Bio.Phylo.PAML.baseml 模組

用於支援 baseml 的類別。

核苷酸序列的最大似然分析。

exception Bio.Phylo.PAML.baseml.BasemlError

基於： OSError

BASEML 失敗。使用 verbose=True 執行以查看 BASEML 的錯誤訊息。

class Bio.Phylo.PAML.baseml.Baseml(alignment=None, tree=None, working_dir=None, out_file=None)

基於： Paml

BASEML 的介面，PAML 套件的一部分。

__init__(alignment=None, tree=None, working_dir=None, out_file=None)

初始化 Baseml 實例。

使用者可選擇性地傳入字串，指定輸入序列比對和樹狀圖檔案的位置、工作目錄和最終輸出檔案。

write_ctl_file()

從選項中動態建構 BASEML 控制檔案。

控制檔案會寫入由 baseml 類別的 ctl_file 屬性指定的位置。

read_ctl_file(ctl_file)

剖析控制檔案，並將選項載入 Baseml 實例中。

run(ctl_file=None, verbose=False, command='baseml', parse=True)

使用目前的組態執行 baseml。

檢查是否已指定並存在 tree 屬性，然後執行 baseml。如果 parse 為 True，則讀取並傳回結果，否則傳回 none。

儘管 BASEML 要求使用相對路徑，但引數可以絕對或相對路徑傳入。

Bio.Phylo.PAML.baseml.read(results_file)

剖析 BASEML 結果檔案。