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目前版本 - 1.84 - 2024 年 6 月 28 日

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Biopython 1.84

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安裝說明

所有支援的 Python 版本都包含 Python 套件管理工具 pip，允許從所有平台上的命令列輕鬆安裝。請嘗試

pip install biopython

若要更新較舊版本的 Biopython，請嘗試

pip install biopython --upgrade

這會在安裝最新版本之前移除舊版本的 Biopython 和 NumPy。

如果您想要解除安裝 Biopython

pip uninstall biopython

如果尚未安裝 pip，您可能需要更新您的 Python，但請先嘗試

python -m ensurepip

如果您需要在特定版本的 Python 下安裝，請嘗試類似這樣

python3.9 -m pip install biopython
pypy -m pip install biopython

在 Windows 上，預設情況下，python 和 pip 不在 PATH 中。您可以重新安裝 Python 並勾選此選項，或者改為提供完整路徑。請嘗試類似這樣，取決於您的 Python 安裝位置

C:\Python39\Scripts\pip install biopython

其他套件

雖然我們通常建議使用 pip 來安裝 Biopython，並使用我們在 PyPI 上提供的 wheel 套件（如上所述），但也有適用於 Conda、Linux 等的 Biopython 套件。

從原始碼安裝

從原始碼安裝需要適當的 C 編譯器，例如 Linux 上的 GCC 和 Windows 上的 MSVC。對於 macOS，如果您想要從原始碼編譯 Biopython，您需要安裝 Apple 的命令列工具，可以使用終端機命令來完成

xcode-select --install

這將提供安裝 Apple 的 XCode 開發套件的選項 - 您可以安裝，但不是必須的，並且會佔用大量磁碟空間。

然後您可以下載並解壓縮 Biopython 原始碼版本，或者從 GitHub 取得我們的程式碼。然後執行

python setup.py build
python setup.py test
python setup.py install

或

pip install .

如果您仍然遇到困難，請註冊 Biopython 郵件列表並在那裡請求協助。

所需軟體

• Python 3 或 PyPy (您想要安裝的 Biopython 版本所支援的版本)，包括 Python 開發標頭檔，如 python.h (如果從原始碼編譯)
• C 編譯器 (如果從原始碼編譯) 您需要 setuptools 支援的 C 編譯器，gcc 在類似 UNIX 的平台上可以正常運作。請嘗試 Windows 上的 MSVC。在 macOS 上，您應該按照上述說明安裝 Apple 的編譯器工具。
• NumPy (數值 Python).

選用軟體

Biopython 的某些部分使用以下額外的 Python 函式庫

• ReportLab – 用於 pdf 圖形程式碼
• psycopg – 用於使用 PostgreSQL 資料庫的 BioSQL
• mysql-connector – 用於使用 MySQL 資料庫的 BioSQL
• MySQLdb – BioSQL 使用的替代 MySQL 函式庫

此外，Biopython 還包含用於呼叫許多第三方命令列工具的封裝程式碼，包括

• Wise2 – 用於命令列工具 dnal
• NCBI 獨立 BLAST – 用於在本機電腦上執行 BLAST 的命令列工具
• Clustalw – 用於建構序列比對的命令列工具
• SIMCOAL2 和 FDist – 用於族群遺傳學的命令列工具
• EMBOSS – 許多實用的命令列工具。

舊版本

Biopython 的最新版本需要 NumPy (而不是 Numeric)。1.76 版是最後一個支援 Python 2.7 和 3.5 的版本，所有後續版本都需要 Python 3

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• biopython-1.62b.win32-py3.3.exe 1,814 Kb – 適用於 Python 3.3 和 NumPy 1.7 的 32 位元 Windows 安裝程式
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• biopython-1.61.win32-py2.5.exe 1,612 Kb – 適用於 Python 2.5 和 NumPy 1.1 的 32 位元 Windows 安裝程式
• biopython-1.61.win32-py2.6.exe 1,637 Kb – 適用於 Python 2.6 和 NumPy 1.3 的 32 位元 Windows 安裝程式
• biopython-1.61.win32-py2.7.exe 1,764 Kb – 適用於 Python 2.7 和 NumPy 1.5 的 32 位元 Windows 安裝程式
• biopython-1.61.win32-py3.2-beta.exe 1,757 Kb – 適用於 Python 3.2 和 NumPy 1.5 的 32 位元 Windows 安裝程式 (測試狀態，用於測試)
• biopython-1.61.win32-py3.3-beta.exe 1,750 Kb – 適用於 Python 3.3 和 NumPy 1.7 的 32 位元 Windows 安裝程式 (測試狀態，用於測試)
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• biopython-1.60.tar.gz 9,280 Kb – 原始碼 Tarball (2012 年 6 月 25 日)
• biopython-1.60.zip 10,051 Kb – 原始碼 Zip 檔案
• biopython-1.60.win32-py2.5.exe 1,469 Kb – 適用於 Python 2.5 和 NumPy 1.1 的 32 位元 Windows 安裝程式
• biopython-1.60.win32-py2.6.exe 1,492 Kb – 適用於 Python 2.6 和 NumPy 1.3 的 32 位元 Windows 安裝程式
• biopython-1.60.win32-py2.7.exe 1,1618 Kb – 適用於 Python 2.7 和 NumPy 1.5 的 32 位元 Windows 安裝程式
• biopython-1.60.win32-py3.2-beta.exe 1,611 Kb – 適用於 Python 3.2 和 NumPy 1.5 的 32 位元 Windows 安裝程式 (測試狀態，用於測試)
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• biopython-1.59.zip 9,127 Kb – 原始碼 Zip 檔案
• biopython-1.59.win32-py2.5.exe 1,440 Kb – 適用於 Python 2.5 和 NumPy 1.1 的 32 位元 Windows 安裝程式
• biopython-1.59.win32-py2.6.exe 1,463 Kb – 適用於 Python 2.6 和 NumPy 1.3 的 32 位元 Windows 安裝程式
• biopython-1.59.win32-py2.7.exe 1,590 Kb – 適用於 Python 2.7 和 NumPy 1.5 的 32 位元 Windows 安裝程式
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• biopython-1.58.win32-py2.6.exe 1,450 Kb – 適用於 Python 2.6 和 NumPy 1.3 的 32 位元 Windows 安裝程式
• biopython-1.58.win32-py2.7.exe 1,577 Kb – 適用於 Python 2.7 和 NumPy 1.5 的 32 位元 Windows 安裝程式
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• biopython-1.57.win32-py2.6.exe 1,428 Kb – 適用於 Python 2.6 和 NumPy 1.3 的 32 位元 Windows 安裝程式
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• biopython-1.56.win32-py2.7.exe 1,578 Kb – 適用於 Python 2.7 和 NumPy 1.5 的 32 位元 Windows 安裝程式
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• biopython-1.55.win32-py2.4.exe 1,448 Kb – 適用於 Python 2.4 和 NumPy 1.1 的 32 位元 Windows 安裝程式
• biopython-1.55.win32-py2.5.exe 1,449 Kb – 適用於 Python 2.5 和 NumPy 1.1 的 32 位元 Windows 安裝程式
• biopython-1.55.win32-py2.6.exe 1,471 Kb – 適用於 Python 2.6 和 NumPy 1.3 的 32 位元 Windows 安裝程式
• biopython-1.55.win32-py2.7.exe 1,598 Kb – 適用於 Python 2.7 和 NumPy 1.5 的 32 位元 Windows 安裝程式
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• Tutorial-1.55b.pdf – 文件

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• biopython-1.50.win32-py2.4.exe 1,232 Kb – 適用於 Python 2.4 和 NumPy 1.1 的 Windows 安裝程式
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• Tutorial-1.50.pdf – 文件

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• biopython-1.50b.win32-py2.5.exe 1,230 Kb – 適用於 Python 2.5 和 NumPy 1.1 的 Windows 安裝程式
• biopython-1.50b.win32-py2.6.exe 1,268 Kb – 適用於 Python 2.6 和 NumPy 1.3 的 Windows 安裝程式
• Tutorial-1.50b.pdf – 文件

• biopython-1.49.tar.gz 4,052 Kb (2008 年 11 月 21 日)
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• biopython-1.49.win32-py2.3.exe 1,111 Kb – 適用於 Python 2.3 和 NumPy 1.1 的 Windows 安裝程式
• biopython-1.49.win32-py2.4.exe 1,115 Kb – 適用於 Python 2.4 和 NumPy 1.1 的 Windows 安裝程式
• biopython-1.49.win32-py2.5.exe 1,115 Kb – 適用於 Python 2.5 和 NumPy 1.1 的 Windows 安裝程式
• Tutorial-1.49.pdf – 文件

• biopython-1.49b.tar.gz 4,331 Kb (2008 年 11 月 7 日)
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• biopython-1.49b.win32-py2.3.exe 1,109 Kb – 適用於 Python 2.3 和 NumPy 1.1 的 Windows 安裝程式
• biopython-1.49b.win32-py2.4.exe 1,113 Kb – 適用於 Python 2.4 和 NumPy 1.1 的 Windows 安裝程式
• biopython-1.49b.win32-py2.5.exe 1,114 Kb – 適用於 Python 2.5 和 NumPy 1.1 的 Windows 安裝程式
• Tutorial-1.49b.pdf – 文件

請注意，Biopython 1.48 及更早版本需要 Numeric 函式庫，而非其替代品 NumPy。適用於 Python 2.4 及更早版本的 Windows 安裝程式可從 Numerical Python 網站取得。適用於 Python 2.5 的 Numeric 24.2 Windows 安裝程式可在此處取得

• Numeric-24.2.win32-py2.5.exe 446 Kb - 適用於 Python 2.5 的 Windows 安裝程式

請注意，Biopython 1.48 及更早版本在某些剖析器中使用 mxTextTools 2.0。mxTextTools 3.0 有一些小問題，因此理想情況下請安裝較舊的 mxTextTools 2.0。

• biopython-1.48.tar.gz 4,051 Kb (2008 年 9 月 8 日)
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• biopython-1.48.win32-py2.3.exe 1,226 Kb
• biopython-1.48.win32-py2.4.exe 1,254 Kb
• biopython-1.48.win32-py2.5.exe 1,254 Kb
• Tutorial-1.48.pdf – 文件
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• biopython-1.47.win32-py2.5.exe 1,236 Kb
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• biopython-1.46.win32-py2.3.exe 1,206 Kb
• biopython-1.46.win32-py2.4.exe 1,235 Kb
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• biopython-1.44.win32-py2.4.exe 1,116 Kb
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• Tutorial-1.44.pdf – 文件說明
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