Bio.motifs.xms 模組

解析 XMS motif 檔案。

class Bio.motifs.xms.XMSScanner(doc)

基底類別：object

用於掃描 XMS XML 檔案的類別。

__init__(doc)

從 xms 文件（一個類似 XML 的 motif pfm 檔案）產生 motif 記錄。

handle_motif(node)

從節點讀取 motif 的名稱和欄位，並新增 motif 記錄。

get_property_value(node, key_name)

從節點提取名為 key_name 的 motif 屬性的值。

get_acgt(node)

取得並返回 motif 的 A、C、G、T 權重。

get_text(nodelist)

返回 nodelist 上列出的 motif 屬性的字串表示形式。

class Bio.motifs.xms.Record(iterable=(), /)

基底類別：list

用於儲存 XMS 矩陣表格中資訊的類別。

該記錄繼承自包含個別 motif 的列表。

__str__()

返回 Record 物件中 motif 的字串表示形式。

Bio.motifs.xms.read(handle)

從檔案處理代碼中讀取 XMS 矩陣格式的 motif。

XMS 是一種用於描述調控 motif 和 PSSM 的 XML 格式。此格式由 Thomas Down 定義，並在 NestedMICA 和 MotifExplorer 程式中使用。