Bio.Align.nexus 模組

Bio.Align 支援 “nexus” 檔案格式。

您應該透過 Bio.Align 函數使用此模組。

另請參閱 Bio.Nexus 模組（此程式碼在內部呼叫），因為它提供的功能不僅僅是存取比對或其序列作為 SeqRecord 物件。

class Bio.Align.nexus.AlignmentWriter(target, interleave=None)

Nexus 比對寫入器。

請注意，Nexus 檔案預期只包含一個比對矩陣。

您應該透過 Bio.Align.write() 呼叫此類別。

__init__(target, interleave=None)

建立 AlignmentWriter 物件。

引數

target - 輸出串流或檔案名稱
interleave - 如果為 None (預設)：當欄數 > 1000 時，使用交錯格式
如果為 True：使用交錯格式。如果為 False：不使用交錯格式

write_file(stream, alignments)

將比對寫入檔案，並傳回比對數量。

alignments - 傳回 Alignment 物件的列表或迭代器

format_alignment(alignment, interleave=None)

傳回一個字串，其中包含 Nexus 格式的單一比對。

建立一個空的 Nexus 物件，加入序列，然後讓 Nexus 準備輸出。

alignment - 一個 Alignment 物件

interleave - 如果為 None (預設)：當欄數 > 1000 時，使用交錯格式
如果為 True：使用交錯格式。如果為 False：不使用交錯格式

write_alignment(alignment, stream, interleave=None)

將單一比對寫入輸出檔案。

alignment - 一個 Alignment 物件
stream - 輸出串流
interleave - 如果為 None (預設)：當欄數 > 1000 時，使用交錯格式
如果為 True：使用交錯格式。如果為 False：不使用交錯格式

write_alignments(stream, alignments)

將比對寫入輸出檔案，並傳回比對數量。

alignments - 傳回 Alignment 物件的列表或迭代器

class Bio.Align.nexus.AlignmentIterator(source)

Nexus 比對迭代器。