Bio.KEGG.REST 模組

提供程式碼以存取 REST 風格的 KEGG 線上 API。

此模組旨在使 KEGG 線上 REST 風格 API 更易於使用。請參閱：https://www.kegg.jp/kegg/rest/keggapi.html

KEGG REST 風格 API 提供對一系列 KEGG 資料庫的簡單存取。這透過簡單的 URL（此模組將為您建構）運作，任何錯誤都會透過 HTTP 錯誤等級指示。

此功能與 Biopython 的 Bio.TogoWS 和 Bio.Entrez 模組有些相似。

目前 KEGG 沒有提供任何使用指南（與 NCBI 的要求相當明確不同）。為避免冒著超載服務的風險，Biopython 每秒僅允許三個呼叫。

參考文獻：Kanehisa, M. and Goto, S.; KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes. Nucleic Acids Res. 28, 29-34 (2000)。

Bio.KEGG.REST.kegg_info(database)

KEGG info - 顯示指定資料庫的目前統計資料。

db - 資料庫或生物體（字串）

引數 db 可以是 KEGG 資料庫名稱（例如 ‘pathway’ 或其官方縮寫 ‘path’），或 KEGG 生物體代碼或 T 號碼（例如 ‘hsa’ 或 ‘T01001’ 代表人類）。

可透過 kegg_info(‘organism’) 或 https://rest.kegg.jp/list/organism 取得有效的生物體代碼及其 T 號碼列表。

Bio.KEGG.REST.kegg_list(database, org=None)

KEGG list - 資料庫的條目列表，或指定的資料庫條目。

db - 資料庫或生物體（字串）org - 選用的生物體（字串），請見下方說明。

對於 pathway 和 module 資料庫，可使用選用的生物體來限制結果。

Bio.KEGG.REST.kegg_find(database, query, option=None)

KEGG find - 資料搜尋。

在給定資料庫中尋找具有相符查詢關鍵字或其他查詢資料的條目。

db - 資料庫或生物體（字串）query - 搜尋詞（字串）option - 搜尋選項（字串），請見下方說明。

對於 compound 和 drug 資料庫，將 option 設定為字串 ‘formula’、‘exact_mass’ 或 ‘mol_weight’，僅針對該欄位進行搜尋。化學式搜尋為部分相符，與給定的原子順序無關。精確質量（或分子量）會四捨五入到與查詢資料相同的十進位數進行檢查。也可以用減號 (-) 來指定值的範圍。

Bio.KEGG.REST.kegg_get(dbentries, option=None)

KEGG get - 資料檢索。

dbentries - 識別碼（單一字串或字串列表），請見下方說明。option - “aaseq”、“ntseq”、“mol”、“kcf”、“image”、“kgml” 之一（字串）

輸入限制最多 10 個條目。使用 image 或 kgml 選項時，輸入限制為一個 pathway 條目。使用 image 選項時，輸入限制為一個 compound/glycan/drug 條目。

傳回 handle。

Bio.KEGG.REST.kegg_conv(target_db, source_db, option=None)

KEGG conv - 將 KEGG 識別碼與外部識別碼相互轉換。

引數

  • target_db - 目標資料庫

  • source_db_or_dbentries - 來源資料庫或資料庫條目

  • option - 可以是 “turtle” 或 “n-triple”（字串）。

KEGG link - 使用資料庫交叉參考尋找相關條目。

target_db - 目標資料庫 source_db_or_dbentries - 來源資料庫 option - 可以是 “turtle” 或 “n-triple”（字串）。