用於計算分子生物學的 Python 工具
用於計算分子生物學的 Python 工具
此頁面提供了一個集中位置來收集活躍專案的參考資料。如果您有興趣為 Biopython 做出貢獻，並想找到正在進行的大型專案，這是一個很好的起點。對於開發人員，請使用此頁面來參考 git 分支或其他您將長時間進行的專案。當專案完成並整合到 Biopython 中時，請保持其更新。
有人提議將 Biopython 的文件從現有的 LaTeX（食譜和主要文件）和 EpyDoc（API 文件）組合移植到 Sphinx。這是一個多步驟的過程，我們正在逐步進行，並且始終歡迎您的幫助。
João Rodrigues 的 Summer of Code 專案旨在為 Bio.PDB 結構生物學模組引入幾個新功能：將極性氫添加到結構的功能、基於結構資訊和註釋探測 SS 橋的功能、重新編號殘基、粗粒化結構等等。有關該專案的更全面佈局，請參閱此 wiki，程式碼位於 GitHub 分支上。Bio.PDB 的新程式碼也為 GSoC 2011 編寫。João 和 Eric 現在正努力將此新程式碼整合到 Biopython 中。
Giovanni 和 Tiago 正在努力擴展 Biopython 中的族群遺傳學程式碼。請參閱 PopGen 開發頁面了解更多詳細資訊。
Brad 正在開發 Biopython GFF 解析器。原始碼可從 git hub 取得。文件正在 GFF 解析中進行。請參閱部落格文章，了解 初始實作和 MapReduce 平行版本。
Nick Matzke 為 BioPython 開發了一個生物地理學模組，作為 NESCent 的 Phyloinformatics Summer of Code 2009 的 Google Summer of Code 專案。請參閱專案提案：Biogeographical Phylogenetics for BioPython。指導老師為 Stephen Smith（主要）、Brad Chapman 和 David Kidd。新模組在本 wiki 中記錄為 BioGeography。
該程式碼目前位於 Nick 的 GitHub 上的 Geography 分支的 Bio/Geography 目錄中，Eric 正在準備將其整合到 另一個分支上的 Biopython 主幹中。
Kristian Rother 提供了幾個用於處理 RNA 資料的分支。它們主要用於解析 RNA 二級結構 1 和處理表示修改後的 RNA 核苷酸的 Bio.Sequence 物件 2。
關於具有重新建構的內部的 Biopython 新版本的 討論。
值得查看 開放的 GitHub 問題和 GitHub 拉取請求。
github.com 上的 Biopython 網路圖將顯示我們在 github 上的儲存庫的所有公共分支，因此您可以查看正在處理的事情。遺憾的是，由於越來越多的人為 Biopython 做出貢獻，這不再提供一個很好的概述 - 例如，無法縮小。
請新增任何關於 Biopython 新增內容的想法或提案。目前程式碼的錯誤和增強功能應通過 GitHub 討論。
Bio.Phylo.PAML 撰寫 PAML 補充輸出檔案 (rst 檔案) 的解析器。目前僅解析主要輸出檔案，但補充輸出檔案包含祖先序列重建、所有位點正向選擇的貝氏後驗機率估計等潛在有用的資訊。該格式通常與主要輸出檔案不同，並且在模型之間的差異可能比主要輸出檔案更大，因此需要非常小心。維護軟體涉及針對新格式變更的逐步改進和錯誤修復。請參閱 GitHub 拉取請求、開放問題清單以及我們舊的 問題追蹤器以獲得概述。
如果您有興趣解決任何開放的問題，請發佈到開發人員郵件列表。