Bio.SwissProt.KeyWList 模組

用於解析 SwissProt/UniProt 的 keywlist.txt 檔案的程式碼。

參見
類別
  • Record 儲存 keywlist.txt 檔案中關於一個關鍵字或一個類別的資訊。

函數
  • parse 解析 keywlist.txt 檔案,並傳回一個包含記錄的迭代器。

class Bio.SwissProt.KeyWList.Record

基底: dict

儲存關鍵字列表中的一個關鍵字或類別的資訊。

這個記錄將 keywlist.txt 中一個關鍵字或類別的資訊儲存為 Python 字典。此字典中的鍵是 keywlist.txt 檔案中可能出現的行代碼。

---------  ---------------------------     ----------------------
Line code  Content                         Occurrence in an entry
---------  ---------------------------     ----------------------
ID         Identifier (keyword)            Once; starts a keyword entry
IC         Identifier (category)           Once; starts a category entry
AC         Accession (KW-xxxx)             Once
DE         Definition                      Once or more
SY         Synonyms                        Optional; once or more
GO         Gene ontology (GO) mapping      Optional; once or more
HI         Hierarchy                       Optional; once or more
WW         Relevant WWW site               Optional; once or more
CA         Category                        Once per keyword entry; absent
                                           in category entries
__init__()

初始化類別。

Bio.SwissProt.KeyWList.parse(handle)

從檔案處理解析關鍵字列表。

傳回一個產生器物件,該物件會產生關鍵字條目作為 Bio.SwissProt.KeyWList.Record() 物件。