集取決於您的 EMBOSS 版本。此版本接受 EMBOSS 6.1.0 時的現有參數
>>> cline = Primer3Commandline(sequence="mysequence.fas", auto=True, hybridprobe=True) >>> cline.explainflag = True >>> cline.osizeopt=20 >>> cline.psizeopt=200 >>> cline.outfile = "myresults.out" >>> cline.bogusparameter = 1967 # Invalid parameter Traceback (most recent call last): ... ValueError: Option name bogusparameter was not found. >>> print(cline) eprimer3 -auto -outfile=myresults.out -sequence=mysequence.fas -hybridprobe=True -psizeopt=200 -osizeopt=20 -explainflag=True
- __init__(cmd='eprimer3', **kwargs)
初始化類別。
- property auto
關閉提示。
自動模式會停用提示，因此我們建議您在從 Biopython 呼叫 EMBOSS 工具時，始終設定此參數。
此屬性控制 -auto 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- property debug
將偵錯輸出寫入 program.dbg。
此屬性控制 -debug 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- property die
回報當機程式訊息。
此屬性控制 -die 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- property dnaconc
PCR 中退火寡核苷酸的奈米莫耳濃度。
這會控制 -dnaconc 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。
- property error
回報錯誤。
此屬性控制 -error 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- property excludedregion
要從引子選擇中排除的區域。
這會控制 -excludedregion 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。
- property explainflag
產生帶有 eprimer3 統計資訊的輸出標籤
這會控制 -explainflag 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。
- property filter
讀取標準輸入，寫入標準輸出。
此屬性控制 -filter 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- property forwardinput
要檢查的正向引子序列。
這會控制 -forwardinput 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。
- property gcclamp
每個引子 3’ 端所需的 G 和 C 數目。
這會控制 -gcclamp 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。
- property help
回報命令列選項。
可以使用 -help -verbose 找到有關關聯和一般限定符號的更多資訊
此屬性控制 -help 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- property hybridprobe
尋找內部寡核苷酸以用作雜交探針。
這會控制 -hybridprobe 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。
- property includedregion
在其中選擇引子的序列子區域。
這會控制 -includedregion 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。
- property maxdifftm
正向和反向引子之間的最大熔解溫度差異。
這會控制 -maxdifftm 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。
- property maxgc
引子的最大 GC％。
這會控制 -maxgc 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。
- property maxmispriming
引子與 -mispriminglibrary 指定的程式庫中序列的最大允許相似度
這會控制 -maxmispriming 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。
- property maxpolyx
引子中允許的最大單核苷酸重複長度。
這會控制 -maxpolyx 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。
- property maxsize
引子寡核苷酸的最大長度。
這會控制 -maxsize 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。
- property maxtm
引子寡核苷酸的最大熔解溫度。
這會控制 -maxtm 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。
- property mingc
引子的最小 GC％。
這會控制 -mingc 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。
- property minsize
引子寡核苷酸的最小長度。
這會控制 -minsize 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 mintm
引子寡核苷酸的最低熔解溫度。
此屬性控制 -mintm 參數的添加及其相關值。將此屬性設定為所需引數值。
- 屬性 mishyblibraryfile
用於避免內部寡核苷酸雜交的序列庫檔案。
此屬性控制 -mishyblibraryfile 參數的添加及其相關值。將此屬性設定為所需引數值。
- 屬性 mispriminglibraryfile
包含要避免擴增的序列庫的檔案。
此屬性控制 -mispriminglibraryfile 參數的添加及其相關值。將此屬性設定為所需引數值。
- 屬性 numreturn
要返回的最大引子對數量。
此屬性控制 -numreturn 參數的添加及其相關值。將此屬性設定為所需引數值。
- 屬性 oanyself
自身互補性的最大允許比對分數。
此屬性控制 -oanyself 參數的添加及其相關值。將此屬性設定為所需引數值。
- 屬性 odnaconc
雜交中內部寡核苷酸的奈米莫耳濃度。
此屬性控制 -odnaconc 參數的添加及其相關值。將此屬性設定為所需引數值。
- 屬性 oendself
最大 3'-錨定自身互補性全局比對分數。
此屬性控制 -oendself 參數的添加及其相關值。將此屬性設定為所需引數值。
- 屬性 oexcludedregion
不要在此區域中選擇內部寡核苷酸。
此屬性控制 -oexcludedregion 參數的添加及其相關值。將此屬性設定為所需引數值。
- 屬性 ogcmax
內部寡核苷酸的最大 GC%。
此屬性控制 -ogcmax 參數的添加及其相關值。將此屬性設定為所需引數值。
- 屬性 ogcmin
內部寡核苷酸的最小 GC%。
此屬性控制 -ogcmin 參數的添加及其相關值。將此屬性設定為所需引數值。
- 屬性 ogcopt
內部寡核苷酸的最佳 GC%。
此屬性控制 -ogcopt 參數的添加及其相關值。將此屬性設定為所需引數值。
- 屬性 ogcpercent
引子的最佳 GC%。
此屬性控制 -ogcpercent 參數的添加及其相關值。將此屬性設定為所需引數值。
- 屬性 oligoinput
內部寡核苷酸的序列。
此屬性控制 -oligoinput 參數的添加及其相關值。將此屬性設定為所需引數值。
- 屬性 omaxsize
內部寡核苷酸的最大長度。
此屬性控制 -omaxsize 參數的添加及其相關值。將此屬性設定為所需引數值。
- 屬性 ominsize
內部寡核苷酸的最小長度。
此屬性控制 -ominsize 參數的添加及其相關值。將此屬性設定為所需引數值。
- 屬性 omishybmax
內部寡核苷酸與 -mishyblibraryfile 指定的庫雜交的最大比對分數。
此屬性控制 -omishybmax 參數的添加及其相關值。將此屬性設定為所需引數值。
- 屬性 opolyxmax
內部寡核苷酸中單核苷酸重複序列的最大長度。
此屬性控制 -opolyxmax 參數的添加及其相關值。將此屬性設定為所需引數值。
- 屬性 options
提示輸入標準值和其他值。
如果您從 Biopython 內部呼叫 EMBOSS 工具，我們不建議使用此選項。
此屬性控制 -options 開關的添加，將此屬性視為布林值。
- 屬性 opttm
引子寡核苷酸的最佳熔解溫度。
在 EMBOSS 6.6.0 中新增的選項，取代 -otm
此屬性控制 -opttm 參數的添加及其相關值。將此屬性設定為所需引數值。
- 屬性 osaltconc
雜交中鹽的毫莫耳濃度。
此屬性控制 -osaltconc 參數的添加及其相關值。將此屬性設定為所需引數值。
- 屬性 osize
引子寡核苷酸的最佳長度。
此屬性控制 -osize 參數的添加及其相關值。將此屬性設定為所需引數值。
- 屬性 osizeopt
內部寡核苷酸的最佳長度。
此屬性控制 -osizeopt 參數的添加及其相關值。將此屬性設定為所需引數值。
- 屬性 otm
引子寡核苷酸的熔解溫度（已過時）。
選項在 EMBOSS 6.6.0 中被 -opttm 取代
此屬性控制 -otm 參數的添加及其相關值。將此屬性設定為所需引數值。
- 屬性 otmmax
內部寡核苷酸的最大熔解溫度。
此屬性控制 -otmmax 參數的添加及其相關值。將此屬性設定為所需引數值。
- 屬性 otmmin
內部寡核苷酸的最小熔解溫度。
此屬性控制 -otmmin 參數的添加及其相關值。將此屬性設定為所需引數值。
- 屬性 otmopt
內部寡核苷酸的最佳熔解溫度。
此屬性控制 -otmopt 參數的添加及其相關值。將此屬性設定為所需引數值。
- 屬性 outfile
輸出檔案名稱
此屬性控制 -outfile 參數的添加及其相關值。將此屬性設定為所需引數值。
- property prange
PCR 產物可接受的長度範圍。
這控制了 -prange 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需參數值。
- property psizeopt
PCR 產物的最佳大小。
這控制了 -psizeopt 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需參數值。
- property ptmmax
擴增子允許的最大熔解溫度。
這控制了 -ptmmax 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需參數值。
- property ptmmin
擴增子允許的最小熔解溫度。
這控制了 -ptmmin 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需參數值。
- property ptmopt
PCR 產物的最佳熔解溫度。
這控制了 -ptmopt 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需參數值。
- property reverseinput
要檢查的反向引子的序列。
這控制了 -reverseinput 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需參數值。
- property saltconc
PCR 中鹽的濃度（毫摩爾）。
這控制了 -saltconc 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需參數值。
- property sequence
要從中選擇引子的序列。
這控制了 -sequence 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需參數值。
- property stdout
寫入標準輸出。
此屬性控制 -stdout 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- property target
側翼引子要針對的序列。
這控制了 -target 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需參數值。
- property task
告訴 eprimer3 要執行的任務。
這控制了 -task 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需參數值。
- property verbose
報告部分/全部命令列選項
此屬性控制 -verbose 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- property warning
報告警告。
此屬性控制 -warning 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- class Bio.Emboss.Applications.PrimerSearchCommandline(cmd='primersearch', **kwargs)
基底類別：
_EmbossCommandLineEMBOSS 中 primersearch 程式的命令列物件。
- __init__(cmd='primersearch', **kwargs)
初始化類別。
- property auto
關閉提示。
自動模式會停用提示，因此我們建議您在從 Biopython 呼叫 EMBOSS 工具時，始終設定此參數。
此屬性控制 -auto 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- property debug
將偵錯輸出寫入 program.dbg。
此屬性控制 -debug 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- property die
回報當機程式訊息。
此屬性控制 -die 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- property error
回報錯誤。
此屬性控制 -error 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- property filter
讀取標準輸入，寫入標準輸出。
此屬性控制 -filter 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- property help
回報命令列選項。
可以使用 -help -verbose 找到有關關聯和一般限定符號的更多資訊
此屬性控制 -help 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- property infile
包含要搜尋的引子對的檔案。
這控制了 -infile 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需參數值。
- property mismatchpercent
允許的錯配百分比（任何整數值，預設值為 0）。
這控制了 -mismatchpercent 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需參數值。
- property options
提示輸入標準值和其他值。
如果您從 Biopython 內部呼叫 EMBOSS 工具，我們不建議使用此選項。
此屬性控制 -options 開關的添加，將此屬性視為布林值。
- property outfile
輸出檔案名稱
此屬性控制 -outfile 參數的添加及其相關值。將此屬性設定為所需引數值。
- property seqall
要尋找引子對的序列。
這控制了 -seqall 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需參數值。
- property snucleotide
序列是核苷酸（布林值）
這控制了 -snucleotide 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需參數值。
- property sprotein
序列是蛋白質（布林值）
這控制了 -sprotein 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需參數值。
- property stdout
寫入標準輸出。
此屬性控制 -stdout 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- property verbose
報告部分/全部命令列選項
此屬性控制 -verbose 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- property warning
報告警告。
此屬性控制 -warning 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- class Bio.Emboss.Applications.FDNADistCommandline(cmd='fdnadist', **kwargs)
基底類別：
_EmbossCommandLineEMBOSS 中 fdnadist 程式的命令列物件。
fdnadist 是 PHYLIP 程式 dnadist 的 EMBOSS 包裝器，用於計算 DNA 序列檔案的距離矩陣。
- __init__(cmd='fdnadist', **kwargs)
初始化類別。
- property auto
關閉提示。
自動模式會停用提示，因此我們建議您在從 Biopython 呼叫 EMBOSS 工具時，始終設定此參數。
此屬性控制 -auto 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 basefreq
指定鹼基頻率
這控制了 -basefreq 參數及其關聯值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 categories
取代率類別檔案
這控制了 -categories 參數及其關聯值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 debug
將偵錯輸出寫入 program.dbg。
此屬性控制 -debug 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 die
回報當機程式訊息。
此屬性控制 -die 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 error
回報錯誤。
此屬性控制 -error 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 filter
讀取標準輸入，寫入標準輸出。
此屬性控制 -filter 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 freqsfrom
使用經驗鹼基頻率
這控制了 -freqsfrom 參數及其關聯值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 gamma
這控制了 -gamma 參數及其關聯值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 gammacoefficient
gamma 的值 (> 0.001)
這控制了 -gammacoefficient 參數及其關聯值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 help
回報命令列選項。
可以使用 -help -verbose 找到有關關聯和一般限定符號的更多資訊
此屬性控制 -help 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 invarfrac
不變位點的比例
這控制了 -invarfrac 參數及其關聯值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 lower
下三角矩陣 (y/N)
這控制了 -lower 參數及其關聯值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 method
取代模型 [f,k,j,l,s]
這控制了 -method 參數及其關聯值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 ncategories
速率類別數量 (1-9)
這控制了 -ncategories 參數及其關聯值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 options
提示輸入標準值和其他值。
如果您從 Biopython 內部呼叫 EMBOSS 工具，我們不建議使用此選項。
此屬性控制 -options 開關的添加，將此屬性視為布林值。
- 屬性 outfile
輸出檔案名稱
此屬性控制 -outfile 參數的添加及其相關值。將此屬性設定為所需引數值。
- 屬性 rate
每個類別的速率
這控制了 -rate 參數及其關聯值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 sequence
要使用的序列檔案 (phylip)
這控制了 -sequence 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需參數值。
- 屬性 stdout
寫入標準輸出。
此屬性控制 -stdout 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 ttratio
ts/tv 比率
這控制了 -ttratio 參數及其關聯值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 verbose
報告部分/全部命令列選項
此屬性控制 -verbose 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 warning
報告警告。
此屬性控制 -warning 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 weights
權重檔案
這控制了 -weights 參數及其關聯值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。
- 類別 Bio.Emboss.Applications.FTreeDistCommandline(cmd='ftreedist', **kwargs)
基底類別：
_EmbossCommandLineEMBOSS 中 ftreedist 程式的命令列物件。
ftreedist 是 PHYLIP 程式 treedist 的 EMBOSS 包裝器，用於計算系統樹之間的距離度量。
- __init__(cmd='ftreedist', **kwargs)
初始化類別。
- 屬性 auto
關閉提示。
自動模式會停用提示，因此我們建議您在從 Biopython 呼叫 EMBOSS 工具時，始終設定此參數。
此屬性控制 -auto 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 debug
將偵錯輸出寫入 program.dbg。
此屬性控制 -debug 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 die
回報當機程式訊息。
此屬性控制 -die 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 dtype
距離類型 ([S] 對稱, [b] 分支分數)
這控制了 -dtype 參數及其關聯值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 error
回報錯誤。
此屬性控制 -error 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 filter
讀取標準輸入，寫入標準輸出。
此屬性控制 -filter 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 help
回報命令列選項。
可以使用 -help -verbose 找到有關關聯和一般限定符號的更多資訊
此屬性控制 -help 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 intreefile
要評分的樹檔案 (phylip)
這控制了 -intreefile 參數及其關聯值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 noroot
將樹視為有根 [N/y]
這控制了 -noroot 參數及其關聯值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 options
提示輸入標準值和其他值。
如果您從 Biopython 內部呼叫 EMBOSS 工具，我們不建議使用此選項。
此屬性控制 -options 開關的添加，將此屬性視為布林值。
- 屬性 outfile
輸出檔案名稱
此屬性控制 -outfile 參數的添加及其相關值。將此屬性設定為所需引數值。
- 屬性 outgrno
要用來為樹木定根的分類群 (從 0 開始)
這控制了 -outgrno 參數及其關聯值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 pairing
樹木配對方法 ([A] 相鄰配對，所有 [p] 可能配對)
這控制了 -pairing 參數及其關聯值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 stdout
寫入標準輸出。
此屬性控制 -stdout 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 style
輸出樣式 - [V] 詳細, [f] 填滿, [s] 稀疏
這控制了 -style 參數及其關聯值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 verbose
報告部分/全部命令列選項
此屬性控制 -verbose 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 warning
報告警告。
此屬性控制 -warning 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 類別 Bio.Emboss.Applications.FNeighborCommandline(cmd='fneighbor', **kwargs)
基底類別：
_EmbossCommandLineEMBOSS 中 fneighbor 程式的命令列物件。
fneighbor 是 PHYLIP 程式 neighbor 的 EMBOSS 包裝器，用於從距離矩陣計算鄰近結合或 UPGMA 樹。
- __init__(cmd='fneighbor', **kwargs)
初始化類別。
- 屬性 auto
關閉提示。
自動模式會停用提示，因此我們建議您在從 Biopython 呼叫 EMBOSS 工具時，始終設定此參數。
此屬性控制 -auto 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 datafile
要使用的距離檔案 (phylip)
這控制 -datafile 參數及其關聯值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 debug
將偵錯輸出寫入 program.dbg。
此屬性控制 -debug 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 die
回報當機程式訊息。
此屬性控制 -die 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 error
回報錯誤。
此屬性控制 -error 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 filter
讀取標準輸入，寫入標準輸出。
此屬性控制 -filter 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 help
回報命令列選項。
可以使用 -help -verbose 找到有關關聯和一般限定符號的更多資訊
此屬性控制 -help 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 jumble
隨機輸入順序 (Y/n)
這控制 -jumble 參數及其關聯值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 matrixtype
矩陣是方形 (S)、上三角 (U) 還是下三角 (L)
這控制 -matrixtype 參數及其關聯值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 options
提示輸入標準值和其他值。
如果您從 Biopython 內部呼叫 EMBOSS 工具，我們不建議使用此選項。
此屬性控制 -options 開關的添加，將此屬性視為布林值。
- 屬性 outfile
輸出檔案名稱
此屬性控制 -outfile 參數的添加及其相關值。將此屬性設定為所需引數值。
- 屬性 outgrno
用作 OG 的分類單元
這控制了 -outgrno 參數及其關聯值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 outtreefile
輸出樹的檔案名稱
這控制 -outtreefile 參數及其關聯值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 progress
列印進度 (Y/n)
這控制 -progress 參數及其關聯值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 seed
提供一個隨機種子
這控制 -seed 參數及其關聯值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 stdout
寫入標準輸出。
此屬性控制 -stdout 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 treeprint
列印樹 (Y/n)
這控制 -treeprint 參數及其關聯值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 treetype
nj 或 UPGMA 樹 (n/u)
這控制 -treetype 參數及其關聯值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 trout
寫入樹 (Y/n)
這控制 -trout 參數及其關聯值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 verbose
報告部分/全部命令列選項
此屬性控制 -verbose 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 warning
報告警告。
此屬性控制 -warning 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 類別 Bio.Emboss.Applications.FSeqBootCommandline(cmd='fseqboot', **kwargs)
基底類別：
_EmbossCommandLineEMBOSS 中 fseqboot 程式的命令列物件。
fseqboot 是 PHYLIP 程式 seqboot 的 EMBOSS 包裝器，用於對齊檔案的偽採樣。
- __init__(cmd='fseqboot', **kwargs)
初始化類別。
- 屬性 auto
關閉提示。
自動模式會停用提示，因此我們建議您在從 Biopython 呼叫 EMBOSS 工具時，始終設定此參數。
此屬性控制 -auto 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 blocksize
列印進度 (Y/n)
這控制 -blocksize 參數及其關聯值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 catergories
輸入類別的檔案
這控制了 -categories 參數及其關聯值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 debug
將偵錯輸出寫入 program.dbg。
此屬性控制 -debug 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 die
回報當機程式訊息。
此屬性控制 -die 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 dotdiff
使用點差異？ [Y/n]
這控制 -dotdiff 參數及其關聯值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 error
回報錯誤。
此屬性控制 -error 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 filter
讀取標準輸入，寫入標準輸出。
此屬性控制 -filter 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 fracsample
重新採樣的分數
這控制 -fracsample 參數及其關聯值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 help
回報命令列選項。
可以使用 -help -verbose 找到有關關聯和一般限定符號的更多資訊
此屬性控制 -help 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 jusweights
要寫出什麼 [D]僅[w]權重的資料集
這控制 -justweights 參數及其關聯值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 options
提示輸入標準值和其他值。
如果您從 Biopython 內部呼叫 EMBOSS 工具，我們不建議使用此選項。
此屬性控制 -options 開關的添加，將此屬性視為布林值。
- 屬性 outfile
輸出檔案名稱
此屬性控制 -outfile 參數的添加及其相關值。將此屬性設定為所需引數值。
- 屬性 regular
絕對數量的重新取樣
此設定控制 -regular 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。
- property reps
重複次數，預設為 100)
此設定控制 -reps 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。
- property rewriteformat
輸出格式 ([P]hyilp, [n]exus, [x]ml
此設定控制 -rewriteformat 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。
- property seed
指定隨機種子
這控制 -seed 參數及其關聯值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。
- property seqtype
輸出格式 ([D]na, [p]rotein, [r]na
此設定控制 -seqtype 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。
- property sequence
要取樣的序列檔案 (phylip)
這控制了 -sequence 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需參數值。
- property stdout
寫入標準輸出。
此屬性控制 -stdout 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- property test
指定操作，預設為 bootstrap
此設定控制 -test 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。
- property verbose
報告部分/全部命令列選項
此屬性控制 -verbose 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- property warning
報告警告。
此屬性控制 -warning 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- property weights
權重檔案
這控制了 -weights 參數及其關聯值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。
- class Bio.Emboss.Applications.FDNAParsCommandline(cmd='fdnapars', **kwargs)
基底類別：
_EmbossCommandLine用於 EMBOSS 的 fdnapars 程式的命令列物件。
fdnapars 是 PHYLIP 程式 dnapars 的 EMBOSS 版本，用於使用簡約性估計 DNA 序列的樹狀圖。如果在不提供 "-intreefile" 選項的值的情況下調用此命令，則如果 "-auto" 未設定為 true，將調用「互動模式」（並因此在以子進程調用時失敗）。
- __init__(cmd='fdnapars', **kwargs)
初始化類別。
- property auto
關閉提示。
自動模式會停用提示，因此我們建議您在從 Biopython 呼叫 EMBOSS 工具時，始終設定此參數。
此屬性控制 -auto 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- property debug
將偵錯輸出寫入 program.dbg。
此屬性控制 -debug 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- property die
回報當機程式訊息。
此屬性控制 -die 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- property dotdiff
使用點差異？ [Y/n]
這控制 -dotdiff 參數及其關聯值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。
- property error
回報錯誤。
此屬性控制 -error 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- property filter
讀取標準輸入，寫入標準輸出。
此屬性控制 -filter 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- property help
回報命令列選項。
可以使用 -help -verbose 找到有關關聯和一般限定符號的更多資訊
此屬性控制 -help 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- property intreefile
Phylip 樹狀圖檔案
這控制了 -intreefile 參數及其關聯值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。
- property maxtrees
執行期間要儲存的最大樹狀圖數量
此設定控制 -maxtrees 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。
- property njumble
隨機化輸入順序的次數（預設為 0）
此設定控制 -njumble 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。
- property options
提示輸入標準值和其他值。
如果您從 Biopython 內部呼叫 EMBOSS 工具，我們不建議使用此選項。
此屬性控制 -options 開關的添加，將此屬性視為布林值。
- property outfile
輸出檔案名稱
此屬性控制 -outfile 參數的添加及其相關值。將此屬性設定為所需引數值。
- property outgrno
指定外群
這控制了 -outgrno 參數及其關聯值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。
- property outtreefile
輸出樹的檔案名稱
這控制 -outtreefile 參數及其關聯值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。
- property rearrange
僅在 1 個最佳樹狀圖上重新排列 (Y/n)
此設定控制 -rearrange 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。
- property seed
提供隨機種子
這控制 -seed 參數及其關聯值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。
- property sequence
要使用的序列檔案 (phylip)
這控制了 -sequence 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需參數值。
- property stdout
寫入標準輸出。
此屬性控制 -stdout 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- property thorough
更徹底的搜尋 (Y/n)
此設定控制 -thorough 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。
- property thresh
使用臨界值簡約性 (y/N)
此設定控制 -thresh 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。
- property threshold
臨界值
此設定控制 -threshold 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。
- property transversion
使用轉位簡約性 (y/N)
此設定控制 -transversion 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。
- property trout
將樹狀圖寫入檔案 (Y/n)
這控制 -trout 參數及其關聯值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。
- property verbose
報告部分/全部命令列選項
此屬性控制 -verbose 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- property warning
報告警告。
此屬性控制 -warning 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- property weights
權重檔案
這控制了 -weights 參數及其關聯值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。
- class Bio.Emboss.Applications.FProtParsCommandline(cmd='fprotpars', **kwargs)
基底類別：
_EmbossCommandLine用於 EMBOSS 的 fdnapars 程式的命令列物件。
fprotpars 是 PHYLIP 程式 protpars 的 EMBOSS 版本，用於使用簡約性估計蛋白質序列的樹狀圖。如果在不提供 "-intreefile" 選項的值的情況下調用此命令，則如果 "-auto" 未設定為 true，將調用「互動模式」（並因此在以子進程調用時失敗）。
- __init__(cmd='fprotpars', **kwargs)
初始化類別。
- 屬性 auto
關閉提示。
自動模式會停用提示，因此我們建議您在從 Biopython 呼叫 EMBOSS 工具時，始終設定此參數。
此屬性控制 -auto 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 debug
將偵錯輸出寫入 program.dbg。
此屬性控制 -debug 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 die
回報當機程式訊息。
此屬性控制 -die 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 dotdiff
使用點差異？ [Y/n]
這控制 -dotdiff 參數及其關聯值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 error
回報錯誤。
此屬性控制 -error 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 filter
讀取標準輸入，寫入標準輸出。
此屬性控制 -filter 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 help
回報命令列選項。
可以使用 -help -verbose 找到有關關聯和一般限定符號的更多資訊
此屬性控制 -help 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 intreefile
要評分的 Phylip 樹檔案
這控制了 -intreefile 參數及其關聯值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 njumble
隨機化輸入順序的次數（預設為 0）
此設定控制 -njumble 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 options
提示輸入標準值和其他值。
如果您從 Biopython 內部呼叫 EMBOSS 工具，我們不建議使用此選項。
此屬性控制 -options 開關的添加，將此屬性視為布林值。
- 屬性 outfile
輸出檔案名稱
此屬性控制 -outfile 參數的添加及其相關值。將此屬性設定為所需引數值。
- 屬性 outgrno
指定外群
這控制了 -outgrno 參數及其關聯值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 outtreefile
phylip 樹輸出檔案
這控制 -outtreefile 參數及其關聯值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 seed
提供隨機種子
這控制 -seed 參數及其關聯值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 sequence
要使用的序列檔案 (phylip)
這控制了 -sequence 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需參數值。
- 屬性 stdout
寫入標準輸出。
此屬性控制 -stdout 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 thresh
使用臨界值簡約性 (y/N)
此設定控制 -thresh 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 threshold
臨界值
此設定控制 -threshold 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 trout
將樹狀圖寫入檔案 (Y/n)
這控制 -trout 參數及其關聯值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 verbose
報告部分/全部命令列選項
此屬性控制 -verbose 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 warning
報告警告。
此屬性控制 -warning 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 weights
權重檔案
這控制了 -weights 參數及其關聯值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 whichcode
選擇遺傳密碼，[U,M,V,F,Y]]
這會控制 -whichcode 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。
- 類別 Bio.Emboss.Applications.FProtDistCommandline(cmd='fprotdist', **kwargs)
基底類別：
_EmbossCommandLine來自 EMBOSS 的 fprotdist 程式的命令行物件。
fprotdist 是 PHYLIP 程式 protdist 的 EMBOSS 包裝器，用於使用簡約性從蛋白質序列估計樹狀圖
- __init__(cmd='fprotdist', **kwargs)
初始化類別。
- 屬性 aacateg
選擇要使用的類別 [G,C,H]
這會控制 -aacateg 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 auto
關閉提示。
自動模式會停用提示，因此我們建議您在從 Biopython 呼叫 EMBOSS 工具時，始終設定此參數。
此屬性控制 -auto 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 basefreq
DNA 鹼基頻率（以空格分隔的列表）
這控制了 -basefreq 參數及其關聯值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 catergories
速率檔案
這會控制 -catergories 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 debug
將偵錯輸出寫入 program.dbg。
此屬性控制 -debug 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 die
回報當機程式訊息。
此屬性控制 -die 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 ease
Pob 變更類別（-0 到 1 之間的浮點數）
這會控制 -ease 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 error
回報錯誤。
此屬性控制 -error 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 filter
讀取標準輸入，寫入標準輸出。
此屬性控制 -filter 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 gamma
這控制了 -gamma 參數及其關聯值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 gammacoefficient
gamma 的值 (> 0.001)
這控制了 -gammacoefficient 參數及其關聯值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 help
回報命令列選項。
可以使用 -help -verbose 找到有關關聯和一般限定符號的更多資訊
此屬性控制 -help 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 invarcoefficient
站點間替換率變化的浮點數
這會控制 -invarcoefficient 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 method
子模型 [j,h,d,k,s,c]
這控制了 -method 參數及其關聯值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 ncategories
速率類別數量 (1-9)
這控制了 -ncategories 參數及其關聯值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 options
提示輸入標準值和其他值。
如果您從 Biopython 內部呼叫 EMBOSS 工具，我們不建議使用此選項。
此屬性控制 -options 開關的添加，將此屬性視為布林值。
- 屬性 outfile
輸出檔案名稱
此屬性控制 -outfile 參數的添加及其相關值。將此屬性設定為所需引數值。
- 屬性 rate
每個類別的速率
這控制了 -rate 參數及其關聯值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 sequence
要使用的序列檔案 (phylip)
這控制了 -sequence 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需參數值。
- 屬性 stdout
寫入標準輸出。
此屬性控制 -stdout 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 ttratio
轉換/顛換率 (0-1)
這控制了 -ttratio 參數及其關聯值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 verbose
報告部分/全部命令列選項
此屬性控制 -verbose 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 warning
報告警告。
此屬性控制 -warning 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 weights
權重檔案
這控制了 -weights 參數及其關聯值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 whichcode
遺傳密碼 [c,m,v,f,y]
這會控制 -whichcode 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。
- 類別 Bio.Emboss.Applications.FConsenseCommandline(cmd='fconsense', **kwargs)
基底類別：
_EmbossCommandLine來自 EMBOSS 的 fconsense 程式的命令行物件。
fconsense 是 PHYLIP 程式 consense 的 EMBOSS 包裝器，用於計算共識樹。
- __init__(cmd='fconsense', **kwargs)
初始化類別。
- 屬性 auto
關閉提示。
自動模式會停用提示，因此我們建議您在從 Biopython 呼叫 EMBOSS 工具時，始終設定此參數。
此屬性控制 -auto 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 debug
將偵錯輸出寫入 program.dbg。
此屬性控制 -debug 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 die
回報當機程式訊息。
此屬性控制 -die 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 error
回報錯誤。
此屬性控制 -error 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 filter
讀取標準輸入，寫入標準輸出。
此屬性控制 -filter 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 help
回報命令列選項。
可以使用 -help -verbose 找到有關關聯和一般限定符號的更多資訊
此屬性控制 -help 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 intreefile
包含用於建立共識的 Phylip 樹狀結構的檔案
這控制了 -intreefile 參數及其關聯值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 method
共識方法 [s, mr, MRE, ml]
這控制了 -method 參數及其關聯值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 mlfrac
分支出現在共識中的截止頻率 (0.5-1.0)
此屬性控制 -mlfrac 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 options
提示輸入標準值和其他值。
如果您從 Biopython 內部呼叫 EMBOSS 工具，我們不建議使用此選項。
此屬性控制 -options 開關的添加，將此屬性視為布林值。
- 屬性 outfile
輸出檔案名稱
此屬性控制 -outfile 參數的添加及其相關值。將此屬性設定為所需引數值。
- 屬性 outgrno
要用作外群的 OTU（從 0 開始）
這控制了 -outgrno 參數及其關聯值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 outtreefile
Phylip 樹狀結構輸出檔案（選用）
這控制 -outtreefile 參數及其關聯值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 root
將樹狀結構視為已定根 (YES, no)
此屬性控制 -root 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 stdout
寫入標準輸出。
此屬性控制 -stdout 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 trout
將樹狀結構視為已定根 (YES, no)
這控制 -trout 參數及其關聯值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 verbose
報告部分/全部命令列選項
此屬性控制 -verbose 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 warning
報告警告。
此屬性控制 -warning 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 類別 Bio.Emboss.Applications.WaterCommandline(cmd='water', **kwargs)
基底類別：
_EmbossCommandLine來自 EMBOSS 的 water 程式的命令列物件。
- __init__(cmd='water', **kwargs)
初始化類別。
- 屬性 aformat
以不同的指定輸出格式顯示輸出
此屬性控制 -aformat 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 asequence
第一個要比對的序列
此屬性控制 -asequence 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 auto
關閉提示。
自動模式會停用提示，因此我們建議您在從 Biopython 呼叫 EMBOSS 工具時，始終設定此參數。
此屬性控制 -auto 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 brief
顯示簡要的相似度和一致性
此屬性控制 -brief 參數的加入，將此屬性視為布林值。
- 屬性 bsequence
第二個要比對的序列
此屬性控制 -bsequence 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 datafile
矩陣檔案
這控制 -datafile 參數及其關聯值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 debug
將偵錯輸出寫入 program.dbg。
此屬性控制 -debug 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 die
回報當機程式訊息。
此屬性控制 -die 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 error
回報錯誤。
此屬性控制 -error 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 filter
讀取標準輸入，寫入標準輸出。
此屬性控制 -filter 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 gapextend
間隙延伸懲罰
此屬性控制 -gapextend 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 gapopen
間隙開放懲罰
此屬性控制 -gapopen 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 help
回報命令列選項。
可以使用 -help -verbose 找到有關關聯和一般限定符號的更多資訊
此屬性控制 -help 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 nobrief
顯示擴展的相似度和一致性
此屬性控制 -nobrief 參數的加入，將此屬性視為布林值。
- 屬性 options
提示輸入標準值和其他值。
如果您從 Biopython 內部呼叫 EMBOSS 工具，我們不建議使用此選項。
此屬性控制 -options 開關的添加，將此屬性視為布林值。
- 屬性 outfile
輸出檔案名稱
此屬性控制 -outfile 參數的添加及其相關值。將此屬性設定為所需引數值。
- 屬性 similarity
顯示百分比一致性和相似性
此屬性控制 -similarity 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 snucleotide
序列是核苷酸（布林值）
這控制了 -snucleotide 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需參數值。
- 屬性 sprotein
序列是蛋白質（布林值）
這控制了 -sprotein 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需參數值。
- 屬性 stdout
寫入標準輸出。
此屬性控制 -stdout 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 verbose
報告部分/全部命令列選項
此屬性控制 -verbose 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 warning
報告警告。
此屬性控制 -warning 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 類別 Bio.Emboss.Applications.NeedleCommandline(cmd='needle', **kwargs)
基底類別：
_EmbossCommandLine來自 EMBOSS 的 needle 程式的命令列物件。
- __init__(cmd='needle', **kwargs)
初始化類別。
- 屬性 aformat
以不同的指定輸出格式顯示輸出
此屬性控制 -aformat 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 asequence
第一個要比對的序列
此屬性控制 -asequence 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 auto
關閉提示。
自動模式會停用提示，因此我們建議您在從 Biopython 呼叫 EMBOSS 工具時，始終設定此參數。
此屬性控制 -auto 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 brief
顯示簡要的相似度和一致性
此屬性控制 -brief 參數的加入，將此屬性視為布林值。
- 屬性 bsequence
第二個要比對的序列
此屬性控制 -bsequence 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 datafile
矩陣檔案
這控制 -datafile 參數及其關聯值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 debug
將偵錯輸出寫入 program.dbg。
此屬性控制 -debug 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 die
回報當機程式訊息。
此屬性控制 -die 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 endextend
對於末端間隙中的每個鹼基或殘基，加到末端間隙懲罰的分數。
這控制了 -endextend 參數及其相關值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 endopen
建立末端間隙時扣除的分數。
這控制了 -endopen 參數及其相關值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 endweight
應用 And 間隙懲罰
這控制了 -endweight 參數及其相關值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 error
回報錯誤。
此屬性控制 -error 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 filter
讀取標準輸入，寫入標準輸出。
此屬性控制 -filter 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 gapextend
間隙延伸懲罰
此屬性控制 -gapextend 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 gapopen
間隙開放懲罰
此屬性控制 -gapopen 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 help
回報命令列選項。
可以使用 -help -verbose 找到有關關聯和一般限定符號的更多資訊
此屬性控制 -help 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 nobrief
顯示擴展的相似度和一致性
此屬性控制 -nobrief 參數的加入，將此屬性視為布林值。
- 屬性 options
提示輸入標準值和其他值。
如果您從 Biopython 內部呼叫 EMBOSS 工具，我們不建議使用此選項。
此屬性控制 -options 開關的添加，將此屬性視為布林值。
- 屬性 outfile
輸出檔案名稱
此屬性控制 -outfile 參數的添加及其相關值。將此屬性設定為所需引數值。
- 屬性 similarity
顯示百分比一致性和相似性
此屬性控制 -similarity 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 snucleotide
序列是核苷酸（布林值）
這控制了 -snucleotide 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需參數值。
- 屬性 sprotein
序列是蛋白質（布林值）
這控制了 -sprotein 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需參數值。
- 屬性 stdout
寫入標準輸出。
此屬性控制 -stdout 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 verbose
報告部分/全部命令列選項
此屬性控制 -verbose 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 warning
報告警告。
此屬性控制 -warning 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 類別 Bio.Emboss.Applications.NeedleallCommandline(cmd='needleall', **kwargs)
基底類別：
_EmbossCommandLine來自 EMBOSS 的 needleall 程式的命令列物件。
- __init__(cmd='needleall', **kwargs)
初始化類別。
- 屬性 aformat
以不同的指定輸出格式顯示輸出
此屬性控制 -aformat 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 asequence
第一個要比對的序列
此屬性控制 -asequence 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 auto
關閉提示。
自動模式會停用提示，因此我們建議您在從 Biopython 呼叫 EMBOSS 工具時，始終設定此參數。
此屬性控制 -auto 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 brief
顯示簡要的相似度和一致性
此屬性控制 -brief 參數的加入，將此屬性視為布林值。
- 屬性 bsequence
第二個要比對的序列
此屬性控制 -bsequence 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 datafile
矩陣檔案
這控制 -datafile 參數及其關聯值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 debug
將偵錯輸出寫入 program.dbg。
此屬性控制 -debug 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 die
回報當機程式訊息。
此屬性控制 -die 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 endextend
對於末端間隙中的每個鹼基或殘基，加到末端間隙懲罰的分數。
這控制了 -endextend 參數及其相關值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 endopen
建立末端間隙時扣除的分數。
這控制了 -endopen 參數及其相關值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 endweight
應用 And 間隙懲罰
這控制了 -endweight 參數及其相關值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 error
回報錯誤。
此屬性控制 -error 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 errorfile
要寫入的錯誤檔案。
這控制了 -errorfile 參數及其相關值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 filter
讀取標準輸入，寫入標準輸出。
此屬性控制 -filter 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 gapextend
間隙延伸懲罰
此屬性控制 -gapextend 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 gapopen
間隙開放懲罰
此屬性控制 -gapopen 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 help
回報命令列選項。
可以使用 -help -verbose 找到有關關聯和一般限定符號的更多資訊
此屬性控制 -help 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 minscore
排除分數低於此閾值分數的比對。
這控制了 -minscore 參數及其相關值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 nobrief
顯示擴展的相似度和一致性
此屬性控制 -nobrief 參數的加入，將此屬性視為布林值。
- 屬性 options
提示輸入標準值和其他值。
如果您從 Biopython 內部呼叫 EMBOSS 工具，我們不建議使用此選項。
此屬性控制 -options 開關的添加，將此屬性視為布林值。
- 屬性 outfile
輸出檔案名稱
此屬性控制 -outfile 參數的添加及其相關值。將此屬性設定為所需引數值。
- 屬性 similarity
顯示百分比一致性和相似性
此屬性控制 -similarity 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 snucleotide
序列是核苷酸（布林值）
這控制了 -snucleotide 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需參數值。
- 屬性 sprotein
序列是蛋白質（布林值）
這控制了 -sprotein 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需參數值。
- 屬性 stdout
寫入標準輸出。
此屬性控制 -stdout 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 verbose
報告部分/全部命令列選項
此屬性控制 -verbose 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 warning
報告警告。
此屬性控制 -warning 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- class Bio.Emboss.Applications.StretcherCommandline(cmd='stretcher', **kwargs)
基底類別：
_EmbossCommandLineEMBOSS 中 stretcher 程式的命令列物件。
- __init__(cmd='stretcher', **kwargs)
初始化類別。
- property aformat
以不同的指定輸出格式顯示輸出
此屬性控制 -aformat 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。
- property asequence
第一個要比對的序列
此屬性控制 -asequence 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。
- property auto
關閉提示。
自動模式會停用提示，因此我們建議您在從 Biopython 呼叫 EMBOSS 工具時，始終設定此參數。
此屬性控制 -auto 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- property bsequence
第二個要比對的序列
此屬性控制 -bsequence 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。
- property datafile
矩陣檔案
這控制 -datafile 參數及其關聯值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。
- property debug
將偵錯輸出寫入 program.dbg。
此屬性控制 -debug 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- property die
回報當機程式訊息。
此屬性控制 -die 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- property error
回報錯誤。
此屬性控制 -error 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- property filter
讀取標準輸入，寫入標準輸出。
此屬性控制 -filter 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- property gapextend
間隙延伸懲罰
此屬性控制 -gapextend 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。
- property gapopen
間隙開放懲罰
此屬性控制 -gapopen 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。
- property help
回報命令列選項。
可以使用 -help -verbose 找到有關關聯和一般限定符號的更多資訊
此屬性控制 -help 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- property options
提示輸入標準值和其他值。
如果您從 Biopython 內部呼叫 EMBOSS 工具，我們不建議使用此選項。
此屬性控制 -options 開關的添加，將此屬性視為布林值。
- property outfile
輸出檔案名稱
此屬性控制 -outfile 參數的添加及其相關值。將此屬性設定為所需引數值。
- property snucleotide
序列是核苷酸（布林值）
這控制了 -snucleotide 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需參數值。
- property sprotein
序列是蛋白質（布林值）
這控制了 -sprotein 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需參數值。
- property stdout
寫入標準輸出。
此屬性控制 -stdout 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- property verbose
報告部分/全部命令列選項
此屬性控制 -verbose 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- property warning
報告警告。
此屬性控制 -warning 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- class Bio.Emboss.Applications.FuzznucCommandline(cmd='fuzznuc', **kwargs)
基底類別：
_EmbossCommandLineEMBOSS 中 fuzznuc 程式的命令列物件。
- __init__(cmd='fuzznuc', **kwargs)
初始化類別。
- property auto
關閉提示。
自動模式會停用提示，因此我們建議您在從 Biopython 呼叫 EMBOSS 工具時，始終設定此參數。
此屬性控制 -auto 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- property complement
搜尋互補股。
這會控制 -complement 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。
- property debug
將偵錯輸出寫入 program.dbg。
此屬性控制 -debug 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- property die
回報當機程式訊息。
此屬性控制 -die 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- property error
回報錯誤。
此屬性控制 -error 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- property filter
讀取標準輸入，寫入標準輸出。
此屬性控制 -filter 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- property help
回報命令列選項。
可以使用 -help -verbose 找到有關關聯和一般限定符號的更多資訊
此屬性控制 -help 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- property options
提示輸入標準值和其他值。
如果您從 Biopython 內部呼叫 EMBOSS 工具，我們不建議使用此選項。
此屬性控制 -options 開關的添加，將此屬性視為布林值。
- property outfile
輸出檔案名稱
此屬性控制 -outfile 參數的添加及其相關值。將此屬性設定為所需引數值。
- property pattern
使用標準 IUPAC 單字母代碼搜尋模式。
這會控制 -pattern 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。
- property pmismatch
錯配數。
這會控制 -pmismatch 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。
- property rformat
指定要輸出的報告格式。
這會控制 -rformat 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。
- property sequence
序列資料庫 USA。
這控制了 -sequence 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需參數值。
- property stdout
寫入標準輸出。
此屬性控制 -stdout 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- property verbose
報告部分/全部命令列選項
此屬性控制 -verbose 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- property warning
報告警告。
此屬性控制 -warning 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- class Bio.Emboss.Applications.FuzzproCommandline(cmd='fuzzpro', **kwargs)
基底類別：
_EmbossCommandLineEMBOSS 中 fuzzpro 程式的命令列物件。
- __init__(cmd='fuzzpro', **kwargs)
初始化類別。
- property auto
關閉提示。
自動模式會停用提示，因此我們建議您在從 Biopython 呼叫 EMBOSS 工具時，始終設定此參數。
此屬性控制 -auto 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- property debug
將偵錯輸出寫入 program.dbg。
此屬性控制 -debug 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- property die
回報當機程式訊息。
此屬性控制 -die 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- property error
回報錯誤。
此屬性控制 -error 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- property filter
讀取標準輸入，寫入標準輸出。
此屬性控制 -filter 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- property help
回報命令列選項。
可以使用 -help -verbose 找到有關關聯和一般限定符號的更多資訊
此屬性控制 -help 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- property options
提示輸入標準值和其他值。
如果您從 Biopython 內部呼叫 EMBOSS 工具，我們不建議使用此選項。
此屬性控制 -options 開關的添加，將此屬性視為布林值。
- property outfile
輸出檔案名稱
此屬性控制 -outfile 參數的添加及其相關值。將此屬性設定為所需引數值。
- property pattern
使用標準 IUPAC 單字母代碼搜尋模式。
這會控制 -pattern 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。
- property pmismatch
錯配數。
這會控制 -pmismatch 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。
- property rformat
指定要輸出的報告格式。
這會控制 -rformat 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 sequence
序列資料庫 USA。
這控制了 -sequence 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需參數值。
- 屬性 stdout
寫入標準輸出。
此屬性控制 -stdout 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 verbose
報告部分/全部命令列選項
此屬性控制 -verbose 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 warning
報告警告。
此屬性控制 -warning 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 類別 Bio.Emboss.Applications.Est2GenomeCommandline(cmd='est2genome', **kwargs)
基底類別：
_EmbossCommandLineEMBOSS 中 est2genome 程式的命令行物件。
- __init__(cmd='est2genome', **kwargs)
初始化類別。
- 屬性 align
顯示比對結果。
此屬性控制 -align 參數的加入及其關聯值。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 auto
關閉提示。
自動模式會停用提示，因此我們建議您在從 Biopython 呼叫 EMBOSS 工具時，始終設定此參數。
此屬性控制 -auto 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 best
您可以印出所有比對結果，而不僅僅是最佳結果。
此屬性控制 -best 參數的加入及其關聯值。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 debug
將偵錯輸出寫入 program.dbg。
此屬性控制 -debug 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 die
回報當機程式訊息。
此屬性控制 -die 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 error
回報錯誤。
此屬性控制 -error 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 est
EST 序列
此屬性控制 -est 參數的加入及其關聯值。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 filter
讀取標準輸入，寫入標準輸出。
此屬性控制 -filter 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 gappenalty
在任一序列中刪除單個鹼基的成本，不包含內含子
此屬性控制 -gappenalty 參數的加入及其關聯值。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 genome
基因組序列
此屬性控制 -genome 參數的加入及其關聯值。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 help
回報命令列選項。
可以使用 -help -verbose 找到有關關聯和一般限定符號的更多資訊
此屬性控制 -help 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 intronpenalty
內含子的成本，與長度無關。
此屬性控制 -intronpenalty 參數的加入及其關聯值。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 match
兩個鹼基匹配的分數
此屬性控制 -match 參數的加入及其關聯值。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 minscore
排除分數低於此閾值分數的比對。
這控制了 -minscore 參數及其相關值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 mismatch
兩個鹼基不匹配的成本
此屬性控制 -mismatch 參數的加入及其關聯值。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 mode
此選項決定比對模式。可以是 'both'、'forward' 或 'reverse'
此屬性控制 -mode 參數的加入及其關聯值。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 options
提示輸入標準值和其他值。
如果您從 Biopython 內部呼叫 EMBOSS 工具，我們不建議使用此選項。
此屬性控制 -options 開關的添加，將此屬性視為布林值。
- 屬性 outfile
輸出檔案名稱
此屬性控制 -outfile 參數的添加及其相關值。將此屬性設定為所需引數值。
- 屬性 reverse
反轉 EST 序列的方向
此屬性控制 -reverse 參數的加入及其關聯值。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 seed
隨機數種子
這控制 -seed 參數及其關聯值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 shuffle
隨機排序
此屬性控制 -shuffle 參數的加入及其關聯值。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 space
用於線性空間遞迴。
此屬性控制 -space 參數的加入及其關聯值。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 splice
使用供體和受體剪接位點。
此屬性控制 -splice 參數的加入及其關聯值。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 splicepenalty
內含子的成本，與長度無關，且起始/結束於供體-受體位點
此屬性控制 -splicepenalty 參數的加入及其關聯值。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 stdout
寫入標準輸出。
此屬性控制 -stdout 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 verbose
報告部分/全部命令列選項
此屬性控制 -verbose 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 warning
報告警告。
此屬性控制 -warning 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 width
比對寬度
此屬性控制 -width 參數的加入及其關聯值。將此屬性設定為所需的參數值。
- 類別 Bio.Emboss.Applications.ETandemCommandline(cmd='etandem', **kwargs)
基底類別：
_EmbossCommandLineEMBOSS 中 etandem 程式的命令行物件。
- __init__(cmd='etandem', **kwargs)
初始化類別。
- 屬性 auto
關閉提示。
自動模式會停用提示，因此我們建議您在從 Biopython 呼叫 EMBOSS 工具時，始終設定此參數。
此屬性控制 -auto 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 debug
將偵錯輸出寫入 program.dbg。
此屬性控制 -debug 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 die
回報當機程式訊息。
此屬性控制 -die 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 error
回報錯誤。
此屬性控制 -error 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 filter
讀取標準輸入，寫入標準輸出。
此屬性控制 -filter 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 help
回報命令列選項。
可以使用 -help -verbose 找到有關關聯和一般限定符號的更多資訊
此屬性控制 -help 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 maxrepeat
最大重複大小
這控制著 -maxrepeat 參數及其相關值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 minrepeat
最小重複大小
這控制著 -minrepeat 參數及其相關值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 mismatch
允許 N 作為不匹配
此屬性控制 -mismatch 參數的加入及其關聯值。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 options
提示輸入標準值和其他值。
如果您從 Biopython 內部呼叫 EMBOSS 工具，我們不建議使用此選項。
此屬性控制 -options 開關的添加，將此屬性視為布林值。
- 屬性 outfile
輸出檔案名稱
此屬性控制 -outfile 參數的添加及其相關值。將此屬性設定為所需引數值。
- 屬性 rformat
輸出報告格式
這會控制 -rformat 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 sequence
序列
這控制了 -sequence 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需參數值。
- 屬性 stdout
寫入標準輸出。
此屬性控制 -stdout 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 threshold
閾值分數
此設定控制 -threshold 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 uniform
允許一致性的共識
這控制著 -uniform 參數及其相關值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 verbose
報告部分/全部命令列選項
此屬性控制 -verbose 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 warning
報告警告。
此屬性控制 -warning 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 類別 Bio.Emboss.Applications.EInvertedCommandline(cmd='einverted', **kwargs)
基底類別：
_EmbossCommandLineEMBOSS 中 einverted 程式的命令行物件。
- __init__(cmd='einverted', **kwargs)
初始化類別。
- 屬性 auto
關閉提示。
自動模式會停用提示，因此我們建議您在從 Biopython 呼叫 EMBOSS 工具時，始終設定此參數。
此屬性控制 -auto 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 debug
將偵錯輸出寫入 program.dbg。
此屬性控制 -debug 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 die
回報當機程式訊息。
此屬性控制 -die 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 error
回報錯誤。
此屬性控制 -error 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 filter
讀取標準輸入，寫入標準輸出。
此屬性控制 -filter 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 gap
間隙罰分
這控制著 -gap 參數及其相關值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 help
回報命令列選項。
可以使用 -help -verbose 找到有關關聯和一般限定符號的更多資訊
此屬性控制 -help 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 match
匹配分數
此屬性控制 -match 參數的加入及其關聯值。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 maxrepeat
重複開始與結束之間的最大間隔
這控制著 -maxrepeat 參數及其相關值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 mismatch
不匹配分數
此屬性控制 -mismatch 參數的加入及其關聯值。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 options
提示輸入標準值和其他值。
如果您從 Biopython 內部呼叫 EMBOSS 工具，我們不建議使用此選項。
此屬性控制 -options 開關的添加，將此屬性視為布林值。
- 屬性 outfile
輸出檔案名稱
此屬性控制 -outfile 參數的添加及其相關值。將此屬性設定為所需引數值。
- 屬性 sequence
序列
這控制了 -sequence 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需參數值。
- 屬性 stdout
寫入標準輸出。
此屬性控制 -stdout 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 threshold
最小分數閾值
此設定控制 -threshold 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 verbose
報告部分/全部命令列選項
此屬性控制 -verbose 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 warning
報告警告。
此屬性控制 -warning 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 類別 Bio.Emboss.Applications.PalindromeCommandline(cmd='palindrome', **kwargs)
基底類別：
_EmbossCommandLineEMBOSS 中 palindrome 程式的命令行物件。
- __init__(cmd='palindrome', **kwargs)
初始化類別。
- 屬性 auto
關閉提示。
自動模式會停用提示，因此我們建議您在從 Biopython 呼叫 EMBOSS 工具時，始終設定此參數。
此屬性控制 -auto 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 debug
將偵錯輸出寫入 program.dbg。
此屬性控制 -debug 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 die
回報當機程式訊息。
此屬性控制 -die 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 error
回報錯誤。
此屬性控制 -error 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 filter
讀取標準輸入，寫入標準輸出。
此屬性控制 -filter 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 gaplimit
重複之間的最大間隙
這控制著 -gaplimit 參數及其相關值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 help
回報命令列選項。
可以使用 -help -verbose 找到有關關聯和一般限定符號的更多資訊
此屬性控制 -help 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 maxpallen
最大回文長度
此設定控制是否加入 -maxpallen 參數及其相關值。將此屬性設定為所需之參數值。
- property minpallen
迴文的最小長度
此設定控制是否加入 -minpallen 參數及其相關值。將此屬性設定為所需之參數值。
- property nummismatches
允許的錯配數
此設定控制是否加入 -nummismatches 參數及其相關值。將此屬性設定為所需之參數值。
- property options
提示輸入標準值和其他值。
如果您從 Biopython 內部呼叫 EMBOSS 工具，我們不建議使用此選項。
此屬性控制 -options 開關的添加，將此屬性視為布林值。
- property outfile
輸出檔案名稱
此屬性控制 -outfile 參數的添加及其相關值。將此屬性設定為所需引數值。
- property overlap
報告重疊的比對結果
此設定控制是否加入 -overlap 參數及其相關值。將此屬性設定為所需之參數值。
- property sequence
序列
這控制了 -sequence 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需參數值。
- property stdout
寫入標準輸出。
此屬性控制 -stdout 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- property verbose
報告部分/全部命令列選項
此屬性控制 -verbose 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- property warning
報告警告。
此屬性控制 -warning 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- class Bio.Emboss.Applications.TranalignCommandline(cmd='tranalign', **kwargs)
基底類別：
_EmbossCommandLine來自 EMBOSS 的 tranalign 程式的命令列物件。
- __init__(cmd='tranalign', **kwargs)
初始化類別。
- property asequence
要比對的核苷酸序列。
此屬性控制 -asequence 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。
- property auto
關閉提示。
自動模式會停用提示，因此我們建議您在從 Biopython 呼叫 EMBOSS 工具時，始終設定此參數。
此屬性控制 -auto 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- property bsequence
蛋白質序列比對
此屬性控制 -bsequence 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。
- property debug
將偵錯輸出寫入 program.dbg。
此屬性控制 -debug 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- property die
回報當機程式訊息。
此屬性控制 -die 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- property error
回報錯誤。
此屬性控制 -error 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- property filter
讀取標準輸入，寫入標準輸出。
此屬性控制 -filter 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- property help
回報命令列選項。
可以使用 -help -verbose 找到有關關聯和一般限定符號的更多資訊
此屬性控制 -help 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- property options
提示輸入標準值和其他值。
如果您從 Biopython 內部呼叫 EMBOSS 工具，我們不建議使用此選項。
此屬性控制 -options 開關的添加，將此屬性視為布林值。
- property outfile
輸出檔案名稱
此屬性控制 -outfile 參數的添加及其相關值。將此屬性設定為所需引數值。
- property outseq
輸出序列檔案。
此設定控制是否加入 -outseq 參數及其相關值。將此屬性設定為所需之參數值。
- property stdout
寫入標準輸出。
此屬性控制 -stdout 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- property table
要使用的密碼
此設定控制是否加入 -table 參數及其相關值。將此屬性設定為所需之參數值。
- property verbose
報告部分/全部命令列選項
此屬性控制 -verbose 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- property warning
報告警告。
此屬性控制 -warning 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- class Bio.Emboss.Applications.DiffseqCommandline(cmd='diffseq', **kwargs)
基底類別：
_EmbossCommandLine來自 EMBOSS 的 diffseq 程式的命令列物件。
- __init__(cmd='diffseq', **kwargs)
初始化類別。
- property aoutfeat
用於輸出第一個序列的特徵檔案
此設定控制是否加入 -aoutfeat 參數及其相關值。將此屬性設定為所需之參數值。
- property asequence
要比較的第一个序列
此屬性控制 -asequence 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。
- property auto
關閉提示。
自動模式會停用提示，因此我們建議您在從 Biopython 呼叫 EMBOSS 工具時，始終設定此參數。
此屬性控制 -auto 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- property boutfeat
用於輸出第二個序列的特徵檔案
此設定控制是否加入 -boutfeat 參數及其相關值。將此屬性設定為所需之參數值。
- property bsequence
要比較的第二個序列
此屬性控制 -bsequence 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。
- property debug
將偵錯輸出寫入 program.dbg。
此屬性控制 -debug 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- property die
回報當機程式訊息。
此屬性控制 -die 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- property error
回報錯誤。
此屬性控制 -error 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- property filter
讀取標準輸入，寫入標準輸出。
此屬性控制 -filter 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- property help
回報命令列選項。
可以使用 -help -verbose 找到有關關聯和一般限定符號的更多資訊
此屬性控制 -help 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- property options
提示輸入標準值和其他值。
如果您從 Biopython 內部呼叫 EMBOSS 工具，我們不建議使用此選項。
此屬性控制 -options 開關的添加，將此屬性視為布林值。
- property outfile
輸出檔案名稱
此屬性控制 -outfile 參數的添加及其相關值。將此屬性設定為所需引數值。
- property rformat
輸出報告檔案格式
這會控制 -rformat 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。
- property stdout
寫入標準輸出。
此屬性控制 -stdout 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- property verbose
報告部分/全部命令列選項
此屬性控制 -verbose 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- property warning
報告警告。
此屬性控制 -warning 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 wordsize
用於比較的字詞大小（預設為 10）
這控制了 -wordsize 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。
- 類別 Bio.Emboss.Applications.IepCommandline(cmd='iep', **kwargs)
基底類別：
_EmbossCommandLineEMBOSS iep 的指令列：計算等電點和電荷。
範例
>>> from Bio.Emboss.Applications import IepCommandline >>> iep_cline = IepCommandline(sequence="proteins.faa", ... outfile="proteins.txt") >>> print(iep_cline) iep -outfile=proteins.txt -sequence=proteins.faa
您通常會使用 iep_cline() 或透過 Python subprocess 模組執行命令列，如 Biopython 教學中所述。
- __init__(cmd='iep', **kwargs)
初始化類別。
- 屬性 amino
N 端數量
整數 0 (預設) 或更多。
這控制了 -amino 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 auto
關閉提示。
自動模式會停用提示，因此我們建議您在從 Biopython 呼叫 EMBOSS 工具時，始終設定此參數。
此屬性控制 -auto 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 carboxyl
C 端數量
整數 0 (預設) 或更多。
這控制了 -carboxyl 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 debug
將偵錯輸出寫入 program.dbg。
此屬性控制 -debug 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 die
回報當機程式訊息。
此屬性控制 -die 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 disulphides
雙硫鍵的數量
整數 0 (預設) 或更多。
這控制了 -disulphides 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 error
回報錯誤。
此屬性控制 -error 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 filter
讀取標準輸入，寫入標準輸出。
此屬性控制 -filter 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 help
回報命令列選項。
可以使用 -help -verbose 找到有關關聯和一般限定符號的更多資訊
此屬性控制 -help 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 lysinemodified
修飾過的賴氨酸數量
整數 0 (預設) 或更多。
這控制了 -lysinemodified 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 notermini
排除 (True) 或包含 (False) N 端和 C 端的電荷。
這控制了 -notermini 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 options
提示輸入標準值和其他值。
如果您從 Biopython 內部呼叫 EMBOSS 工具，我們不建議使用此選項。
此屬性控制 -options 開關的添加，將此屬性視為布林值。
- 屬性 outfile
輸出檔案名稱
此屬性控制 -outfile 參數的添加及其相關值。將此屬性設定為所需引數值。
- 屬性 sequence
蛋白質序列檔案名稱
這控制了 -sequence 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需參數值。
- 屬性 stdout
寫入標準輸出。
此屬性控制 -stdout 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 verbose
報告部分/全部命令列選項
此屬性控制 -verbose 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 warning
報告警告。
此屬性控制 -warning 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 類別 Bio.Emboss.Applications.SeqretCommandline(cmd='seqret', **kwargs)
基底類別：
_EmbossMinimalCommandLine來自 EMBOSS 的 seqret 程式的指令列物件。
此工具可讓您在不同的序列檔案格式之間相互轉換（例如，GenBank 到 FASTA）。結合 Biopython 的 Bio.SeqIO 模組與 seqret 使用合適的中間檔案格式，可以讓您讀取/寫入更廣泛的檔案格式。
此包裝器目前僅支援核心功能，例如功能表格（從 EMBOSS 6.1.0 開始）尚未包含。
- __init__(cmd='seqret', **kwargs)
初始化類別。
- 屬性 auto
關閉提示。
自動模式會停用提示，因此我們建議您在從 Biopython 呼叫 EMBOSS 工具時，始終設定此參數。
此屬性控制 -auto 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 debug
將偵錯輸出寫入 program.dbg。
此屬性控制 -debug 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 die
回報當機程式訊息。
此屬性控制 -die 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 error
回報錯誤。
此屬性控制 -error 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 filter
讀取標準輸入，寫入標準輸出。
此屬性控制 -filter 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 help
回報命令列選項。
可以使用 -help -verbose 找到有關關聯和一般限定符號的更多資訊
此屬性控制 -help 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 options
提示輸入標準值和其他值。
如果您從 Biopython 內部呼叫 EMBOSS 工具，我們不建議使用此選項。
此屬性控制 -options 開關的添加，將此屬性視為布林值。
- 屬性 osformat
輸出序列格式（例如，fasta、genbank）
這控制了 -osformat 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 outseq
輸出序列檔案。
此設定控制是否加入 -outseq 參數及其相關值。將此屬性設定為所需之參數值。
- 屬性 sequence
輸入序列檔案名稱
這控制了 -sequence 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需參數值。
- 屬性 sformat
輸入序列格式（例如，fasta、genbank）
這控制了 -sformat 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 stdout
寫入標準輸出。
此屬性控制 -stdout 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 verbose
報告部分/全部命令列選項
此屬性控制 -verbose 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 warning
報告警告。
此屬性控制 -warning 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 類別 Bio.Emboss.Applications.SeqmatchallCommandline(cmd='seqmatchall', **kwargs)
基底類別：
_EmbossCommandLine來自 EMBOSS 的 seqmatchall 程式的指令列物件。
例如：>>> cline = SeqmatchallCommandline(sequence=”opuntia.fasta”, outfile=”opuntia.txt”) >>> cline.auto = True >>> cline.wordsize = 18 >>> cline.aformat = “pair” >>> print(cline) seqmatchall -auto -outfile=opuntia.txt -sequence=opuntia.fasta -wordsize=18 -aformat=pair
- __init__(cmd='seqmatchall', **kwargs)
初始化類別。
- 屬性 aformat
以不同的指定輸出格式顯示輸出
此屬性控制 -aformat 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。
- 屬性 auto
關閉提示。
自動模式會停用提示，因此我們建議您在從 Biopython 呼叫 EMBOSS 工具時，始終設定此參數。
此屬性控制 -auto 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 debug
將偵錯輸出寫入 program.dbg。
此屬性控制 -debug 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 die
回報當機程式訊息。
此屬性控制 -die 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 error
回報錯誤。
此屬性控制 -error 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 filter
讀取標準輸入，寫入標準輸出。
此屬性控制 -filter 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 help
回報命令列選項。
可以使用 -help -verbose 找到有關關聯和一般限定符號的更多資訊
此屬性控制 -help 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 options
提示輸入標準值和其他值。
如果您從 Biopython 內部呼叫 EMBOSS 工具，我們不建議使用此選項。
此屬性控制 -options 開關的添加，將此屬性視為布林值。
- 屬性 outfile
輸出檔案名稱
此屬性控制 -outfile 參數的添加及其相關值。將此屬性設定為所需引數值。
- 屬性 sequence
可讀取的序列集合
這控制了 -sequence 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需參數值。
- 屬性 stdout
寫入標準輸出。
此屬性控制 -stdout 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 verbose
報告部分/全部命令列選項
此屬性控制 -verbose 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 warning
報告警告。
此屬性控制 -warning 開關的加入，請將此屬性視為布林值。
- 屬性 wordsize
字詞大小（整數，2 或以上，預設為 4）
這控制了 -wordsize 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。