Bio.Align.phylip 模組

Bio.Align 支援 PHYLIP 工具輸入檔案的比對格式。

您應該透過 Bio.Align 函式使用此模組。

class Bio.Align.phylip.AlignmentWriter(target)

基底類別:AlignmentWriter

Clustalw 比對寫入器。

fmt: str | None = 'PHYLIP'
format_alignment(alignment)

以 Phylip 格式回傳單一比對的字串。

__abstractmethods__ = frozenset({})
class Bio.Align.phylip.AlignmentIterator(source)

基底類別:AlignmentIterator

讀取 Phylip 比對檔案並回傳一個 Alignment 迭代器。

記錄名稱限制最多 10 個字元。

解析器會根據檔案內容判斷檔案格式是循序還是交錯,並據此解析檔案。

如需檔案格式的詳細資訊,請參閱:http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/doc/sequence.html http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/doc/main.html#inputfiles

fmt: str | None = 'PHYLIP'
__abstractmethods__ = frozenset({})