Bio.KEGG.Enzyme 套件

模組內容

用於處理 KEGG 酶資料庫的程式碼。

函式

• parse - 返回一個迭代器，產生 Record 物件。

類別

• Record - 保存來自 KEGG 酶記錄的資訊。

class Bio.KEGG.Enzyme.Record

基底類別: object

保存來自 KEGG 酶記錄的資訊。

屬性

• entry EC 編號 (不含 ‘EC ‘)。

• name 酶名稱的列表。

• classname 分類術語的列表。

• sysname 酶的系統名稱。

• reaction 反應描述字串的列表。

• substrate 受質的列表。

• product 產物的列表。

• inhibitor 抑制劑的列表。

• cofactor 輔因子的列表。

• effector 效應劑的列表。

• comment 註解字串的列表。

• pathway 由 3 個元素組成的元組列表：(資料庫, id, 路徑)。

• genes 由 2 個元素組成的元組列表：(生物體, 基因 id 列表)。

• disease 由 3 個元素組成的元組列表：(資料庫, id, 疾病)。

• structures 由 2 個元素組成的元組列表：(資料庫, 結構 id 列表)。

• dblinks 由 2 個元素組成的元組列表：(資料庫, 資料庫 id 列表)。

__init__()

初始化新的 Record。

__str__()

返回此 Record 的字串表示形式。

Bio.KEGG.Enzyme.parse(handle)

解析 KEGG 酶檔案，返回 Record 物件。

這是一個迭代器函式，通常用於 for 迴圈。例如，使用 Biopython 測試套件中的一個範例 KEGG 檔案，

>>> with open("KEGG/enzyme.sample") as handle:
...     for record in parse(handle):
...         print("%s %s" % (record.entry, record.name[0]))
...
1.1.1.1 alcohol dehydrogenase
1.1.1.62 17beta-estradiol 17-dehydrogenase
1.1.1.68 Transferred to 1.5.1.20
1.6.5.3 NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
1.14.13.28 3,9-dihydroxypterocarpan 6a-monooxygenase
2.4.1.68 glycoprotein 6-alpha-L-fucosyltransferase
3.1.1.6 acetylesterase
2.7.2.1 acetate kinase

Bio.KEGG.Enzyme.read(handle)

解析具有恰好一個條目的 KEGG 酶檔案。

如果 handle 不包含任何記錄，或包含多於一個記錄，則會引發例外。例如

>>> with open("KEGG/enzyme.new") as handle:
...     record = read(handle)
...     print("%s %s" % (record.entry, record.name[0]))
...
6.2.1.25 benzoate---CoA ligase