Bio.PopGen.GenePop 套件

子模組

• Bio.PopGen.GenePop.Controller 模組
  • GenePopController
    • GenePopController.__init__()
    • GenePopController.test_pop_hz_deficiency()
    • GenePopController.test_pop_hz_excess()
    • GenePopController.test_pop_hz_prob()
    • GenePopController.test_global_hz_deficiency()
    • GenePopController.test_global_hz_excess()
    • GenePopController.test_ld()
    • GenePopController.create_contingency_tables()
    • GenePopController.test_genic_diff_all()
    • GenePopController.test_genic_diff_pair()
    • GenePopController.test_genotypic_diff_all()
    • GenePopController.test_genotypic_diff_pair()
    • GenePopController.estimate_nm()
    • GenePopController.calc_allele_genotype_freqs()
    • GenePopController.calc_diversities_fis_with_identity()
    • GenePopController.calc_diversities_fis_with_size()
    • GenePopController.calc_fst_all()
    • GenePopController.calc_fst_pair()
    • GenePopController.calc_rho_all()
    • GenePopController.calc_rho_pair()
    • GenePopController.calc_ibd_diplo()
    • GenePopController.calc_ibd_haplo()
• Bio.PopGen.GenePop.EasyController 模組
  • EasyController
    • EasyController.__init__()
    • EasyController.get_basic_info()
    • EasyController.test_hw_pop()
    • EasyController.test_hw_global()
    • EasyController.test_ld_all_pair()
    • EasyController.estimate_nm()
    • EasyController.get_heterozygosity_info()
    • EasyController.get_genotype_count()
    • EasyController.get_fis()
    • EasyController.get_alleles()
    • EasyController.get_alleles_all_pops()
    • EasyController.get_allele_frequency()
    • EasyController.get_multilocus_f_stats()
    • EasyController.get_f_stats()
    • EasyController.get_avg_fis()
    • EasyController.get_avg_fst_pair()
    • EasyController.get_avg_fst_pair_locus()
    • EasyController.calc_ibd()
• Bio.PopGen.GenePop.FileParser 模組
  • read()
  • FileRecord
    • FileRecord.__init__()
    • FileRecord.__str__()
    • FileRecord.start_read()
    • FileRecord.skip_header()
    • FileRecord.seek_position()
    • FileRecord.skip_population()
    • FileRecord.get_individual()
    • FileRecord.remove_population()
    • FileRecord.remove_locus_by_position()
    • FileRecord.remove_loci_by_position()
    • FileRecord.remove_locus_by_name()
    • FileRecord.remove_loci_by_name()
• Bio.PopGen.GenePop.LargeFileParser 模組
  • get_indiv()
  • read()
  • Record
    • Record.__init__()
    • Record.data_generator()

模組內容

用於處理 GenePop 的程式碼。

請參閱 http://wbiomed.curtin.edu.au/genepop/，此格式在此處有說明文件：http://wbiomed.curtin.edu.au/genepop/help_input.html。

類別：Record 保留 GenePop 資料。

函式：read 將 GenePop 記錄（檔案）解析為 Record 物件。

部分靈感來自 MedLine 程式碼。

Bio.PopGen.GenePop.get_indiv(line)

提取該行上個體資訊的詳細資料。

Bio.PopGen.GenePop.read(handle)

解析包含 GenePop 檔案的 handle。

handle 是一個類似檔案的物件，其中包含 GenePop 記錄。

class Bio.PopGen.GenePop.Record

基底類別：object

保留來自 GenePop 記錄的資訊。

成員

• marker_len 標記長度（每個等位基因 2 或 3 位數字代碼）。

• comment_line 註解行。

• loci_list 基因座名稱的清單。

• pop_list 族群名稱的清單。

• populations 族群資料的清單。

在大多數 genepop 檔案中，族群名稱並不可信。強烈建議依索引參照族群。

populations 每個族群都有一個元素。每個元素本身都是個體清單，每個個體都是一對，由個體名稱和等位基因清單組成（每個標記 2 個，或單倍體 1 個）：範例

[
    [
        ('Ind1', [(1,2),    (3,3), (200,201)],
        ('Ind2', [(2,None), (3,3), (None,None)],
    ],
    [
        ('Other1', [(1,1),  (4,3), (200,200)],
    ]
]

__init__()

初始化類別。

__str__()

傳回（重建）GenePop 文字表示。

split_in_pops(pop_names)

將 GP 記錄分割成每個條目 1 個族群的字典。

給定一個具有 n 個族群和 m 個基因座的記錄，傳回記錄字典（鍵為 pop_name），其中每個項目都是具有單一族群和 m 個基因座的記錄。

引數：- pop_names - 族群名稱

split_in_loci(gp)

將 GP 記錄分割成每個條目 1 個基因座的字典。

給定一個具有 n 個族群和 m 個基因座的記錄，傳回記錄字典（鍵為基因座名稱），其中每個項目都是具有單一基因座和 n 個族群的記錄。

remove_population(pos)

移除族群（按位置）。

remove_locus_by_position(pos)

按位置移除基因座。

remove_locus_by_name(name)

按名稱移除基因座。