Bio.Align.mauve 模組

Bio.Align 支援來自 Mauve/ProgressiveMauve 的 "xmfa" 輸出。

您應該透過 Bio.Align 函數使用此模組。

class Bio.Align.mauve.AlignmentWriter(target, metadata=None, identifiers=None)

基底類別：AlignmentWriter

Mauve xmfa 比對寫入器。

fmt: str | None = 'Mauve'

__init__(target, metadata=None, identifiers=None)

建立一個 AlignmentWriter 物件。

參數

• target - 輸出串流或檔案名稱

• metadata - 要包含在輸出中的 metadata。如果 metadata

  是 None，則要寫入的 alignments 物件必須具有 metadata 屬性。

• identifiers - 包含在

  比對中的序列 ID 清單。序列將根據其在此清單中的索引編號。如果 identifiers 是 None，則要寫入的 alignments 物件必須具有 identifiers 屬性。

write_header(stream, alignments)

將檔案標頭寫入輸出檔案。

write_file(stream, alignments)

寫入包含比對的檔案，並傳回比對的數量。

alignments - Bio.Align.mauve.AlignmentIterator 物件。

format_alignment(alignment)

傳回 Mauve 格式的單一比對字串。

__abstractmethods__ = frozenset({})

class Bio.Align.mauve.AlignmentIterator(source)

基底類別：AlignmentIterator

Mauve xmfa 比對迭代器。

fmt: str | None = 'Mauve'

__abstractmethods__ = frozenset({})