用於計算分子生物學的 Python 工具

Biopython 版本 1.84
© 2024。保留所有權利。
在 GitHub 上編輯此頁面

使用 Biopython 的出版物。

有一個單獨較短的Biopython 論文列表，您可能希望引用。

這是按作者字母順序，依年份排列的引用、參考或使用 Biopython 的論文列表。在許多情況下，這些引用僅透過網站進行，現在隨著 Biopython 應用說明 (Cock et al., 2009) 的發布而不再鼓勵。遺憾的是，在某些情況下，手稿本身並未直接提及 Biopython，但已獲得作者明確證實。

2010 年及之後的出版物

我們不打算手動編譯列表，因為大多數出版物都應明確引用我們的應用說明 Cock et al., 2009（和/或其中一篇特定模組論文）。

2009 年的出版物

  1. Armano G 和 Manconi A (2009) ProDaMa：一個用於產生蛋白質結構數據集的開源 Python 庫。BMC Res Notes, 2, 202

    使用 Bio.PDB

  2. Banach M, Stapor K 和 Roterman I (2009) Chaperonin 結構：大的多亞基蛋白質複合體。Int J Mol Sci, 10, 844-861

    使用 Bio.PDB 和 Bio.KDTree

  3. Berkholz DS, Krenesky PB, Davidson JR 和 Karplus PA (2009) 蛋白質幾何數據庫：一個靈活的引擎，用於探索骨幹構象及其與共價幾何的關係。Nucleic Acids Res, 38, D320-D325

    使用 Bio.PDB

  4. Chi SW, Zang JB, Mele A 和 Darnell RB (2009) Argonaute HITS-CLIP 解碼 microRNA-mRNA 相互作用圖。Nature, 460, 479-86

    一般生物資訊分析，包括電腦模擬隨機 CLIP（交聯免疫沉澱）

  5. Bouvier G, Evrard-Todeschi N, Girault JP 和 Bertho G (2009) 使用自組織圖在虛擬篩選過程中自動聚類對接姿態。Bioinformatics, 26, 53-60

    使用 Bio.PDB

  6. Cock PJ, Antao T, Chang JT, Chapman BA, Cox CJ, Dalke A, Friedberg I, Hamelryck T, Kauff F, Wilczynski B 和 de Hoon MJ (2009) Biopython：免費提供的 Python 工具，用於計算分子生物學和生物資訊學。Bioinformatics, 25, 1422-3

    此應用說明涵蓋整個 Biopython

  7. Cock PJ, Fields CJ, Goto N, Heuer ML 和 Rice PM (2009) 具有品質分數的序列的 Sanger FASTQ 文件格式，以及 Solexa/Illumina FASTQ 變體。Nucleic Acids Res., 38, 1767-71

    這描述了 Biopython、BioPerl、BioRuby、BioJava 和 EMBOSS 中支援的 FASTQ 文件格式

  8. Cox CJ, Foster PG, Hirt RP, Harris SR 和 Embley TM (2008) 真核生物的古細菌起源。Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 105, 20356-61

    使用 Bio.Blast、Bio.Fasta 和 Bio.Nexus

  9. Daily MD 和 Gray JJ (2009) 變構通信透過蛋白質中三級和四級運動網絡發生。PLoS Comput. Biol., 5, e1000293

    使用 Bio.SVDSuperimposer（可能還有 Bio.PDB）

  10. Donaire L, Wang Y, Gonzalez-Ibeas D, Mayer KF, Aranda MA 和 Llave C (2009) 植物病毒小 RNA 的深度定序揭示了對病毒基因組的有效且廣泛的靶向作用。Virology, 392, 203-14

    使用 Biopython 從 454 定序讀取中移除接合子

  11. Dudley JT 和 Butte AJ (2009) 開發有效的生物資訊學程式設計技能的快速指南。PLoS Comput. Biol., 5, e1000589

    一篇生物資訊學評論，引用了 Biopython 和其他專案

  12. Garbino A, van Oort RJ, Dixit SS, Landstrom AP, Ackerman MJ 和 Wehrens XH (2009) 交聯蛋白基因家族的分子進化。Physiol. Genomics, 37, 175-86

  13. Gould CM, Diella F, Via A, Puntervoll P, Gemünd C, Chabanis-Davidson S, Michael S, Sayadi A, Bryne JC, Chica C, Seiler M, Davey NE, Haslam N, Weatheritt RJ, Budd A, Hughes T, Pas J, Rychlewski L, Travé G, Aasland R, Helmer-Citterich M, Linding R 和 Gibson TJ (2009) ELM：2010 年真核線性基序資源的狀態。Nucleic Acids Res., 38, D167-80

    使用 Biopython 從 SWISS-PROT 和 PubMed 檢索資訊

  14. Han MV 和 Zmasek CM (2009) phyloXML：用於進化生物學和比較基因組學的 XML。BMC Bioinformatics, 10, 356

  15. Holden N, Pritchard L 和 Toth I (2009) 結腸外的定植：植物作為人類病原性腸道細菌的替代環境儲存庫。FEMS Microbiol. Rev., 33, 689-703

    使用 Bio.SeqIO、BioSQL 和 GenomeDiagram

  16. Ihekwaba AE, Nguyen PT 和 Priami C (2009) 闡明訊號通路相互作用的功能後果。BMC Bioinformatics, 10, 370

    資料探勘

  17. Jankun-Kelly TJ, Lindeman AD 和 Bridges SM (2009) 多序列比對上保守域的探索性視覺分析。BMC Bioinformatics, 10 Suppl 11, S7

    使用 Biopython 處理序列比對

  18. Jones JT, Kumar A, Pylypenko LA, Thirugnanasambandam A, Castelli L, Chapman S, Cock PJ, Grenier E, Lilley CJ, Phillips MS 和 Blok VC (2009) 從馬鈴薯胞囊線蟲 Globodera pallida 的各個生命週期階段的表達序列標籤中鑑定和功能鑑定效應子。Mol. Plant Pathol., 10, 815-28

    使用 Biopython 進行序列操作

  19. Korhonen J, Martinmäki P, Pizzi C, Rastas P 和 Ukkonen E (2009) MOODS：在 DNA 序列中快速搜尋位置權重矩陣匹配。Bioinformatics, 25, 3181-2

    包括一個 Python 包裝器，其中包含使用 Biopthon 的範例

  20. Lundborg M, Modhukur V 和 Widmalm G (2009) 大腸桿菌 O-抗原的醣基轉移酶功能。Glycobiology, 20, 366-8

  21. Macdonald N, Parks D 和 Beiko R (2009) SeqMonitor：流感分析管道和視覺化。PLoS Curr, 1, RRN1040

  22. Miles LG, Isberg SR, Glenn TC, Lance SL, Dalzell P, Thomson PC 和 Moran C (2009) 鹹水鱷魚 (Crocodylus porosus) 的基因連鎖圖。BMC Genomics, 10, 339

    使用 Biopython 處理微衛星基因座的基因型

  23. Muller B, Richards AJ, Jin B 和 Lu X (2009) GOGrapher：用於 GO 圖形表示和分析的 Python 庫。BMC Res Notes, 2, 122

  24. Narayanan A, Sellers BD 和 Jacobson MP (2009) 基於能量的輕鏈和重鏈抗體可變域之間方向的分析和預測。J. Mol. Biol., 388, 941-53

    使用 Bio.SVDSuperimposer（可能還有 Bio.PDB）

  25. Parisien M, Cruz JA, Westhof E 和 Major F (2009) 用於比較和評估 RNA 3D 結構和模型之間差異的新指標。RNA, 15, 1875-85

    使用 Bio.PDB

  26. Schanda P. (2009) 快速脈衝縱向鬆弛最佳化技術：豐富快速生物分子核磁共振光譜的工具箱。Progress in Nuclear Magnetic Resonance Spectroscopy, 55, 238-264

    使用 Bio.PDB

  27. Smith SA, Beaulieu JM 和 Donoghue MJ (2009) 用於比較生物學的大型系統發育方法：替代超級樹和超級矩陣方法。BMC Evol. Biol., 9, 37

    使用 Biopython 透過 BioSQL 實作管道

  28. Stivala A, Wirth A 和 Stuckey PJ (2009) 使用二次規劃的基於表面的蛋白質子結構搜尋。BMC Bioinformatics, 10, 153

    PDB、SCOP 和 ASTRAL 資料

  29. Sun C, Wang X, Lin L. (2009) 用於基因名稱標準化的多級歧義消除框架。Acta Automatica Sinica, 35, 193-197

    使用 Biopython 存取 MEDLINE

  30. Szabó TG, Palotai R, Antal P, Tokatly I, Tóthfalusi L, Lund O, Nagy G, Falus A 和 Buzás EI (2009) 醣基化在決定 T 細胞表位長度和結構中的關鍵作用。Immunome Res, 5, 4

    使用 Biopython 進行序列操作和分析

  31. Tanaka LY, Herskovic JR, Iyengar MS 和 Bernstam EV (2009) 用於搜尋生物醫學文獻的循序結果精煉。J Biomed Inform, 42, 678-84

    使用 Biopython 存取 MEDLINE

  32. Thomson RC (2009) PhyLIS：一個用於系統發育學和系統生物資訊學的簡單 GNU/Linux 發行版。Evol. Bioinform. Online, 5, 91-5

    一個包含 Biopython 的 Linux 發行版

  33. Torrance GM, Leader DP, Gilbert DR 和 Milner-White EJ (2008) 由陽離子基團橋接的蛋白質中新的主鏈基序：生態位。J. Mol. Biol., 385, 1076-86

    使用 Biopython 進行 k-means 演算法

  34. Van der Auwera GA, Król JE, Suzuki H, Foster B, Van Houdt R, Brown CJ, Mergeay M 和 Top EM (2009) 在 C. metallidurans CH34 中捕獲的質體：定義廣宿主範圍質體的 PromA 家族。Antonie Van Leeuwenhoek, 96, 193-204

    使用 Biopython 和 GenomeDiagram 進行質體圖和比對圖

  35. Weil P, Hoffgaard F 和 Hamacher K (2009) 透過相互資訊估計共演化分析中的充分統計量。Comput Biol Chem, 33, 440-4

    使用 Biopython 進行序列操作

  36. Wiwanitkit V (2009) 雄激素受體中的弱連結：突變易發點的鑑定。Fertil. Steril., 91, e1-3

    使用 Biopython 處理 ExPASy

2008 年的出版物

  1. Wiwanitkit V (2008) 家族性偏癱性偏頭痛中的 FHM3 比 FHM1 和 FHM2 更具突變抵抗力。J. Neurol. Sci., 277, 76-9

    使用 Biopython 處理 ExPASy

  2. Antao T, Lopes A, Lopes RJ, Beja-Pereira A 和 Luikart G (2008) LOSITAN：一個基於 Fst 離群值方法偵測分子適應的工作平台。 BMC Bioinformatics, 9, 323

    使用 Bio.PopGen

  3. Cardona G, Rosselló F 和 Valiente G (2008) 擴展的 Newick：是時候建立系統發生網絡的標準表示法了。 BMC Bioinformatics, 9, 532

  4. Diella F, Gould CM, Chica C, Via A 和 Gibson TJ (2007) Phospho.ELM：磷酸化位點資料庫 - 2008 年更新。 Nucleic Acids Res., 36, D240-4

    與 UniProt 和 PubMed 一起使用

  5. Faircloth BC (2008) MSATCOMMANDER：微衛星重複序列陣列偵測和自動化的基因座特異性引子設計。 Molecular Ecology Resources, 8, 92-94

    使用 Bio.SeqIO

  6. Feldhahn M, Thiel P, Schuler MM, Hillen N, Stevanovic S, Rammensee HG 和 Kohlbacher O (2008) EpiToolKit：一個用於計算免疫學的網路伺服器。 Nucleic Acids Res., 36, W519-22

    使用 Biopython 執行多個未指定的任務

  7. Fourment M 和 Gillings MR (2008) 生物資訊學中常用程式語言的比較。 BMC Bioinformatics, 9, 82

  8. Frelinger J, Kepler TB 和 Chan C (2008) Flow：用於流式細胞術的統計、視覺化和資訊學。 Source Code Biol Med, 3, 10

    使用 PyCluster / Bio.Cluster

  9. Geraci F, Pellegrini M 和 Renda ME (2008) AMIC@：同時處理所有微陣列分群。 Nucleic Acids Res., 36, W315-9

    使用 PyCluster / Bio.Cluster 和 Biopython 的其他未指定部分

  10. Gront D 和 Kolinski A (2008) 結構生物資訊學的實用程式庫。 Bioinformatics, 24, 584-5

  11. Higa RH 和 Tozzi CL (2008) 一種簡單且有效的方法來預測蛋白質-蛋白質相互作用位點。 Genet. Mol. Res., 7, 898-909

    使用 Bio.PDB

  12. Kim N 和 Lee C (2008) 替代剪接的生物資訊學偵測。 Methods Mol. Biol., 452, 179-97

  13. Langkilde A, Kristensen SM, Lo Leggio L, Mølgaard A, Jensen JH, Houk AR, Navarro Poulsen JC, Kauppinen S 和 Larsen S (2008) 蛋白質中的短而強的氫鍵：鼠李糖醛酸乙醯酯酶的案例研究。 Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr., D64, 851-63

    使用 Bio.PDB

  14. Koczyk G 和 Berezovsky IN (2008) Domain Hierarchy and closed Loops (DHcL)：一個探索蛋白質結構域層級的伺服器。 Nucleic Acids Res., 36, W239-45

    使用 Bio.PDB

  15. Munteanu CR, González-Díaz H 和 Magalhães AL (2008) 基於組成、序列、3D 和拓撲索引的酶/非酶分類模型複雜性。 J. Theor. Biol., 254, 476-82

    使用 Bio.PDB

  16. Park D, Kim BC, Cho SW, Park SJ, Choi JS, Kim SI, Bhak J 和 Lee S (2008) MassNet：用於蛋白質質譜資料的功能註解服務。 Nucleic Acids Res., 36, W491-5

    使用 Biopython 計算疏水性圖譜

  17. Ponty Y, Istrate R, Porcelli E 和 Clote P (2008) LocalMove：計算生物聚合物的晶格擬合。 Nucleic Acids Res., 36, W216-22

    使用 Biopython 處理晶格結構，包括疊合

  18. Raman K, Yeturu K 和 Chandra N (2008) targetTB：透過相互作用組、反應組和基因體規模結構分析，鑑定結核分枝桿菌的目標的管道。 BMC Syst Biol, 2, 109

    使用 Bio.Blast

  19. Singh S (2008) 印度採取開放原始碼方法進行藥物發現。 Cell, 133, 201-3

  20. Song J, Tan H, Takemoto K 和 Akutsu T (2008) HSEpred：從蛋白質序列預測半球暴露。 Bioinformatics, 24, 1489-97

    使用 Bio.PDB

  21. Southey BR, Sweedler JV 和 Rodriguez-Zas SL (2008) 一個用於識別前激素前體並預測前激素裂解位點的 Python 分析管道。 Front Neuroinform, 2, 7

  22. Walters J, Binkley E, Haygood R 和 Romano LA (2008) 強壯海膽中骨針基質基因 SM50 順式調控區的演化分析。 Dev. Biol., 315, 567-78

    使用 Biopython 進行序列操作

  23. Whitworth DE 和 Cock PJ (2008) 黏液細菌的雙成分系統：結構、多樣性和演化關係。 Microbiology (Reading, Engl.), 154, 360-72

    使用 Bio.SeqIO、Bio.AlignIO 和 Bio.Blast

  24. Wiwanitkit V (2008) 陰道滴蟲鐵氧化還蛋白中易發生突變的弱點鑑定。 Indian J Med Microbiol, 26, 158-9

    使用 Biopython 處理 ExPASy

  25. Wiwanitkit V (2007) 凝血酶受體中易發生突變的點。 J. Thromb. Thrombolysis, 25, 190-2

    使用 Biopython 處理 ExPASy

2007 年的出版物

  1. Antao T, Beja-Pereira A 和 Luikart G (2007) MODELER4SIMCOAL2：一個使用者友善、可擴展的族群統計和用於聯合模擬的連接基因座建模器。 Bioinformatics, 23, 1848-50

  2. Avrova AO, Whisson SC, Pritchard L, Venter E, De Luca S, Hein I 和 Birch PR (2007) 一個新的非蛋白質編碼感染特異性基因家族在致病疫黴的基因組中群集。 Microbiology (Reading, Engl.), 153, 747-59

  3. Bassi S (2007) 為生命科學研究人員提供的 Python 入門。 PLoS Comput. Biol., 3, e199

  4. Bernauer J, Azé J, Janin J 和 Poupon A (2007) 一個基於界面殘基特性的新蛋白質-蛋白質對接評分函數。 Bioinformatics, 23, 555-62

  5. Domingues FS, Rahnenführer J 和 Lengauer T (2007) 替代蛋白質結構的構象分析。 Bioinformatics, 23, 3131-8

  6. Chapman MA, Chang J, Weisman D, Kesseli RV 和 Burke JM (2007) 菊科（Compositae）中用於比較作圖和系統發生分析的通用標記。 Theor. Appl. Genet., 115, 747-55

  7. Cock PJ 和 Whitworth DE (2007) 基因重疊的演化：原核生物雙成分系統基因中的相對讀碼框偏倚。 J. Mol. Evol., 64, 457-62

  8. Cock PJ 和 Whitworth DE (2007) 原核生物雙成分系統訊號傳遞途徑的演化：基因融合和裂變。 Mol. Biol. Evol., 24, 2355-7

  9. Craddock T, Harwood CR, Hallinan J 和 Wipat A (2008) 電子科學：緩解大規模基因組分析中的瓶頸。 Nat. Rev. Microbiol., 6, 948-54

  10. Ferrè F, Ponty Y, Lorenz WA 和 Clote P (2007) DIAL：一個用於使用核苷酸、二面角和鹼基配對相似性，對兩個 RNA 三維結構進行成對比對的網路伺服器。 Nucleic Acids Res., 35, W659-68

  11. Gentle IE, Perry AJ, Alcock FH, Likić VA, Dolezal P, Ng ET, Purcell AW, McConnville M, Naderer T, Chanez AL, Charrière F, Aschinger C, Schneider A, Tokatlidis K 和 Lithgow T (2007) 保守的基序揭示了粒線體膜間空間中小 TIM 伴侶蛋白的祖先和結構的細節。 Mol. Biol. Evol., 24, 1149-60

  12. Grünberg R, Nilges M 和 Leckner J (2007) Biskit – 一個用於結構生物資訊學的軟體平台。 Bioinformatics, 23, 769-70

  13. Hackney JA, Ehrenkaufer GM 和 Singh U (2007) 使用貝氏推論鑑定溶組織內阿米巴中假定的轉錄調控網路。 Nucleic Acids Res., 35, 2141-52

    描述 Bio.MEME 模組

  14. Kauff F, Cox CJ 和 Lutzoni F (2007) WASABI：一個用於多基因系統發生的自動化序列處理系統。 Syst. Biol., 56, 523-31

  15. Ma BG, Chen LL 和 Zhang HY (2007) 什麼決定了蛋白質的摺疊類型？ 對內在結構特性及其對理解摺疊機制意義的探討。 J. Mol. Biol., 370, 439-48

  16. Picardi E, Regina TM, Brennicke A 和 Quagliariello C (2006) REDIdb：RNA 編輯資料庫。 Nucleic Acids Res., 35, D173-7

  17. Pietal MJ, Tuszynska I 和 Bujnicki JM (2007) PROTMAP2D：蛋白質結構 2D 圖的視覺化、比較和分析。 Bioinformatics, 23, 1429-30

  18. Rattei T, Ott S, Gutacker M, Rupp J, Maass M, Schreiber S, Solbach W, Wirth T 和 Gieffers J (2007) 由單核苷酸多態性的全基因組分析得出，披衣菌肺炎支原體之專性細胞內細菌的遺傳多樣性：高度群體結構的證據。 BMC Genomics, 8, 355

  19. Sander O, Sing T, Sommer I, Low AJ, Cheung PK, Harrigan PR, Lengauer T 和 Domingues FS (2007) 用於預測 HIV-1 共同受體使用的 gp120 V3 環的結構描述符。 PLoS Comput. Biol., 3, e58

  20. Tagami Y, Inaba N, Kutsuna N, Kurihara Y 和 Watanabe Y (2007) 受菸草鑲嵌病毒感染的擬南芥中 miRNA 的特異性富集。 DNA Res., 14, 227-33

  21. Watanabe H, Enomoto T 和 Tanaka S (2007) 以片段分子軌道法，從頭研究高等植物和蓋氏藻 Rubisco 中的分子相互作用。 Biochem. Biophys. Res. Commun., 361, 367-72

  22. Whisson SC, Boevink PC, Moleleki L, Avrova AO, Morales JG, Gilroy EM, Armstrong MR, Grouffaud S, van West P, Chapman S, Hein I, Toth IK, Pritchard L 和 Birch PR (2007) 一種將卵菌效應蛋白遞送到宿主植物細胞的轉位信號。自然 (Nature), 450, 115-8

  23. Won KJ, Hamelryck T, Prügel-Bennett A 和 Krogh A (2007) 一種用於學習隱馬可夫模型結構的演化方法：蛋白質二級結構的預測。BMC 生物資訊學 (BMC Bioinformatics), 8, 357

2006 年的出版物

  1. Benita Y, Wise MJ, Lok MC, Humphery-Smith I 和 Oosting RS (2006) 大腸桿菌中高通量蛋白質表達的分析。分子細胞蛋白質組學 (Mol. Cell Proteomics), 5, 1567-80

    這描述了 Bio.SeqUtils 模組的一些內容

  2. Bonis J, Furlong LI 和 Sanz F (2006) OSIRIS：一種用於檢索序列變異相關文獻的工具。生物資訊學 (Bioinformatics), 22, 2567-9

  3. Casbon JA, Crooks GE 和 Saqi MA (2006) 一個在 python 中實現的 SCOP 和 ASTRAL 的高階介面。BMC 生物資訊學 (BMC Bioinformatics), 7, 10

    描述了對 Bio.SCOP 模組的補充

  4. Croce O, Lamarre M 和 Christen R (2006) 使用特徵行中包含的複雜關鍵字查詢公共資料庫中的序列。BMC 生物資訊學 (BMC Bioinformatics), 7, 45

  5. Ferreira AO, Myers CR, Gordon JS, Martin GB, Vencato M, Collmer A, Wehling MD, Alfano JR, Moreno-Hagelsieb G, Lamboy WF, DeClerck G, Schneider DJ 和 Cartinhour SW (2006) 全基因組表達譜分析定義了番茄丁香假單胞菌 DC3000 的 HrpL 調控子，允許從頭重建 Hrp 順式元件，並鑑定出新的共同調控基因。分子植物微生物相互作用 (Mol. Plant Microbe Interact.), 19, 1167-79

  6. Friedberg I, Harder T 和 Godzik A (2006) JAFA：一個蛋白質功能註釋元伺服器。核酸研究 (Nucleic Acids Res.), 34, W379-81

  7. Gront D 和 Kolinski A (2006) BioShell - 一個用於結構生物學計算的工具包。生物資訊學 (Bioinformatics), 22, 621-2

  8. Hegedűs T 和 Riordan JR (2006) 使用優化的 RDBMS 解決方案 mBioSQL 搜尋與 CFTR R 結構域具有相似性的蛋白質。中歐生物學雜誌 (Central European Journal of Biology), 1, 29-42

  9. Lee KT, Park EW, Moon S, Park HS, Kim HY, Jang GW, Choi BH, Chung HY, Lee JW, Cheong IC, Oh SJ, Kim H, Suh DS 和 Kim TH (2005) 豬 6 號染色體上脂肪性狀潛在 QTL 區域的基因組序列分析。基因組學 (Genomics), 87, 218-24

  10. Mattingly CJ, Rosenstein MC, Davis AP, Colby GT, Forrest JN 和 Boyer JL (2006) 比較毒物基因體學資料庫：一個用於構建化學-基因相互作用網路的跨物種資源。毒理學科學 (Toxicol. Sci.), 92, 587-95

  11. Munos B (2006) 開源研發能否重振藥物研究？自然評論藥物發現 (Nat Rev Drug Discov), 5, 723-9

  12. Nilsen H, Hayes B, Berg PR, Roseth A, Sundsaasen KK, Nilsen K 和 Lien S (2008) 构建牛 6 号染色体的密集 SNP 图谱，以协助牛基因组序列的组装。動物遺傳學 (Anim. Genet.), 39, 97-104

  13. Pritchard L, White JA, Birch PR 和 Toth IK (2005) GenomeDiagram：一個用於大規模基因組資料視覺化的 python 套件。生物資訊學 (Bioinformatics), 22, 616-7

    這描述了 GenomeDiagram，現在是 Bio.Graphics 模組的一部分

  14. Stajich JE 和 Lapp H (2006) 生物資訊學的開源工具和工具包：重要性，以及我們現在在哪裡？簡明生物資訊學 (Brief. Bioinformatics), 7, 287-96

  15. Taylor J 和 Provart NJ (2006) CapsID：一種基於網路的工具，用於開發簡約的 CAPS 分子標記組，以進行基因分型。BMC 遺傳學 (BMC Genet.), 7, 27

    這描述了 Bio.CAPS 模組

  16. Ternes P, Sperling P, Albrecht S, Franke S, Cregg JM, Warnecke D 和 Heinz E (2005) 通過系統發育譜分析鑑定真菌鞘脂 C9-甲基轉移酶。生物化學雜誌 (J. Biol. Chem.), 281, 5582-92

  17. Toth IK, Pritchard L 和 Birch PR (2006) 比較基因組學揭示了什麼使一種腸桿菌植物病原體。植物病理學年評 (Annu Rev Phytopathol), 44, 305-36

  18. Windsor AJ, Schranz ME, Formanová N, Gebauer-Jung S, Bishop JG, Schnabelrauch D, Kroymann J 和 Mitchell-Olds T (2006) 對狹果香草 (Boechera stricta) 基因組的部分霰彈槍測序揭示了與擬南芥廣泛的微共線性 (microsynteny) 和啟動子保守性。植物生理學 (Plant Physiol.), 140, 1169-82

  19. Wuchty S (2006) 蛋白質結構域相互作用網路中的拓撲和權重 - 一種預測蛋白質相互作用的新方法。BMC 基因組學 (BMC Genomics), 7, 122

  20. Zapala MA 和 Schork NJ (2006) 用於測試基因表達模式和相關變數之間關聯的距離矩陣多元回歸分析。美國國家科學院院刊 (Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A.), 103, 19430-5

  21. Zotenko E, O’Leary DP 和 Przytycka TM (2006) 二級結構空間構象足跡：一種快速蛋白質結構比較和分類的新方法。BMC 結構生物學 (BMC Struct. Biol.), 6, 12

2005 年的出版物

  1. Boomsma W 和 Hamelryck T (2005) 完全循環座標下降：在 Cα 空間中解決蛋白質環閉合問題。BMC 生物資訊學 (BMC Bioinformatics), 6, 159

  2. Armstrong MR, Whisson SC, Pritchard L, Bos JI, Venter E, Avrova AO, Rehmany AP, Böhme U, Brooks K, Cherevach I, Hamlin N, White B, Fraser A, Lord A, Quail MA, Churcher C, Hall N, Berriman M, Huang S, Kamoun S, Beynon JL 和 Birch PR (2005) 一個祖先卵菌基因座包含晚疫病無毒基因 Avr3a，該基因編碼一種在宿主細胞質中被識別的蛋白質。美國國家科學院院刊 (Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A.), 102, 7766-71

  3. Curk T, Demsar J, Xu Q, Leban G, Petrovic U, Bratko I, Shaulsky G 和 Zupan B (2004) 使用視覺程式設計進行微陣列資料探勘。生物資訊學 (Bioinformatics), 21, 396-8

  4. Dimmic MW, Hubisz MJ, Bustamante CD 和 Nielsen R (2005) 使用貝葉斯突變作圖檢測共同演化的氨基酸位點。生物資訊學 (Bioinformatics), 21 Suppl 1, i126-35

  5. Feder M 和 Bujnicki JM (2005) 鑑定出一種具有不尋常的系統發育分佈和一種新型活性位點的推定 PD-(D/E)XK 核酸酶新家族。BMC 基因組學 (BMC Genomics), 6, 21

  6. Friedberg I 和 Godzik A (2005) Fragnostic：在蛋白質結構空間中遊走。核酸研究 (Nucleic Acids Res.), 33, W249-51

  7. Herskovic JR 和 Bernstam EV (2005) 使用不完整的引用資料進行 MEDLING 結果排名。AMIA 年會論文集 (AMIA Annu Symp. Proc), 316-320

  8. Hamelryck T (2005) 一個氨基酸有兩個側面：一種新的 2D 度量提供了溶劑暴露的不同視角。蛋白質 (Proteins), 59, 38-48

  9. Johannessen BR, Skov LK, Kastrup JS, Kristensen O, Bolwig C, Larsen JN, Spangfort M, Lund K 和 Gajhede M (2005) 家塵蟎過敏原 Der f 2 的結構：對功能和 IgE 交叉反應的分子基礎的影響。FEBS 通訊 (FEBS Lett.), 579, 1208-12

  10. Majumdar I, Krishna SS 和 Grishin NV (2005) PALSSE：一個從蛋白質結構中描繪線性二級結構元素的程式。BMC 生物資訊學 (BMC Bioinformatics), 6, 202

  11. Neerincx PB 和 Leunissen JA (2005) 生物資訊學中網路服務的演變。簡明生物資訊學 (Brief. Bioinformatics), 6, 178-88

  12. Trissl S, Rother K, Müller H, Steinke T, Koch I, Preissner R, Frömmel C 和 Leser U (2005) Columba：一個蛋白質、結構和註釋的整合資料庫。BMC 生物資訊學 (BMC Bioinformatics), 6, 81

  13. Olsen HG, Lien S, Gautier M, Nilsen H, Roseth A, Berg PR, Sundsaasen KK, Svendsen M 和 Meuwissen TH (2005) 將乳產量數量性狀基因座定位到牛 6 號染色體上的一個 420-kb 區域。遺傳學 (Genetics), 169, 275-83

  14. Whisson SC, Avrova AO, Lavrova O 和 Pritchard L (2005) 卵菌植物病原體致病疫黴基因組中的短散佈元件家族。真菌遺傳學與生物學 (Fungal Genet. Biol.), 42, 351-65

2004 年的出版物

  1. Bell KS, Sebaihia M, Pritchard L, Holden MT, Hyman LJ, Holeva MC, Thomson NR, Bentley SD, Churcher LJ, Mungall K, Atkin R, Bason N, Brooks K, Chillingworth T, Clark K, Doggett J, Fraser A, Hance Z, Hauser H, Jagels K, Moule S, Norbertczak H, Ormond D, Price C, Quail MA, Sanders M, Walker D, Whitehead S, Salmond GP, Birch PR, Parkhill J 和 Toth IK (2004) 腸桿菌植物病原體軟腐歐文氏菌亞種 atroseptica 的基因組序列和毒力因子的表徵。美國國家科學院院刊 (Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A.), 101, 11105-10

  2. Chapman BA, Bowers JE, Schulze SR 和 Paterson AH (2004) 一種用於測定全基因組複製事件年代的比較系統發育方法。生物資訊學 (Bioinformatics), 20, 180-5

  3. Flanagan K, Stevens R, Pocock M, Lee P 和 Wipat A (2004) 基因組比較和基因組重排的本體論。比較功能基因體學 (Comp. Funct. Genomics), 5, 537-44

  4. de Hoon MJ, Imoto S, Nolan J 和 Miyano S (2004) 開源聚類軟體。生物資訊學 (Bioinformatics), 20, 1453-4

    這描述了 Bio.Cluster 模組

  5. Gentleman RC, Carey VJ, Bates DM, Bolstad B, Dettling M, Dudoit S, Ellis B, Gautier L, Ge Y, Gentry J, Hornik K, Hothorn T, Huber W, Iacus S, Irizarry R, Leisch F, Li C, Maechler M, Rossini AJ, Sawitzki G, Smith C, Smyth G, Tierney L, Yang JY 和 Zhang J (2004) Bioconductor：一個用於計算生物學和生物資訊學的開源軟體開發專案。基因組生物學 (Genome Biol.), 5, R80

  6. King GJ (2004) 生物資訊學：為植物和作物科學收集資訊。細胞發育生物學研討會 (Semin. Cell Dev. Biol.), 15, 721-31

  7. Swart EC, Hide WA 和 Seoighe C (2004) FRAGS：從片段資料估計編碼序列替換率。BMC 生物資訊學 (BMC Bioinformatics), 5, 8

2003 年的出版物

  1. Bowers JE, Chapman BA, Rong J 和 Paterson AH (2003) 通過染色體複製事件的系統發育分析揭示被子植物的基因組演化。自然 (Nature), 422, 433-8

  2. Ernst P, Glatting KH 和 Suhai S (2003) W2H 網頁介面的任務框架。生物資訊學 (Bioinformatics)，19，278-82

  3. Goto, N, Nakao, NC, Kawashima, S, Katayama, T, Kanehisa, T. (2003) BioRuby：開源生物資訊學函式庫。基因組資訊學 (Genome Informatics)，14，629-630

    本文描述了 BioRuby

  4. Hamelryck T 和 Manderick B (2003) 以 Python 實作的 PDB 檔案剖析器和結構類別。生物資訊學 (Bioinformatics)，19，2308-10

    這描述了 Bio.PDB 模組

  5. De Hoon, MJL, Chapman, BA, Friedberg, I (2003) 使用 Biopython 進行生物資訊學和計算生物學。基因組資訊學 (Genome Informatics)，14，298-299

  6. Horner DS 和 Pesole G (2003) 估計對齊同源蛋白質序列中相對位點變異性。生物資訊學 (Bioinformatics)，19，600-6

  7. Kummerfeld SK, Weiss AS, Fekete A 和 Jermiin LS (2003) AMID：基因內重複的自主建模器。應用生物資訊學 (Appl. Bioinformatics)，2，169-76

  8. Linding R, Russell RB, Neduva V 和 Gibson TJ (2003) GlobPlot：探索蛋白質序列的球狀性和無序性。核酸研究 (Nucleic Acids Res.)，31，3701-8

  9. Sugawara H 和 Miyazaki S (2003) 公開序列資料庫提供的生物 SOAP 伺服器和網路服務。核酸研究 (Nucleic Acids Res.)，31，3836-9

  10. Wroe CJ, Stevens R, Goble CA 和 Ashburner M (2003) 使用 DAML+OIL 將基因本體遷移到描述邏輯環境的方法。太平洋生物計算研討會 (Pac Symp Biocomput)，624-635

2002 年的出版物

  1. Chang JT, Schütze H 和 Altman RB (2002) 從 MEDLINE 建立線上縮寫字典。美國醫學資訊協會雜誌 (J Am Med Inform Assoc)，9，612-20

  2. Lenhard B 和 Wasserman WW (2002) TFBS：轉錄因子結合位點分析的計算框架。生物資訊學 (Bioinformatics)，18，1135-6

  3. Mangalam H (2002) Bio* 工具包 - 簡要概述。生物資訊學簡訊 (Brief. Bioinformatics)，3，296-302

  4. Raychaudhuri S, Chang JT, Sutphin PD 和 Altman RB (2002) 使用生物醫學文獻的最大熵分析將基因與基因本體碼關聯。基因組研究 (Genome Res.)，12，203-14

  5. Raychaudhuri S, Schütze H 和 Altman RB (2002) 使用文本分析來識別功能一致的基因組。基因組研究 (Genome Res.)，12，1582-90

  6. Stajich JE, Block D, Boulez K, Brenner SE, Chervitz SA, Dagdigian C, Fuellen G, Gilbert JG, Korf I, Lapp H, Lehväslaiho H, Matsalla C, Mungall CJ, Osborne BI, Pocock MR, Schattner P, Senger M, Stein LD, Stupka E, Wilkinson MD 和 Birney E (2002) Bioperl 工具包：用於生命科學的 Perl 模組。基因組研究 (Genome Res.)，12，1611-8

    本文描述了 BioPerl

  7. Stein L (2002) 創建一個生物資訊學國家。自然 (Nature)，417，119-20

2001 年的出版物

  1. Achard F, Vaysseix G 和 Barillot E (2001) XML、生物資訊學和資料整合。生物資訊學 (Bioinformatics)，17，115-25

  2. Chang JT, Raychaudhuri S 和 Altman RB (2001) 加入生物學文獻可改善同源性搜尋。太平洋生物計算研討會 (Pac Symp Biocomput)，374-83

  3. Gemünd C, Ramu C, Altenberg-Greulich B 和 Gibson TJ (2001) Gene2EST：一個 BLAST2 伺服器，用於使用真核基因大小的查詢搜尋表達序列標籤 (EST) 資料庫。核酸研究 (Nucleic Acids Res.)，29，1272-7

  4. Kawagashira N, Ohtomo Y, Murakami K, Matsubara K, Kawai J, Carninci P, Hayashizaki Y, Kikuchi S 和 Higo K (2001) 多個鋅指基序，比較植物和昆蟲。基因組資訊學 (Genome Informatics)，12，368-369

  5. Ramu C (2001) SIR：生物平面檔案資料庫的簡單索引和檢索系統。生物資訊學 (Bioinformatics)，17，756-8

  6. Woodwark KC (2001) 會議回顧：2001 年生物資訊學開源會議 (BOSC 2001)。比較和功能基因體學 (Comp. Funct. Genomics)，2，327-9

2000 年的出版物

  1. Chapman BA 和 Chang JT (2000)。Biopython：用於計算生物學的 Python 工具。ACM SIGBIO 新聞通訊 (ACM SIGBIO Newsletter)，20，15-19

    這作為官方項目公告

  2. Ramu C, Gemünd C 和 Gibson TJ (2000) 使用 Python 對生物資料庫進行物件導向剖析。生物資訊學 (Bioinformatics)，16，628-38

1999 年的出版物

  1. Sanner MF (1999) Python：用於軟體整合和開發的程式語言。分子圖形模型雜誌 (J. Mol. Graph. Model.)，17，57-61

請注意 Biopython 專案始於 1999 年。