Bio.Align.phylip 模組
Bio.Align 支援 PHYLIP 工具輸入檔案的比對格式。
您應該透過 Bio.Align 函式使用此模組。
- class Bio.Align.phylip.AlignmentWriter(target)
基底類別:
AlignmentWriter
Clustalw 比對寫入器。
- fmt: str | None = 'PHYLIP'
- format_alignment(alignment)
以 Phylip 格式回傳單一比對的字串。
- __abstractmethods__ = frozenset({})
- class Bio.Align.phylip.AlignmentIterator(source)
基底類別:
AlignmentIterator
讀取 Phylip 比對檔案並回傳一個 Alignment 迭代器。
記錄名稱限制最多 10 個字元。
解析器會根據檔案內容判斷檔案格式是循序還是交錯,並據此解析檔案。
如需檔案格式的詳細資訊,請參閱:http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/doc/sequence.html http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/doc/main.html#inputfiles
- fmt: str | None = 'PHYLIP'
- __abstractmethods__ = frozenset({})