Bio.SearchIO.InterproscanIO 套件

子模組

Bio.SearchIO.InterproscanIO.interproscan_xml 模組
- InterproscanXmlParser
  - InterproscanXmlParser.__init__()
  - InterproscanXmlParser.__iter__()

模組內容

Bio.SearchIO 支援 InterProScan 輸出格式。

此模組新增了對解析 InterProScan XML 輸出的支援。InterProScan 可作為命令列程式或在 EMBL-EBI 的網頁上使用。Bio.SearchIO.InterproscanIO 已在以下版本上測試過

版本：5.26-65.0 (interproscan-model-2.1.xsd)

關於 InterProScan 的更多資訊可透過以下連結取得： - 出版物：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3998142/ - 網頁介面：https://www.ebi.ac.uk/interpro/search/sequence-search - 文件：https://github.com/ebi-pf-team/interproscan/wiki

支援的格式

Bio.SearchIO.InterproscanIO 支援以下格式

XML - 'interproscan-xml' - 解析

interproscan-xml

interproscan-xml 解析器遵循此處描述的 InterProScan XML：https://github.com/ebi-pf-team/interproscan/wiki/OutputFormats

物件	屬性	XML 元素
QueryResult	target	`InterPro`
	program	`InterProScan`
	version	`protein-matches.interproscan-version`
Hit	accession	`signature.name`
	id	`signature.ac`
	description	`signature.desc`
	dbxrefs	`IPR:entry.ac` `go-xref.id` `pathway-xref.db:pathway-xref.id`
	attributes [‘Target’] [‘Target version’] [‘Hit type’]	`-match` / `-location` `signature-library-release.library` `signature-library-release.version`
HSP	bitscore	`*-location.score`
HSP	evalue	`*-location.evalue`
HSPFragment (也透過 HSP)	query_start	`*-location.start`
	query_end	`*-location.end`
	hit_start	`*-location.hmm-start`
	hit_end	`*-location.hmm-end`
	query	`sequence`

InterProScan XML 檔案可能包含具有多個位置的匹配項，或多個匹配項與具有單個位置的相同蛋白質。在這兩種情況下，匹配項都會唯一地儲存為 HIT 物件，而位置則儲存為 HSP 物件。

HSP.*start == *start - 1 （因為 Biopython 中的每個起始位置都是從 0 開始的）

HSP.aln_span == query-end - query-start

匹配或位置的類型（例如，hmmer3-match、hmmer3-location、coils-match、panther-location）儲存在 hit.attributes[‘Hit type’] 中。例如，對於每個「phobious-match」，都會有一個「phobious-location」。因此，Hit.type 將儲存不包含「-match」或「-location」的字串（在本例中為「phobious」）。