Bio.PDB.PDBIO 模組

PDB 檔案的輸出。

class Bio.PDB.PDBIO.Select

基礎：object

選取所有要輸出的 PDB 物件（作為基底類別使用）。

寫入時的預設選取（所有物件）- 可作為基底類別以實作選擇性輸出。這會選取要寫出的實體。

__repr__()

將輸出表示為用於除錯的字串。

accept_model(model)

覆寫此方法以拒絕輸出模型。

accept_chain(chain)

覆寫此方法以拒絕輸出鏈。

accept_residue(residue)

覆寫此方法以拒絕輸出殘基。

accept_atom(atom)

覆寫此方法以拒絕輸出原子。

class Bio.PDB.PDBIO.StructureIO

基礎：object

從中衍生結構檔案格式寫入器的基底類別。

__init__()

初始化。

set_structure(pdb_object)

檢查使用者提供的內容並建立結構。

class Bio.PDB.PDBIO.PDBIO(use_model_flag=0, is_pqr=False)

基礎：StructureIO

將 Structure 物件（或 Structure 物件的子集）寫入為 PDB 或 PQR 檔案。

範例

>>> from Bio.PDB import PDBParser
>>> from Bio.PDB.PDBIO import PDBIO
>>> parser = PDBParser()
>>> structure = parser.get_structure("1a8o", "PDB/1A8O.pdb")
>>> io=PDBIO()
>>> io.set_structure(structure)
>>> io.save("bio-pdb-pdbio-out.pdb")
>>> import os
>>> os.remove("bio-pdb-pdbio-out.pdb")  # tidy up
__init__(use_model_flag=0, is_pqr=False)

建立 PDBIO 物件。

參數：

  • use_model_flag (int) – 如果為 1，則強制在輸出中使用 MODEL 記錄。

  • is_pqr (Boolean) – 如果為 True，則建立 PQR 檔案。否則，建立 PDB 檔案。

save(file, select=_select, write_end=True, preserve_atom_numbering=False)

將結構儲存到檔案。

參數：

  • file (string 或 filehandle) – 輸出檔案

  • select (object) – 選取要寫入的實體。

通常 select 是 L{Select} 的子類別，它應該具有以下方法

  • accept_model(model)

  • accept_chain(chain)

  • accept_residue(residue)

  • accept_atom(atom)

如果實體要寫出，這些方法應傳回 1，否則傳回 0。

通常 select 是 L{Select} 的子類別。