Bio.codonalign.codonalignment 模組

用於處理密碼子比對的程式碼。

CodonAlignment 類別繼承自 MultipleSeqAlignment 類別。這是 Biopython 中處理密碼子比對的核心類別。

class Bio.codonalign.codonalignment.CodonAlignment(records='', name=None)

基底： MultipleSeqAlignment

繼承自 MultipleSeqAlignment 的密碼子比對類別。

>>> from Bio.SeqRecord import SeqRecord
>>> a = SeqRecord(CodonSeq("AAAACGTCG"), id="Alpha")
>>> b = SeqRecord(CodonSeq("AAA---TCG"), id="Beta")
>>> c = SeqRecord(CodonSeq("AAAAGGTGG"), id="Gamma")
>>> print(CodonAlignment([a, b, c]))
CodonAlignment with 3 rows and 9 columns (3 codons)
AAAACGTCG Alpha
AAA---TCG Beta
AAAAGGTGG Gamma
__init__(records='', name=None)

初始化類別。

__str__()

返回比對的多行字串摘要。

此輸出旨在可讀，但大型比對會顯示截斷。最多顯示 20 列（序列）和 60 行（20 個密碼子），以及記錄識別符。這應該可以完美地顯示在單個螢幕上。例如：

__getitem__(index)

返回單一索引的 CodonAlignment 物件。

__add__(other)

透過將兩個具有相同列數的密碼子比對合併。

此方法還允許將 CodonAlignment 物件與 MultipleSeqAlignment 物件組合。以下規則適用

  • CodonAlignment + CodonAlignment -> CodonAlignment

  • CodonAlignment + MultipleSeqAlignment -> MultipleSeqAlignment

get_aln_length()

取得比對長度。

toMultipleSeqAlignment()

將 CodonAlignment 轉換為 MultipleSeqAlignment。

使用 Seq 儲存序列，返回一個包含 CodonAlignment 中所有 SeqRecord 的 MultipleSeqAlignment

get_dn_ds_matrix(method='NG86', codon_table=None)

可用的方法包括 NG86、LWL85、YN00 和 ML。

引數

  • method - 可用的方法包括 NG86、LWL85、YN00 和 ML。

  • codon_table - 用於正向轉譯的密碼子表。

get_dn_ds_tree(dn_ds_method='NG86', tree_method='UPGMA', codon_table=None)

建構 dn 樹和 ds 樹。

引數

  • dn_ds_method - 可用的方法包括 NG86、LWL85、YN00 和 ML。

  • tree_method - 可用的方法包括 UPGMA 和 NJ。

classmethod from_msa(align)

將 MultipleSeqAlignment 轉換為 CodonAlignment。

將 MultipleSeqAlignment 轉換為 CodonAlignment 的函式。使用者有責任確保滿足 CodonAlignment 所需的所有要求。

Bio.codonalign.codonalignment.mktest(codon_alns, codon_table=None, alpha=0.05)

用於中性的麥克唐納-克雷特曼檢定。

實作麥克唐納-克雷特曼檢定，用於中性（PMID：1904993）。此方法計算變化而非位點（http://mkt.uab.es/mkt/help_mkt.asp）。

引數

  • codon_alns - 要比較的 CodonAlignment 清單（每個 CodonAlignment 物件對應於從物種取樣的基因）

返回檢定結果的 p 值。