文件

初次使用 Biopython 嗎？請查看入門頁面，或點擊下方的連結。

• Biopython 教學和範例集包含 Biopython 的大部分文件。它除了提供一些模組的特定文件外，還提供讓您開始使用 Biopython 的資訊。

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• Biopython 模組的 API 文件直接從原始碼註解使用 Sphinx autodoc 生成

  Biopython API (最新發行版) 和 Biopython API (開發中)。

• Wiki 文件
  • Seq 和 SeqRecord 物件
  • Bio.SeqIO - 序列輸入/輸出
  • Bio.AlignIO - 比對輸入/輸出
  • Bio.PopGen - 群體遺傳學
  • Bio.PDB - 結構生物資訊學
  • Biopython 的 BioSQL 介面

• Biopython 到 BioSQL 介面的文件涵蓋安裝 Python 資料庫適配器和 BioSQL 的基本用法。

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• 範例集式文件
  • 範例集文件（在 wiki 上）。

  • Biopython 結構生物資訊學常見問題（即如何使用 Bio.PDB 模組）。

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  • 使用限制酶。

    HTML

開發人員文件

• 活躍專案列表，以參與其中。
• 如何將程式碼貢獻給 Biopython。
• 棄用策略
• 關於建立 Biopython 發行版的說明。
• 關於 biopython.org 網站的詳細資訊。

線上課程筆記

• Andrew Dalke 在南非國家生物資訊網路教授了一門 Python 生物資訊學入門程式設計課程。

  HTML

• Kristian Rother 撰寫了一本 GitBook，透過兩個案例研究學習 Biopython

  GitBook

• Peter Cock 撰寫了Biopython 工作坊，該工作坊曾在鄧迪大學使用。

• Tiago Antao 將大部分教學內容轉換並改編成筆記本格式。

• Chris Rands 撰寫了一份獨立的Biopython 筆記本教學，說明如何描述像冠狀病毒基因組這樣的小序列。

論文

我們有一個單獨的引用或使用 Biopython 的出版物列表。如果您在科學出版物中使用 Biopython，請引用應用說明（Cock et al., 2009）和/或所列的其他論文

1. Cock PA, Antao T, Chang JT, Chapman BA, Cox CJ, Dalke A, Friedberg I, Hamelryck T, Kauff F, Wilczynski B and de Hoon MJL (2009) Biopython: freely available Python tools for computational molecular biology and bioinformatics. Bioinformatics, 25, 1422-1423

   此應用說明涵蓋了整個 Biopython

2. Chapman BA and Chang JT (2000). Biopython: Python tools for computational biology. ACM SIGBIO Newsletter, 20, 15-19

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   這作為官方專案公告

3. Hamelryck T and Manderick B (2003) PDB file parser and structure class implemented in Python. Bioinformatics, 22, 2308-2310

   此處說明了 Bio.PDB 模組

4. De Hoon MJ, Imoto S, Nolan J and Miyano S (2004) Open source clustering software. Bioinformatics, 20, 1454-1453

   此處說明了 Bio.Cluster 模組

5. Pritchard L, White JA, Birch PR and Toth IK (2006) GenomeDiagram: a Python package for the visualization of large-scale genomic data. Bioinformatics, 22, 616-617

   這說明了 GenomeDiagram，它現在已整合到 Biopython 中

6. Cock PJ, Fields CJ, Goto N, Heuer ML and Rice PM (2009) The Sanger FASTQ file format for sequences with quality scores, and the Solexa/Illumina FASTQ variants. Nucleic Acids Res., 38, 1767-1771

   這描述了 Biopython、BioPerl、BioRuby、BioJava 和 EMBOSS 中支援的 FASTQ 檔案格式

7. Talevich E, Invergo BM, Cock PJ and Chapman BA (2012) Bio.Phylo: a unified toolkit for processing, analyzing and visualizing phylogenetic trees in Biopython. BMC Bioinformatics, 13, 209

   這描述了 Bio.Phylo 和 Bio.Phylo.PAML 模組

簡報

• BOSC 2013 簡報「Biopython 專案更新」

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• BOSC 2012 簡報「Biopython 專案更新」

  Flash 版本

• BOSC 2011 簡報「Biopython 專案更新」

  Flash 版本

• BOSC 2010 簡報「Biopython 專案更新」

  Flash 版本

• 2010 年 7 月 - EuroSciPy2010，巴黎

  PDF

• 2010 年 2 月在喬治亞大學舉辦的 Biopython 工作坊

  部落格貼文

• BOSC 2009 簡報「Biopython 專案更新」

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• 2009 年 6 月蘇格蘭生物資訊論壇 NextGenBug 會議 - 第二代序列資料和 Biopython

  PDF

• 在基爾梅斯國立大學「2009 年蛋白質計算生物學工作坊」上的筆記型電腦課程

  HTML（需要 Crunchy 來線上嘗試程式碼）

• BOSC 2008 簡報「Biopython 專案更新」

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• BOSC 2007 簡報「Biopython 專案更新」

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• 2004 年 3 月在 Exelixis 關於 Biopython 的簡報。包括使用 Biopython 函式庫和 Martel 的程式碼範例。

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• 關於 Biopython 及其用於實驗室分析管道的 BOSC 2003 簡報。

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• 關於使用 Biopython 編寫腳本的通用演講，以引物設計程式為例（舊）。

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• 關於 Python 和 Biopython 的演講，重點是 Biopython 的教學設計目標（舊）。

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標誌

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