Bio.motifs.jaspar 套件

子模組

• Bio.motifs.jaspar.db 模組
  • JASPAR5
    • JASPAR5.__init__()
    • JASPAR5.__str__()
    • JASPAR5.fetch_motif_by_id()
    • JASPAR5.fetch_motifs_by_name()
    • JASPAR5.fetch_motifs()

模組內容

JASPAR2014 模組。

class Bio.motifs.jaspar.Motif(matrix_id, name, alphabet='ACGT', alignment=None, counts=None, collection=None, tf_class=None, tf_family=None, species=None, tax_group=None, acc=None, data_type=None, medline=None, pazar_id=None, comment=None)

基底類別：Motif

Bio.motifs.Motif 的子類別，用於表示 JASPAR 輪廓。

如果有的話，會儲存額外的元數據資訊。元數據的可用性取決於 JASPAR motif 的來源（「pfm」格式檔案、「jaspar」格式檔案或 JASPAR 資料庫）。

__init__(matrix_id, name, alphabet='ACGT', alignment=None, counts=None, collection=None, tf_class=None, tf_family=None, species=None, tax_group=None, acc=None, data_type=None, medline=None, pazar_id=None, comment=None)

建立 JASPAR Motif 實例。

property base_id

傳回 JASPAR 基本矩陣 ID。

property version

傳回 JASPAR 矩陣版本。

__str__()

傳回 JASPAR 輪廓的字串表示法。

我們選擇僅提供已填寫的元數據資訊。

__hash__()

傳回對應於 JASPAR 輪廓的雜湊鍵。

注意:

我們假設矩陣 ID 的唯一性

__eq__(other)

如果矩陣 ID 相同，則傳回 True。

class Bio.motifs.jaspar.Record

基底類別：list

表示 JASPAR motifs 的列表。

屬性

• version：使用的 JASPAR 版本

__init__()

初始化類別。

__str__()

傳回 Record 中所有 motifs 的字串。

to_dict()

傳回矩陣列表做為矩陣字典。

Bio.motifs.jaspar.read(handle, format)

從檔案中以數種不同的 JASPAR 格式讀取 motif。

傳回 PFM 的記錄。根據傳遞的格式呼叫適當的常式。

Bio.motifs.jaspar.write(motifs, format)

傳回「pfm」或「jaspar」格式的 motifs 表示法。

Bio.motifs.jaspar.calculate_pseudocounts(motif)

計算假計數。

計算序列總數的平方根乘以背景核苷酸。

Bio.motifs.jaspar.split_jaspar_id(id)

將 JASPAR 矩陣 ID 分割成其組成部分。

組成部分為基本 ID 和版本號碼，例如，「MA0047.2」會傳回為（「MA0047」，2）。