用於計算分子生物學的 Python 工具
用於計算分子生物學的 Python 工具
| 名稱 | LIBSVM |
| 作者 | 張智中和林智仁 |
| 網址 | http://www.csie.ntu.edu.tw/~cjlin/libsvm/ |
| 描述 | LIBSVM 是一個用於支持向量分類、回歸和分佈估計的整合軟體。它包含一個 Python 介面和關於 SVM 的優良文件。 |
| 名稱 | PyML |
| 作者 | Asa Ben-Hur |
| 網址 | http://pyml.sourceforge.net/ |
| 描述 | PyML 是一個靈活的 Python 框架，用於使用各種分類方法，包括支持向量機 (SVM)。它提供了模型選擇和特徵選擇的工具。 |
| 名稱 | PyMOL |
| 作者 | Warren DeLano |
| 網址 | http://www.pymol.org/ |
| 描述 | PyMOL 是一個以 Python 語言編寫的開源分子建模程式。有許多可用的 Python 腳本將 PyMOL 連接到標準結構分析程式。 |
| 名稱 | GenomeDiagram（自 1.50 版以來包含在 Biopython 中） |
| 作者 | Leighton Pritchard |
| 網址 | https://ics.hutton.ac.uk/software/tools/ |
| 描述 | 一個基因組和生物序列示意圖繪製套件。以多種向量和點陣圖格式建立出版品質的基因組示意圖。 |
| 名稱 | Python Macromolecular Library (mmLib) |
| 作者 | Jay Painter |
| 網址 | http://pymmlib.sourceforge.net/ |
| 描述 | Python Macromolecular Library (mmLib) 是一個軟體工具包和例程庫，用於分析和操作高分子結構模型，以 Python 程式語言實作。它通過分層的、面向物件的應用程式介面進行存取，並提供一系列有用的軟體元件，用於解析 mmCIF、PDB 和 MTZ 檔案，一個原子元素和單體庫，一個描述生物高分子的面向物件的資料結構，以及一個 OpenGL 分子檢視器。 |
| 名稱 | pyzerg |
| 作者 | Leighton Pritchard |
| 網址 | https://pypi.python.org/pypi/PyZerg/0.1 |
| 描述 | Zerg BLAST 解析器的 Python 包裝器，Zerg BLAST 解析器是一個以 C 語言編寫的非常快速的 BLAST 解析器庫。 |
| 名稱 | Pycluster |
| 作者 | Michiel de Hoon |
| 網址 | https://pypi.python.org/pypi/Pycluster |
| 描述 | 這是一個用於聚類基因表達資料的 Python C 擴充模組。完全相同的包作為 Biopython 的一部分提供（請參閱 Bio.Cluster）。 |
| 名稱 | Dinu Gherman 的對齊程式碼 |
| 作者 | Dinu Gherman |
| 網址 | http://starship.python.net/crew/gherman/potpurri/align/ |
| 描述 | 用於成對序列比對的程式碼。 |
| 名稱 | Open Infrastructure for Outcomes (OIO) |
| 作者 | Andrew P. Ho |
| 網址 | http://www.TxOutcome.Org/ |
| 描述 | OIO 是一個免費（在 GPL 中）的基於網路的研究和臨床資料系統，它提供使用者可擴充的隨插即用元件和資料探勘工具。我們在 Harbor-UCLA 使用它來處理健康/治療結果資料。表單/元資料可以匯出+匯入為 XML，並通過 www.TxOutcome.Org 上的線上 OIO 庫進行交換。它以 Zope/Python 編寫，並使用 PostgreSQL 資料庫後端。據我所知，它還沒有用於管理基因序列/註釋資料，但將其擴充以實現這些功能是很簡單的。 |
| 名稱 | Arne Mueller 的 BLAST 解析器 |
| 作者 | Arne Mueller |
| 網址 | http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/~mueller/ |
| 描述 | 一個以 python 編寫並用於 python 的 BLAST 和 PSI-BLAST 解析器。 |
| 名稱 | PyPhy |
| 作者 | Thomas Sicheritz-Ponten |
| 網址 | http://www.cbs.dtu.dk/~thomas/pyphy/pyphy.html |
| 描述 | PyPhy 是一組 Python 腳本和模組，用於自動、大規模重建完整微生物基因組的系統發生關係。PyPhy 由 AutoTree 組成，它會自動為 FASTA 檔案中的每個胺基酸序列生成系統發生樹，以及 Xphylome，它會生成和視覺化微生物基因組的 Phylome Maps。 |
| 名稱 | Scripps 分子圖形實驗室 Python 軟體 |
| 作者 | Michel Sanner |
| 網址 | http://mgltools.scripps.edu/ |
| 描述 | 該網站包含處理結構生物資訊學和分子視覺化的程式碼。這包括 MolKit，它可以從許多檔案格式中讀取分子；PyBabel，它可以建立分子結構；MSLib，它可以封裝分子表面計算庫；Python Molecular Viewer (PMV)，它提供完整的檢視器；AutoDockTools，它提供 GUI 來設定配體與蛋白質的對接實驗；以及更多。 |
| 名稱 | Konrad Hinsen 的 Python 頁面 - MMTK 和 ScientificPython |
| 作者 | Konrad Hinsen |
| 網址 | http://dirac.cnrs-orleans.fr/MMTK/ |
| 描述 | 包含分子建模工具包 (MMTK)，這是一個用於分子模擬應用程式的開源程式庫。此外，Konrad 還有 ScientificPython，它收集了許多在科學計算中有用的模組，包括用於統計、基本幾何等的程式碼。 |
| 名稱 | Paul Magwene 的 Python 頁面 |
| 作者 | Paul Magwene |
| 網址 | https://github.com/pmagwene?tab=repositories |
| 描述 | 這收集了 Paul 用於執行不同任務的模組（也包含連結和一篇關於他為什麼喜歡 python 的好文章）。一個特別有趣的模組是 disipyl，它為 Dislin 繪圖庫提供了面向物件的介面。 |
| 名稱 | snpFC |
| 作者 | Ram Krishna Shrestha |
| 網址 | https://github.com/TeamMacLean/snpFC |
| 描述 | snpFC 是一個工具，可以用篩選參數輕鬆篩選 VCF 記錄，並比較兩個或多個 VCF 記錄以獲得獨特和共同的記錄。 |