Bio.Nexus.Nexus 模組

Nexus 類別。解析 NEXUS 檔案的內容。

基於 ‘NEXUS: An extensible file format for systematic information’ Maddison, Swofford, Maddison. 1997. Syst. Biol. 46(4):590-621

exception Bio.Nexus.Nexus.NexusError

基礎： Exception

提供管理 Nexus 例外狀況的功能。

class Bio.Nexus.Nexus.CharBuffer(string)

基礎： object

協助從緩衝區讀取 NEXUS 文字和字元 (半私有)。

這個類別不再供公開使用。

__init__(string)

初始化類別。

peek()

從緩衝區返回第一個字元。

peek_nonwhitespace()

從緩衝區返回第一個字元，不包括空格。

__next__()

在檔案中迭代 NEXUS 字元。

next_nonwhitespace()

檢查 NEXUS 檔案中的下一個非空白字元。

skip_whitespace()

跳過 NEXUS 檔案中的空白字元。

next_until(target)

在 NEXUS 檔案中迭代，直到到達目標字元。

peek_word(word)

返回儲存在緩衝區中的文字。

next_word()

從字串返回下一個 NEXUS 文字。

這處理單引號和雙引號、空白和標點符號。

rest()

返回字串的其餘部分，而不進行解析。

class Bio.Nexus.Nexus.StepMatrix(symbols, gap)

基礎： object

計算加權最大簡約的步進矩陣。

請參閱：COMBINATORIAL WEIGHTS IN PHYLOGENETIC ANALYSIS - A STATISTICAL PARSIMONY PROCEDURE Wheeler (1990), Cladistics 6:269-275。

__init__(symbols, gap)

初始化類別。

set(x, y, value)

在矩陣的位置設定給定的值。

add(x, y, value)

將給定的值新增到矩陣位置中的現有值。

sum()

計算關聯，產生關聯矩陣。

transformation()

計算轉換矩陣。

正規化關聯矩陣的各列。

weighting()

計算系統發育權重矩陣。

從轉換矩陣的對數轉換建構。

smprint(name='your_name_here')

列印步進矩陣。

Bio.Nexus.Nexus.safename(name, mrbayes=False)

根據 NEXUS 標準返回分類單元識別碼。

在具有標點符號或空白的名稱周圍加上引號，並使用雙單引號。

mrbayes=True：為 mrbayes 軟體套件編寫不含引號、空白或標點符號的名稱。

Bio.Nexus.Nexus.quotestrip(word)

移除識別碼周圍的引號和/或雙引號。

Bio.Nexus.Nexus.get_start_end(sequence, skiplist=('-', '?'))

返回第一個和最後一個不在 skiplist 中的字元的位置。

Skiplist 預設為 [‘-‘,’?’]。

Bio.Nexus.Nexus.combine(matrices)

合併 [(name,nexus-instance),…] 中的矩陣並返回新的 nexus 實例。

combined_matrix=combine([(name1,nexus_instance1),(name2,nexus_instance2),…] 字元集、字元分割和分類單元集會加上前綴、重新調整並存在於合併的矩陣中。

class Bio.Nexus.Nexus.Commandline(line, title)

基礎： object

將命令列表示為命令和選項。

__init__(line, title)

初始化類別。

class Bio.Nexus.Nexus.Block(title=None)

基礎： object

使用區塊名稱和命令列清單來表示 NEXUS 區塊。

__init__(title=None)

初始化類別。

class Bio.Nexus.Nexus.Nexus(input=None)

基礎： object

建立 Nexus 類別，這是管理 Nexus 檔案的主要類別。

__init__(input=None)

初始化類別。

get_original_taxon_order()

為了向後相容而包含（已棄用）。

set_original_taxon_order(value)

為了向後相容而包含（已棄用）。

屬性 original_taxon_order

為了向後相容而包含（已棄用）。

read(input)

讀取並解析 NEXUS 輸入（檔案名稱、檔案處理代碼或字串）。

write_nexus_data_partitions(matrix=None, filename=None, blocksize=None, interleave=False, exclude=(), delete=(), charpartition=None, comment='', mrbayes=False)

為 charpartition 中的每個分割區寫入一個 nexus 檔案。

只包含未排除的字元和未刪除的分類單元，只寫入資料區塊。

write_nexus_data(filename=None, matrix=None, exclude=(), delete=(), blocksize=None, interleave=False, interleave_by_partition=False, comment=None, omit_NEXUS=False, append_sets=True, mrbayes=False, codons_block=True)

將包含資料和集合區塊的 nexus 檔案寫入檔案或處理代碼。

預設情況下會附加字元集和分割區，並根據排除的字元進行調整（即，字元集仍然指向相同的位點（不一定是相同的位置），但不包括已刪除的字元）。

• filename - 字串形式的檔案名稱（將開啟、寫入並關閉），或處理代碼物件（將寫入但不關閉）。

• interleave_by_partition - 分割區的可選名稱（字串）

• omit_NEXUS - 布林值。如果為 true，則省略通常位於檔案開頭的 '#NEXUS' 行。

返回用於寫入資料的檔案名稱/處理代碼。

append_sets(exclude=(), delete=(), mrbayes=False, include_codons=True, codons_only=False)

返回集合區塊。

export_fasta(filename=None, width=70)

將矩陣寫入 fasta 檔案。

export_phylip(filename=None)

將矩陣寫入 PHYLIP 檔案。

請注意，這會寫入寬鬆的 PHYLIP 格式檔案，其中名稱不會被截斷，也不會檢查是否有無效字元。

constant(matrix=None, delete=(), exclude=())

返回包含所有常數字元的清單。

cstatus(site, delete=(), narrow=True)

摘要字元。

narrow=True：paup 模式 (a c ? –> ac; ? ? ? –> ?) narrow=false：(a c ? –> a c g t -; ? ? ? –> a c g t -)

weighted_stepmatrix(name='your_name_here', exclude=(), delete=())

計算加權最大簡約的步進矩陣。

請參閱 Wheeler (1990), Cladistics 6:269-275 和 Felsenstein (1981), Biol. J. Linn. Soc. 16:183-196

crop_matrix(matrix=None, delete=(), exclude=())

返回一個不包含已刪除分類單元和已排除字元的矩陣。

bootstrap(matrix=None, delete=(), exclude=())

返回一個經過自助抽樣的矩陣。

add_sequence(name, sequence)

將一個序列（字串）新增至矩陣。

insert_gap(pos, n=1, leftgreedy=False)

在矩陣中新增一個間隙，並調整字元集和分割區。

pos=0：第一個位置 pos=nchar：最後一個位置

invert(charlist)

返回不在 charlist 中的所有字元索引。

gaponly(include_missing=False)

返回僅包含間隙的位點。

terminal_gap_to_missing(missing=None, skip_n=True)

將所有末端間隙替換為遺失字元。

像 ???——??——- 這樣的混合物會被正確解析。