OB— title: 開始使用 permalink: wiki/Getting_Started layout: wiki —

下載與安裝

對於 Windows，我們提供一鍵安裝程式。大多數 Linux 發行版將包含一個可選的 Biopython 套件（儘管這可能已過時）。否則，您通常會下載並解壓縮壓縮檔，然後從原始碼安裝。請參閱我們的下載頁面，以獲取詳細資訊，包括先決條件。

您可以在 Python 提示符號下檢查您的安裝是否成功

>>> import Bio

如果沒有錯誤，則表示您已完成。如果您收到類似 “ImportError: No module named Bio” 的錯誤訊息，則表示出了問題。請注意大小寫很重要。

教學

Biopython 教學和食譜（HTML，PDF）包含我們的大部分文件。請參閱文件以獲取更多連結。

快速範例

嘗試在 Python 中執行以下程式碼

from Bio.Seq import Seq

# create a sequence object
my_seq = Seq("CATGTAGACTAG")

# print out some details about it
print("seq %s is %i bases long" % (my_seq, len(my_seq)))
print("reverse complement is %s" % my_seq.reverse_complement())
print("protein translation is %s" % my_seq.translate())

您應該得到以下輸出

seq CATGTAGACTAG is 12 bases long
reverse complement is CTAGTCTACATG
protein translation is HVD*

這是一個 Biopython 的 Seq（序列）物件及其一些方法的快速示範。

讀取和寫入序列檔案

使用 SeqIO 模組來讀取或寫入序列作為 SeqRecord 物件。對於多序列比對檔案，您可以選擇使用 AlignIO 模組。

初學者

• 學習如何使用 Python 程式設計
  • Python 入門
  • 深入 Python
  • Python 快速參考
• 瀏覽 Biopython 教學
• 閱讀此論文Bassi2007 pmid=18052533
• 如果您想更了解模組之間的關係，請查看類別圖。

延伸閱讀

• 使用 Wiki 搜尋工具來尋找有關特定主題的更多資訊。