Bio.NMR.xpktools 模組

用於處理來自 nmrview .xpk 峰列表檔案的資料的工具。

class Bio.NMR.xpktools.XpkEntry(entry, headline)

基礎：object

提供對來自 nmrview .xpk 檔案的單一條目的字典存取。

此類別適用於處理來自 nmrview .xpk 檔案的非標頭資料的單行。此類別提供透過峰列表標頭的最後一行中列出的欄位名稱來擷取資料的方法。

參數:

xpkentrystr

來自 nmrview .xpk 檔案的行。

xpkheadlinestr

來自標頭檔案的行，其中給出條目的名稱。這通常是標頭的第六行，從 1 開始計算。

屬性:

fieldsdict

欄位字典，其中鍵在標頭行中，值是一個條目。變數可以透過它們在標頭行中的名稱來存取，例如 self.field["H1.P"] 將傳回 H1.P 條目。self.field["entrynum"] 會傳回行號（該行的第一個欄位）

__init__(entry, headline)

初始化類別。

class Bio.NMR.xpktools.Peaklist(infn)

基礎：object

提供對來自 nmrview xpk 檔案的標頭行和資料的存取。

標頭檔案行和檔案資料可用作屬性。

參數:

infnstr

輸入 nmrview 檔案名稱。

範例

>>> from Bio.NMR.xpktools import Peaklist
>>> peaklist = Peaklist('../Doc/examples/nmr/noed.xpk')
>>> peaklist.firstline
'label dataset sw sf '
>>> peaklist.dataset
'test.nv'
>>> peaklist.sf
'{599.8230 } { 60.7860 } { 60.7860 }'
>>> peaklist.datalabels
' H1.L  H1.P  H1.W  H1.B  H1.E  H1.J  15N2.L  15N2.P  15N2.W  15N2.B  15N2.E  15N2.J  N15.L  N15.P  N15.W  N15.B  N15.E  N15.J  vol  int  stat '

屬性:

firstlinestr

標頭中的第一行。

axislabelsstr

軸標籤。

datasetstr

資料集的標籤。

swstr

sw 座標。

sfstr

sf 座標。

datalabelsstr

條目的標籤。

datalist

標頭行後的檔案資料。

__init__(infn)

初始化類別。

residue_dict(index)

傳回「data」中以殘基編號或原子核編索引的行字典。

原子核應以與其在 xpk 標籤行中顯示的相同形式給出（例如 H1、15N）

參數:

indexstr

要依其編索引資料的原子核。

傳回:

resdictdict

索引原子核到資料行的對應。

範例

>>> from Bio.NMR.xpktools import Peaklist
>>> peaklist = Peaklist('../Doc/examples/nmr/noed.xpk')
>>> residue_d = peaklist.residue_dict('H1')
>>> sorted(residue_d.keys())
['10', '3', '4', '5', '6', '7', '8', '9', 'maxres', 'minres']
>>> residue_d['10']
['8  10.hn   7.663   0.021   0.010   ++   0.000   10.n   118.341   0.324   0.010   +E   0.000   10.n   118.476   0.324   0.010   +E   0.000  0.49840 0.49840 0']

write_header(outfn)

將輸入檔案的標頭行寫入以處理 outfn。

Bio.NMR.xpktools.replace_entry(line, fieldn, newentry)

透過欄位編號替換字串中的條目。

目前未實作填補。如果原始欄位條目和新欄位條目的長度不同，則間距會改變。

Bio.NMR.xpktools.data_table(fn_list, datalabel, keyatom)

從輸入 xpk 檔案清單產生資料表。

參數:

fn_listlist

.xpk 檔案名稱清單。

datalabelstr

回報的資料元素。

keyatomstr

用作資料表索引的原子核名稱。

傳回:

outlistlist

以 keyatom 編索引的表格列清單。