Bio.SeqIO.PdbIO 模組

Bio.SeqIO 支援存取 PDB 和 mmCIF 檔案中的序列。

Bio.SeqIO.PdbIO.AtomIterator(pdb_id, structure)

從 Structure 物件回傳 SeqRecord。

讀取 Bio.PDB 解析器的結構之序列解析器的基礎函數。

一旦使用 Bio.PDB 的解析器將結構載入 Bio.PDB.Structure.Structure 物件後，序列解析器如何解讀殘基序列就沒有差異。此模組中的函數可供希望從殘基列表解析序列的 SeqIO 模組使用。

呼叫函數必須傳遞 Bio.PDB.Structure.Structure 物件。

詳細資訊請參閱 Bio.SeqIO.PdbIO.PdbAtomIterator 和 Bio.SeqIO.PdbIO.CifAtomIterator。

class Bio.SeqIO.PdbIO.PdbSeqresIterator(source)

基礎：SequenceIterator

PDB 檔案的解析器。

__init__(source)

為 PDB 檔案中的每個鏈回傳 SeqRecord 物件。

引數

source - 以文字模式開啟的輸入串流，或是檔案的路徑

這些序列衍生自 PDB 檔案標頭中的 SEQRES 行，而非 3D 結構的原子。

具體而言，會處理這些 PDB 記錄：DBREF、DBREF1、DBREF2、SEQADV、SEQRES、MODRES

請參閱：http://www.wwpdb.org/documentation/format23/sect3.html

這會透過 Bio.SeqIO 在內部呼叫，以進行基於 SEQRES 的 PDB 檔案格式解譯

>>> from Bio import SeqIO
>>> for record in SeqIO.parse("PDB/1A8O.pdb", "pdb-seqres"):
...     print("Record id %s, chain %s" % (record.id, record.annotations["chain"]))
...     print(record.dbxrefs)
...
Record id 1A8O:A, chain A
['UNP:P12497', 'UNP:POL_HV1N5']

等效地，

>>> with open("PDB/1A8O.pdb") as handle:
...     for record in PdbSeqresIterator(handle):
...         print("Record id %s, chain %s" % (record.id, record.annotations["chain"]))
...         print(record.dbxrefs)
...
Record id 1A8O:A, chain A
['UNP:P12497', 'UNP:POL_HV1N5']

請注意，鏈會記錄在註解字典中，而任何 PDB DBREF 行都會記錄在資料庫交叉參照列表中。

parse(handle): 開始解析檔案，並回傳 SeqRecord 產生器。

iterate(handle): 逐一查看 PDB 檔案中的記錄。

__abstractmethods__ = frozenset({})

__parameters__ = ()

Bio.SeqIO.PdbIO.PdbAtomIterator(source)

為 PDB 檔案中的每個鏈回傳 SeqRecord 物件。

引數來源為類檔案物件或檔案的路徑。

這些序列衍生自 3D 結構（ATOM 記錄），而非 PDB 檔案標頭中的 SEQRES 行。

來自 HETATM 條目的未辨識三字母胺基酸代碼（例如「CSD」）會在序列中轉換為「X」。

除了來自 PDB 標頭的資訊（所有記錄都相同）外，以下鏈特定資訊會放置在註解中

record.annotations[“residues”] = 殘基 ID 字串的清單 record.annotations[“chain”] = 鏈 ID（通常為 A、B 等） record.annotations[“model”] = 模型 ID（通常為零）

如果結構中缺少胺基酸（如殘基編號所示），則序列會填入「X」字元以符合遺失區域的大小，而 None 會作為清單 record.annotations[“residues”] 中對應的項目。

此函數使用 Bio.PDB 模組來完成大部分的繁重工作。註解資訊可以改進，但此額外解析應在 parse_pdb_header 中完成，而非此模組中完成。

這會透過 Bio.SeqIO 在內部呼叫，以進行基於原子的 PDB 檔案格式解譯

>>> from Bio import SeqIO
>>> for record in SeqIO.parse("PDB/1A8O.pdb", "pdb-atom"):
...     print("Record id %s, chain %s" % (record.id, record.annotations["chain"]))
...
Record id 1A8O:A, chain A

等效地，

>>> with open("PDB/1A8O.pdb") as handle:
...     for record in PdbAtomIterator(handle):
...         print("Record id %s, chain %s" % (record.id, record.annotations["chain"]))
...
Record id 1A8O:A, chain A

Bio.SeqIO.PdbIO.CifSeqresIterator(source)

為 mmCIF 檔案中的每個鏈回傳 SeqRecord 物件。

引數來源為類檔案物件或檔案的路徑。

這些序列衍生自 mmCIF 檔案中的 _entity_poly_seq 條目，而非 3D 結構的原子。

具體而言，會處理這些 mmCIF 記錄：_pdbx_poly_seq_scheme 和 _struct_ref_seq。_pdbx_poly_seq 記錄包含序列資訊，而 _struct_ref_seq 記錄包含資料庫交叉參照。

請參閱：http://mmcif.wwpdb.org/dictionaries/mmcif_pdbx_v40.dic/Categories/pdbx_poly_seq_scheme.html 和 http://mmcif.wwpdb.org/dictionaries/mmcif_pdbx_v50.dic/Categories/struct_ref_seq.html

這會透過 Bio.SeqIO 在內部呼叫，以進行基於序列的 mmCIF 檔案格式解譯

>>> from Bio import SeqIO
>>> for record in SeqIO.parse("PDB/1A8O.cif", "cif-seqres"):
...     print("Record id %s, chain %s" % (record.id, record.annotations["chain"]))
...     print(record.dbxrefs)
...
Record id 1A8O:A, chain A
['UNP:P12497', 'UNP:POL_HV1N5']

等效地，

>>> with open("PDB/1A8O.cif") as handle:
...     for record in CifSeqresIterator(handle):
...         print("Record id %s, chain %s" % (record.id, record.annotations["chain"]))
...         print(record.dbxrefs)
...
Record id 1A8O:A, chain A
['UNP:P12497', 'UNP:POL_HV1N5']

請注意，鏈會記錄在註解字典中，而任何 mmCIF _struct_ref_seq 條目都會記錄在資料庫交叉參照列表中。

Bio.SeqIO.PdbIO.CifAtomIterator(source)

為 mmCIF 檔案中的每個鏈回傳 SeqRecord 物件。

引數來源為類檔案物件或檔案的路徑。

這些序列衍生自 mmCIF 檔案中的 3D 結構（_atom_site.* 欄位）。

來自 HETATM 條目的未辨識三字母胺基酸代碼（例如「CSD」）會在序列中轉換為「X」。

除了來自 PDB 標頭的資訊（所有記錄都相同）外，以下鏈特定資訊會放置在註解中

record.annotations[“residues”] = 殘基 ID 字串的清單 record.annotations[“chain”] = 鏈 ID（通常為 A、B 等） record.annotations[“model”] = 模型 ID（通常為零）

如果結構中缺少胺基酸（如殘基編號所示），則序列會填入「X」字元以符合遺失區域的大小，而 None 會作為清單 record.annotations[“residues”] 中對應的項目。

此函數使用 Bio.PDB 模組來完成大部分的繁重工作。註解資訊可以改進，但此額外解析應在 parse_pdb_header 中完成，而非此模組中完成。

這會透過 Bio.SeqIO 在內部呼叫，以進行基於原子的 PDB 檔案格式解譯

>>> from Bio import SeqIO
>>> for record in SeqIO.parse("PDB/1A8O.cif", "cif-atom"):
...     print("Record id %s, chain %s" % (record.id, record.annotations["chain"]))
...
Record id 1A8O:A, chain A

等效地，

>>> with open("PDB/1A8O.cif") as handle:
...     for record in CifAtomIterator(handle):
...         print("Record id %s, chain %s" % (record.id, record.annotations["chain"]))
...
Record id 1A8O:A, chain A