Bio.PDB.cealign 模組

使用組合擴展 (Combinatorial Extension) 的蛋白質結構比對。

由 Joao Rodrigues 編寫的 Python 程式碼。C++ 程式碼和 Python/C++ 介面改編自開源的 Pymol，最初由 Jason Vertrees 編寫。原始授權和聲明可在 cealign 資料夾中找到。

參考文獻

Shindyalov, I.N., Bourne P.E. (1998). “蛋白質結構比對：通過最佳路徑的增量組合擴展 (CE)”。蛋白質工程。11 (9): 739–747。PMID 9796821。

class Bio.PDB.cealign.CEAligner(window_size=8, max_gap=30)

基礎：object

通過組合擴展進行蛋白質結構比對。

__init__(window_size=8, max_gap=30)

使用結構數據將一組原子疊加到另一組原子上。

結構疊加使用導引原子，分別為蛋白質和核酸分子的 CA 和 C4'。

參數:

window_size浮點數，可選

CE 演算法參數。用於定義建立 CE 相似度矩陣時的路徑。預設值為 8。

max_gap浮點數，可選

CE 演算法參數。最大間隙大小。預設值為 30。

get_guide_coord_from_structure(structure)

傳回結構中導引原子的坐標。

我們使用導引原子（C-α 和 C4' 原子），因為它比在計算中使用所有原子快得多，而且準確性沒有明顯損失。

set_reference(structure)

定義一個參考結構，所有其他結構都將對其進行比對。

align(structure, transform=True)

將輸入結構與參考結構對齊。

參數:

transform：布林值，可選

如果為 True（預設值），則將使兩個結構之間 RMSD 最小化的旋轉/平移應用於輸入結構。如果為 False，則不會修改結構，但仍會計算最佳 RMSD。