Bio.Restriction.PrintFormat 模組

列印限制酶分析的結果。

PrintFormat 會以 3 種不同的格式列印限制分析的結果：清單、欄或圖譜。

最簡單的使用方式是

>>> from Bio.Restriction.PrintFormat import PrintFormat
>>> from Bio.Restriction.Restriction import RestrictionBatch
>>> from Bio.Seq import Seq
>>> pBs_mcs = Seq('GGTACCGGGCCCCCCCTCGAGGTCGACGGTATCGATAAGCTTGATATCGAATTC')
>>> restriction_batch = RestrictionBatch(['EcoRI', 'BamHI', 'ApaI'])
>>> result = restriction_batch.search(pBs_mcs)
>>> my_map = PrintFormat()
>>> my_map.print_that(result, 'My pBluescript mcs analysis:\n',
...               'No site:\n')
My pBluescript mcs analysis:
ApaI       :  12.
EcoRI      :  50.
No site:
BamHI     

>>> my_map.sequence = pBs_mcs
>>> my_map.print_as("map")
>>> my_map.print_that(result)
           12 ApaI
           |                                                
           |                                     50 EcoRI
           |                                     |          
GGTACCGGGCCCCCCCTCGAGGTCGACGGTATCGATAAGCTTGATATCGAATTC
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CCATGGCCCGGGGGGGAGCTCCAGCTGCCATAGCTATTCGAACTATAGCTTAAG
1                                                   54


   Enzymes which do not cut the sequence.

BamHI     

>>>

PrintFormat 的某些方法旨在由衍生類別覆寫。

使用以下參數來控制外觀

ConsoleWidth使用的控制台寬度，預設為 80。
永遠不應小於 60。
NameWidth：在 PrintList 方法中分配給名稱的空間。
Indent：第二行的縮排。
MaxSize序列的最大大小 (預設值=6)：
-> 99,999 bp + 1 個尾隨的「,」，人們不太可能要求大於 100,000 bp 的序列的限制圖譜。這是為了確定保留位點位置的空間所必需的。
- MaxSize = 5 => 9,999 bp
- MaxSize = 6 => 99,999 bp
- MaxSize = 7 => 999,999 bp

輸出範例

<------------ ConsoleWidth --------------->
<- NameWidth ->
EcoRI         :   1, 45, 50, 300, 400, 650,
                      700, 1200, 2500.
                  <-->
                    Indent

class Bio.Restriction.PrintFormat.PrintFormat

基類： object

PrintFormat 允許列印限制分析的結果。

ConsoleWidth = 80

NameWidth = 10

MaxSize = 6

Cmodulo = 0

PrefWidth = 80

Indent = 4

linesize = 70

print_as(what='list')

以指定的方式列印結果。

有效的格式為: 「list」-> 依字母順序列印，「number」-> 序列中位點的數量，「map」-> 序列的圖譜表示，包含位點。

如果您想要更大的彈性，請覆寫虛擬方法 make_format。

format_output(dct, title='', s1='')

將結果摘要為格式良好的字串。

引數

dct 是一個由 RestrictionBatch.search() 傳回的字典
title 是圖譜的標題。它必須是格式化的字串，也就是說，您必須包含換行符號。
s1 是分隔具有位點的酶清單與沒有位點的酶清單的標題。
s1 也必須是格式化的字串。

print_that 的格式是清單。

print_that(dct, title='', s1='')

列印 format_output 方法的輸出 (已過時)。

引數

dct 是一個由 RestrictionBatch.search() 傳回的字典
title 是圖譜的標題。它必須是格式化的字串，也就是說，您必須包含換行符號。
s1 是分隔具有位點的酶清單與沒有位點的酶清單的標題。
s1 也必須是格式化的字串。

這個方法會列印 A.format_output() 的輸出，並且為了向後相容性而存在。

make_format(cut=(), title='', nc=(), s1='')

用於格式化結果的虛擬方法。

虛擬方法。在這裡指向 _make_* 方法之一。您也可以建立一個新的方法，並將 make_format 指向它。